Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
646,264 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 646,264 | 0 | A | T | 100.0%
| 678.8
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (157/131); total (157/131) |
| * | CP042583 | 646,265 | 0 | G | C | 99.7%
| 661.6
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (157/128); total (157/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 646,266 | 0 | C | G | 99.3%
| 665.6
/ NA
| 288 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (155/131); minor base T (2/0); total (157/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
ACGCTTTGGGGGAAAGATGGATTTTTTTAGTGTGCAGAATATCCTGGTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCAGTTGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGAGCCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTAGCATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTGGGATAGTTGCATGATGGTGTTATCTATCGTGGCAATGATTCTGATGACGCGTAAGTATGTG > CP042583/645984‑646545
|||
tGGGGGAAAGTTGGATTGTTTCAGTGTGCAGGAGATCCGTGGACATATAACAGTAGGGGCAGGCGGTTAGTATCTATCATAGATTGAAGCGGTGTGCACGATCGCCGGTGTGCTGTGTATGGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCGGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGt < 2:39293/289‑1 (MQ=255)
tGGGGGAAAGATGGATTTTTTTAGTGTGCAGAATATCCTGGTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATAGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTATATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCCGCCTTCAATTACAGGTGTATTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATTCGTGGTCTCGACAAACCAg > 1:1876157/1‑288 (MQ=255)
tgCAGAATATCCTGGTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTc > 1:708838/1‑288 (MQ=255)
gCAGAATATCCTGGTACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTTAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCg < 1:1617456/288‑1 (MQ=255)
tCCTGGTAACTAGACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTAGTGTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGcc < 1:621949/289‑1 (MQ=255)
tACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGcc > 1:239274/1‑289 (MQ=255)
tACATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGc > 2:1979143/1‑288 (MQ=255)
cATATACCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGa > 2:726105/1‑289 (MQ=255)
ttaCCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCAAGGATCGAAGCGTTAGGAACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAgg < 2:1909764/288‑1 (MQ=255)
ataCCAATAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAgg < 1:1214225/289‑1 (MQ=255)
aaTAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTc > 1:468844/1‑289 (MQ=255)
aaTAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTc > 2:1935229/1‑289 (MQ=255)
tAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGGATATTTATGGTTGGTATGCGTGGTCTCGACAAACCAGTCAGGACGATGGTGGAG‑TGAAATTTCTGTGGTTGCCATTTCCGTAGGccacct > 2:1331521/1‑283 (MQ=255)
tAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTGGAAAATTTGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCCCTGAg > 2:312038/1‑289 (MQ=255)
tAGGGGCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCCGGAGAAGATCAGCACCTACTTCTTTGGCCTGTTCAACGTCGCCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATTCCAGCCTGCTCTTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGTATTTTTACGGTTTGTATTCGTGGTCGCGACAAACCTGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTTAACATTCGCTGGTTGCCATTGCCGATGGccacca > 2:1062087/1‑283 (MQ=255)
gCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGa < 1:1039480/274‑1 (MQ=255)
gCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAGGGCACTAAGCTGGt > 1:1198590/1‑289 (MQ=255)
gCAGGCGGTTATGATCTCTCATGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGt > 1:591691/1‑289 (MQ=255)
gatctctcatGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCg < 1:1935229/280‑1 (MQ=255)
ctcatGGATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCgttgtt < 1:1756042/285‑1 (MQ=255)
tGGGTCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCgttgtttcga < 2:1720914/289‑5 (MQ=255)
gATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCgttgtttcgatt > 1:492851/1‑283 (MQ=255)
gATCGAAGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCgttgtttcgat < 2:1844248/288‑6 (MQ=255)
aaGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGC‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTTAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTCCGATTGGTCt > 2:1708385/1‑289 (MQ=255)
aaGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCgttggttcgattgg > 1:1103255/1‑276 (MQ=255)
aaGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTCGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCgttgtttcgattgg > 1:963343/1‑278 (MQ=255)
aaGCGGTAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTCTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCgttgtttcgattgg > 1:352057/1‑278 (MQ=255)
tAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCtgatga < 1:145454/288‑1 (MQ=255)
tAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCtgatga < 2:492851/288‑1 (MQ=255)
tAGGCACGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCtgatga < 2:987956/288‑1 (MQ=255)
aCGATGGCTTGGTTGCTGTGTATTGGCCGTGCCAGTCTGGAAAAGATCAGCAACTACTCCTTTAGCCTGAGCAATGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCCTTCAGACTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACCGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTGACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTa < 2:1876157/288‑1 (MQ=255)
aCGATCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTCGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTa < 2:963343/288‑1 (MQ=255)
tCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTa < 1:1313518/288‑1 (MQ=255)
tCGCCGGGTTGCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTa < 1:1018947/288‑1 (MQ=255)
gCTGTGTATTGGCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTAATTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTAACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTCACCATTGCCGTATGAACTCCGCTGGTTGGAGGTTTGCGGTGTTTCGATTGGTCTGAGGACGGTATGTGTCATCCCGgtg > 2:1481464/1‑289 (MQ=255)
tATTGGCCGTGTCAGGCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGTGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCa < 2:551241/289‑1 (MQ=255)
gCCTTGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCAttttt > 2:1812992/1‑289 (MQ=255)
ttGCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGcc < 1:1424201/199‑1 (MQ=255)
gCCAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGACAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGATTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGAccc > 1:599576/1‑289 (MQ=255)
cAGTCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCcg < 1:1677479/288‑1 (MQ=255)
tCTGGAGAAGATCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTGGACCTGCGTg > 2:603539/1‑289 (MQ=255)
tCTGGAGAAGACCAGCAACTCCTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGt < 2:26636/288‑1 (MQ=255)
agaagaTCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGCATATTTACGTTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCCGTCAGAACGA‑GGAGGAGTTGAGAATTGGCTGGTTGCCATTGCCGACGGCCCTCAGCTGGTTCGCGGGTTGCGTTTTTTCGATTGCTCTGGTTACGGTATTGATCAATCCGGTGTCTGCAGTTGTGACTCGCGTGGTAg > 2:1726266/1‑288 (MQ=255)
gaTCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTgg > 2:749845/1‑281 (MQ=255)
tCAGCAACTACTTCTTTTGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGa < 1:1377519/288‑1 (MQ=255)
tCAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATg < 1:852368/287‑1 (MQ=255)
cAGCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATc > 2:523716/1‑289 (MQ=255)
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gCAACTACTTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCa < 2:412562/282‑1 (MQ=255)
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actactTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCa < 1:907770/289‑1 (MQ=255)
actTCTTTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGGATTTTTGACCCGCGTGGCAGGCATTATCATggcag > 2:1268054/1‑284 (MQ=255)
tcttTGGCCTGATCAACGTCACCTTGTTTGGCATTATTTTCTTTCAGATTCAGCTGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTGCCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCtgatga < 2:1081917/225‑1 (MQ=255)
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tGTATGCCAGCCTGCTATTACAGGTGTTTTTCTTTGCCGCGAATATTTACGGTTGGTATGCGTGGTCGCGACAAACCAGTCAGAACGA‑GGCGGAGTTGAAAATTCGCTGGTTGCCATTACCGAAGGCACTCAGCTGGTTGGCGGTTTGCGTTGTTTCGATTGGTCTGATGACGGTATTTATCAATCCGGTGTTTGCATTTTTGACCCGCGTGGCAGTCATGATCATGCAAGCATTAGGATTACAGGTTGTGATGCCTGAACTGCAACCGGACGCTTTCCCGTTCTg < 1:1866249/286‑1 (MQ=255)
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A