Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
743,978 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 743,978 | 0 | A | T | 100.0%
| 515.0
/ NA
| 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (99/119); total (99/119) |
| * | CP042583 | 743,979 | 0 | G | C | 99.5%
| 504.8
/ NA
| 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (98/118); total (99/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 743,980 | 0 | C | G | 100.0%
| 515.0
/ NA
| 218 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (99/119); total (99/119) |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
CGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTAGTAGC‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAG‑ACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCT > CP042583/743698‑744254
|||
cgcgGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCa < 1:1452247/289‑1 (MQ=255)
gcggggGAAAAAGCCGTTGAAGCGCCGCGCGTGGGTGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCAGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCa < 2:570987/288‑1 (MQ=255)
cAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGTATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCCGAGGTAAAGTGCTGGCAAAAGGCGAGGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCTGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGGCGATAAGATTAACCTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACa < 2:300317/289‑1 (MQ=255)
cAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACa < 1:88805/289‑1 (MQ=255)
ccGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAgg < 2:1355108/289‑1 (MQ=255)
ccGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAgg < 1:943620/289‑1 (MQ=255)
ccGGTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCGTGGATTTTAATGGAGTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAgg < 2:1479506/289‑1 (MQ=255)
gTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAgg < 1:1220382/287‑1 (MQ=255)
gcCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATc < 1:404970/289‑1 (MQ=255)
cgggCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCa < 1:1939704/286‑1 (MQ=255)
gATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTa > 1:1591369/1‑289 (MQ=255)
tGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGGGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAAt < 1:216193/289‑1 (MQ=255)
cgTGCCTGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTCGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGTGAGACGGGCAATCCGGCACTGCGTGGT‑TTATCGGTAATGTTCCTCAGACCCGGCGAGCAGTCTTGGGTCGAAGGCCTGCACTAAGGTGTGTTTATCCATTCCGGTaaatta > 2:611270/1‑284 (MQ=255)
cgTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGAc > 2:1008718/1‑288 (MQ=255)
cgTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGAc > 2:1379060/1‑288 (MQ=255)
gTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGc < 1:47313/289‑1 (MQ=255)
gTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACC‑GGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGc < 2:119684/288‑1 (MQ=255)
cATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACg > 1:180920/1‑285 (MQ=255)
aaTGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCgctg < 1:105508/289‑1 (MQ=255)
aaTGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCgctg < 1:1008718/289‑1 (MQ=255)
aaTGGATTAAGCCAGCGGTAAAGGGCTGGCAAAAGGCAATGCGGATGGGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCgctg < 2:1241827/289‑1 (MQ=255)
aTTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCa > 2:386594/1‑230 (MQ=255)
aTTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCa < 1:386594/230‑1 (MQ=255)
ttACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGa < 1:1846270/288‑1 (MQ=255)
gCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTg > 2:760901/1‑288 (MQ=255)
cGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGcc > 1:1319117/1‑289 (MQ=255)
cGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGcc > 1:1073613/1‑289 (MQ=255)
gTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCg < 2:1591369/288‑1 (MQ=255)
aGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGc < 1:1292251/289‑1 (MQ=255)
gCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGcc < 1:1536796/287‑1 (MQ=255)
gCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGgag < 1:709919/288‑1 (MQ=255)
aGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGgagtcattt > 1:508319/1‑283 (MQ=255)
aGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGgagtcattt > 2:927045/1‑283 (MQ=255)
aTGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGc < 1:34622/238‑1 (MQ=255)
cgcgAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCaaa > 1:639419/1‑289 (MQ=255)
gAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTAACCAGTCCGGTAATGACGCCTGGATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCGGGAGTCATTTATTGGGCTGATGATTGGTTATGCCaaaaaa > 2:54306/1‑289 (MQ=255)
aaaTCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGAc < 2:1073613/289‑1 (MQ=255)
tGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACa < 2:585423/165‑1 (MQ=255)
tGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACa > 1:585423/1‑165 (MQ=255)
gACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACt < 1:1246015/289‑1 (MQ=255)
gACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACt < 1:301355/289‑1 (MQ=255)
gCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCt > 1:814475/1‑288 (MQ=255)
tgGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAG‑Ac > 1:1405619/1‑289 (MQ=255)
gggCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAg > 1:1976549/1‑216 (MQ=255)
gggCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGt > 2:628697/1‑261 (MQ=255)
gggCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAG‑ACGGTGc > 1:663660/1‑289 (MQ=255)
gggCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACAATACCTTCCAG‑ACGGTGc > 1:1471954/1‑289 (MQ=255)
gggCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGAACAACACTCCCTTCCAG‑ACTGTGc > 2:1359746/1‑289 (MQ=255)
gCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAG‑ACGGTGCa < 1:1359746/288‑1 (MQ=255)
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aCCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGTATGGTTATGCCAAAAAACTGGGACTGCCCAACACTACCTTCCAGAACGGT‑CAACTCCTGGATGCCGCCGGGCACTTccgtccc > 2:1802153/1‑282 (MQ=255)
ccGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTgc < 2:1460096/154‑1 (MQ=255)
ccGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGTCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACCCTACCTTCCAG‑ACGGTGACCGGCCTGGATGCGCCGGGGCGGTTCAgacccg > 2:206707/1‑283 (MQ=255)
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tGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTTCATCG‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTTCGGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTAGTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGTCATTTATTGGTCTGGTGAATGGTTATGCCGAAAAACTGGGTATGACCAACACTACCTTCCAG‑ACGGGCCACGGGCGGGGTGGGCCAGGAACGCTCGACACCGCACGCGactc > 2:44601/1‑286 (MQ=255)
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|||
CGCGGCGGAACAAACCGTTGAAGCGCCGAGCGTGGATGCGCGTGCATGGATTTTAATGGATTACGCCAGCGGTAAAGTGCTGGCAGAAGGCAATGCGGATGAGAAACTGGATCCCGCGAGCCTGACTAAAATCATGACCAGCTATGTGGTTGGGCAGGCGCTTAAGGCCGATAAGATTAAACTCACCGATATGGTGACGGTCGGTAAAGATGCCTGGGCGACGGGAAATCCGGCACTGCGTGGTAGTAGC‑GTAATGTTCCTCAAACCGGGCGATCAGGTTAGCGTGGCAGACTTGAACAAAGGTGTGATTATCCAGTCCGGTAATGACGCCTGTATTGCGCTGGCTGATTACGTTGCCGGGAGCCAGGAGAGTTTTATTGGTCTGATGAATGGTTATGCCAAAAAACTGGGTCTGACCAACACTACCTTCCAG‑ACGGTGCACGGCCTGGATGCGCCGGGGCAGTTCAGCACCGCGCGCGATATGGCATTGCTGGGTAAAGCATTGATCCACGATGTGCCGGAAGAGTACGCCATTCATAAAGAGAAAGAGTTCACCT > CP042583/743698‑744254
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
