Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
794,903 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 794,903 | 0 | A | T | 99.0%
| 486.2
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (105/101); minor base C (1/1); total (107/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 794,904 | 0 | C | G | 100.0%
| 491.0
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (107/102); total (107/102) |
| * | CP042583 | 794,905 | 0 | T | A | 98.6%
| 486.8
/ NA
| 209 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/102); minor base C (3/0); total (107/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
CGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCACTACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTCAAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTT > CP042583/794626‑795183
|||
aaGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATaa < 1:1759683/288‑1 (MQ=255)
aaGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATaa < 1:396178/288‑1 (MQ=255)
tttgCCGTCATAGCCATTCAGCACGAACGGACGGTTTTGCAGCTCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTCAAAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGCTCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTa < 2:852147/286‑1 (MQ=255)
gCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACtg > 1:77662/1‑289 (MQ=255)
ccATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCg < 2:174687/289‑1 (MQ=255)
cggaacggaCGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATga < 1:636667/289‑1 (MQ=255)
ggaacgtaCGGTTTTGCAGATCCACCGTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCACTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGTTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTCACTGTGTTTGGTCGTGCCCATgag < 1:957751/289‑1 (MQ=255)
gaacggaCGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATgaga > 1:163213/1‑289 (MQ=255)
acggacggTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGAt > 2:1873146/1‑288 (MQ=255)
acggacggTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGAt < 1:949203/288‑1 (MQ=255)
cggTTTTGCAGATCCACGTTGTTGATATGTTGAAAAATGTTCTCGGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCTTGCAGGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCTGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCa < 2:1843932/288‑1 (MQ=255)
cggTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCa < 2:865542/288‑1 (MQ=255)
cggGTTTGCAGATCCACCTGGTTGATAGTATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTGCCGGGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCa < 2:1254607/288‑1 (MQ=255)
aTCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTCGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAACCAGTTTACTGGTTTTGGTCGTGCCCAGGAGATCCCCATAGTTGTTGGCa > 2:1406643/1‑289 (MQ=255)
aTCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGGTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGGGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTggaa > 1:1109108/1‑287 (MQ=255)
ccACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGccc < 1:1017027/263‑1 (MQ=255)
gttgATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATggg < 1:902995/289‑1 (MQ=255)
gATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGGGTTTGGTCGTTCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAg > 2:410101/1‑289 (MQ=255)
atGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCa < 1:1333439/262‑1 (MQ=255)
atGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCa > 2:1333439/1‑262 (MQ=255)
atGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGGGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTTTTGGGAGACAATgggtcggct > 2:1121787/1‑283 (MQ=255)
aTCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATgag < 2:1693370/252‑1 (MQ=255)
aTCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATgag > 1:1693370/1‑252 (MQ=255)
aTCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGA‑CGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTa > 1:247601/1‑289 (MQ=255)
tCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGt < 1:1591748/288‑1 (MQ=255)
aTCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTGTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGTGGTATTCCCCCGGGCTTGAACCCAGGATCAGCAGGTTACTGGTTTTGGTCGTGCCCTTGAGATCCCCATAGTTGATGGCAGATAATGGGCGGGCTTGTAGGGAAttt > 2:1674320/1‑288 (MQ=255)
ctcAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATACGCAGATTACTGTGTTTGGTCTGGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGTGCAGGATT‑TAGGGAATTTACAg > 2:1449392/1‑289 (MQ=255)
ctcAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACa < 1:1865302/289‑1 (MQ=255)
gTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATga > 1:710578/1‑216 (MQ=255)
ttCGTGCATGGGCTCCCTTAATAGCGGACCGGTCAGTGCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATTAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCACATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGAt < 2:1108189/289‑1 (MQ=255)
cGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGAAGTCAAAAAAGAGTATGATGAttt > 1:1458680/1‑289 (MQ=255)
gCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAAt < 1:749575/236‑1 (MQ=255)
gCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAAt > 2:749575/1‑236 (MQ=255)
tGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGTATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTTTTTGCAGACACTGGTCAGGATTGTCGGGCATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACATTTTGGTTaa > 2:1917541/1‑289 (MQ=255)
cgcTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACa > 1:1538111/1‑289 (MQ=255)
cgcTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACa > 2:666560/1‑289 (MQ=255)
cgcTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGCGTATCCCGCCGGGCCTGCACCCAGGATAAGCAGTTTACTTTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGAAAATGGGCAGGATTGCAGGGAATTTACAGTAGCAAAAACAGAGGAAGCCCATTTTTTTaata > 2:1004804/1‑287 (MQ=255)
ccATTAATCACGGACCGGTCAGGTCGTTTGGTTCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTAAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAAttt < 2:945777/289‑1 (MQ=255)
cATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGTTTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAAGGTAGGACAATTTGGTTAACAATTtg > 2:1539724/1‑289 (MQ=255)
aTTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTTCTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGCTCCCCATAGCTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTCACGACGTAAAAAAAGAGTATGAAGATTTTGTTAACAATTtgt > 2:886507/1‑289 (MQ=255)
ataaCGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCaa > 2:1446010/1‑289 (MQ=255)
cGGACCGGTCAGATCGTTTGGAGCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTTGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTGCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAGCAATTTGTGCAATCgg < 1:874886/289‑1 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGCCAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTTGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAACAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTTCAATCGgc > 1:908190/1‑289 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgc > 2:550565/1‑289 (MQ=255)
aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCa < 1:1751769/219‑1 (MQ=255)
aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgca > 2:828504/1‑288 (MQ=255)
aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgca > 1:894734/1‑288 (MQ=255)
aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgca > 1:707932/1‑288 (MQ=255)
aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGGAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgca > 1:1824672/1‑288 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
