Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
794,903 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 794,903 | 0 | A | T | 99.5%
| 485.2
/ NA
| 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (116/89); minor base C (1/0); total (118/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 794,904 | 0 | C | G | 98.6%
| 481.3
/ NA
| 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/88); minor base T (2/1); total (118/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 794,905 | 0 | T | A | 99.0%
| 478.0
/ NA
| 207 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (116/88); minor base C (2/0); total (118/89) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GTCGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCACTACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTCAAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTT > CP042583/794624‑795183
|||
cGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGAt > 1:638098/1‑289 (MQ=255)
cAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGTTATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATaa < 1:789024/289‑1 (MQ=255)
agttgtATTCGCCGTTATCGACATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATaa < 2:1498380/285‑1 (MQ=255)
gtATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCa < 1:1136190/287‑1 (MQ=255)
ttttCGCCTTTTTGGCCATTCAGGCGGACCGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTGGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGtt < 2:1824827/287‑1 (MQ=255)
ttCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATAGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTTGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGTTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCAGGCGGGCCCGAACCCAGGCTAAGCAGTGTa > 1:681836/1‑289 (MQ=255)
gcccGTTATCGCCATTCGGACGGAACGGACGTTTTAGCAGATCGACCTTGTTGTTATGATCAAAAATGGTCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACt < 2:1062694/287‑1 (MQ=255)
gCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTc < 2:1098631/289‑1 (MQ=255)
tCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGc > 1:1782121/1‑288 (MQ=255)
tCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGCGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGc > 1:1630503/1‑288 (MQ=255)
cggaacggaCGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATga < 1:1011871/289‑1 (MQ=255)
ggaacggaCGGTTTTGCAGATCCTCCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATgag < 1:1716047/289‑1 (MQ=255)
gaacggaCGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATgag < 2:899471/288‑1 (MQ=255)
acggacggTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATgag > 1:352901/1‑286 (MQ=255)
cggTTTTGCAGATGCACCTTGTTGATATTGTCAAAAATGATCTCAGTTGCTAACTGGGTGGCAGGTTCGGGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGCTCAGATCGTTTGGATCGCAAGACCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCGGCGGTTTGCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCTCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCGGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCTCATGAGATCCCCa < 2:1527530/288‑1 (MQ=255)
ttttGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTGTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACCGCAGGCGTGTATCCCGCCGGGCGTGAACCCGGGCTAAGCCGTTGACTGCGTTTGGTCGTGCCCATGAGCACCCCATAgt > 2:331799/1‑289 (MQ=255)
tCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGc < 2:638098/287‑1 (MQ=255)
ccACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGCACCCAGGACAAGCAGTTGACGGGGTTTGGTCGTGCCCATGGGATCCCCATAGTTGTTGGccac > 2:231128/1‑286 (MQ=255)
aCCTTTGTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCGTGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACa < 2:1718957/289‑1 (MQ=255)
aCCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATACCGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACa < 1:1775152/289‑1 (MQ=255)
aCCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACa < 1:420663/289‑1 (MQ=255)
ccTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGAt > 1:1462644/1‑267 (MQ=255)
gttgttATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATggg < 1:1533990/289‑1 (MQ=255)
gttgATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGGGCTCTATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATggg < 1:1940271/289‑1 (MQ=255)
gtggATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATCCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATggg < 1:442703/286‑1 (MQ=255)
atGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGAt > 1:611832/1‑289 (MQ=255)
aTCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTg > 1:1161215/1‑244 (MQ=255)
aTCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCAGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGt > 1:1340800/1‑289 (MQ=255)
cAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAgt > 2:594798/1‑261 (MQ=255)
aaaaTGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAggg < 1:842300/289‑1 (MQ=255)
aTCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGAt > 2:1584468/1‑244 (MQ=255)
aTCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGGTTGGTCGTGCCCATGAGAACCCCATAGTGTTTGGCAGACAATGGGCAGGATGGTAGGGAATTTa > 2:842300/1‑289 (MQ=255)
aGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGAt < 1:892312/204‑1 (MQ=255)
ttCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACg < 1:623893/287‑1 (MQ=255)
cATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAaga > 1:1251484/1‑283 (MQ=255)
cgcTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACa > 1:1401623/1‑289 (MQ=255)
ccATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAAttt > 2:1786566/1‑289 (MQ=255)
aataaCGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCa < 2:925816/289‑1 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAAc < 1:1481914/273‑1 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgc > 1:908935/1‑289 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgc > 1:602620/1‑289 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgc > 1:400953/1‑289 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGGGTTTGGTCATGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTa > 2:1467007/1‑229 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGGGGTTGGTCGTTCGCCTGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAGAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATTggg > 2:1392452/1‑288 (MQ=255)
ggACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGCTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAACCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGCTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCCTGCCATTCCCATGTTTGTTGGCAGACAATGTGGAGGATGTTAGGAAGATTTCCGACTTAAAAAAAGAGGTTGAAGGTTTTGTTTATAAttttttcatatcgc > 2:792092/1‑278 (MQ=255)
aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTCAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgca > 1:733281/1‑288 (MQ=255)
aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgca > 1:1173621/1‑288 (MQ=255)
aCCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGAATTTGTTAACAATTTGTGCAATCGgca > 1:1511776/1‑288 (MQ=255)
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gccagTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCTGAACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTCAAATTCTccc > 1:1153131/1‑289 (MQ=255)
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|||
GTCGCAAGTGTATTCGCCGTTATCGCCATTCAGACGGAACGGACGGTTTTGCAGATCCACCTTGTTGATATGATCAAAAATGATCTCAGTTTCAAACTTGGTGGCATGTTCGTGCATGCGCTCCATTAATAACGGACCGGTCAGATCGTTTGGATCGCCAGGCCAGTTTTCCACTTCCGTGGTGGTGGTCAGTTGGCCGCCTTTTTCCATGCCGGTAATCAGCACAGGTTGCAGGTTGGCGCGCGCCGCGTAGACAGCAGCGGTGTATCCCGCCGGGCCACTACCCAGGATAAGCAGTTTACTGTGTTTGGTCGTGCCCATGAGATCCCCATAGTTGTTGGCAGACAATGGGCAGGATTGTAGGGAATTTACAGACGTAAAAAAAGAGTATGACGATTTTGTTAACAATTTGTGCAATCGGCAGCATCGATAAGCAGGTCAAATTCTCCCGTCATTATCACCTCTGCTACTTAAATTTCCCGCTTTATAAGCCGATTAAATGATGAATAAACGCCCCTGTTAATGAATATCTGGCATGTTGTACTAAAAATCGATGTTTT > CP042583/794624‑795183
|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
