Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
806,262 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 806,262 | 0 | A | T | 100.0%
| 472.6
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (108/91); total (108/91) |
| * | CP042583 | 806,263 | 0 | G | C | 99.5%
| 467.0
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (108/90); total (108/91) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 806,264 | 0 | T | A | 100.0%
| 472.3
/ NA
| 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (108/91); total (108/91) |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CGGCAACGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGAGTCATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGACTGGCAGGAAGATAACGGTGTCTGGCACCAGAACGTGTTTGCCTACTATCTGAGCATTAGTTGTAACCACTGCGAAGATCCGGCTTGTACTAAAGTC > CP042583/805982‑806541
|||
cGGCAACGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGGCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGGGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACa > 2:303040/1‑289 (MQ=255)
gCAACGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACaa > 1:1154659/1‑288 (MQ=255)
aactgtGATGTGCTGAAATCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTAGATCAACCCGCTTGAGGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAAc < 1:1523318/283‑1 (MQ=255)
cGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCtt > 1:1967922/1‑289 (MQ=255)
cGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCtt > 1:1192553/1‑289 (MQ=255)
cGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGACCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCtt > 1:14405/1‑289 (MQ=255)
tgagttgCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGtt < 2:486269/284‑1 (MQ=255)
tGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGt < 1:55178/288‑1 (MQ=255)
tgtgCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCa < 1:718586/288‑1 (MQ=255)
cTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTg > 2:507260/1‑289 (MQ=255)
aaaGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaa < 2:1154659/288‑1 (MQ=255)
aaGCGGCTTCACGTCAGGAAATGTGGATCCACCCGCTTGAATCCCAACAACGCTGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaaa < 1:1733789/288‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCCACGTCCGTCCCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACCAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTa > 2:1857831/1‑289 (MQ=255)
ccGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGACCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGa < 2:14405/289‑1 (MQ=255)
cGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGCTGACCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTTAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAg < 2:140558/289‑1 (MQ=255)
cGTAAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGAGGCCCAAAATCGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGTATCTGTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAg < 2:1467284/289‑1 (MQ=255)
aaaTGTGGATAAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAAcc < 2:1690601/287‑1 (MQ=255)
aTGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTGACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATg > 1:1234939/1‑289 (MQ=255)
tgtgattCAACCCGCTGAAGGCCGAAAAACGCGTTATCACAAACGGCGAGAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGa < 2:1883353/283‑1 (MQ=255)
tgtgGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGa < 2:728643/289‑1 (MQ=255)
tgGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACa > 1:1583714/1‑289 (MQ=255)
tCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAAcc < 1:1089548/288‑1 (MQ=255)
ccGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGGGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCATGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTAt < 1:1780050/289‑1 (MQ=255)
gCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATATGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTCACCGAGGTCAACCCAGAATGGAattgtt > 2:1208921/1‑289 (MQ=255)
ccAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTAt < 1:1049107/289‑1 (MQ=255)
ggTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAg < 1:944619/288‑1 (MQ=255)
aTCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCg < 1:195245/288‑1 (MQ=255)
ggCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGt > 2:936905/1‑289 (MQ=255)
cGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGtt > 1:1883479/1‑288 (MQ=255)
aTAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCa > 2:862491/1‑289 (MQ=255)
tAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTACaggcaccaat < 1:507260/288‑10 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATGAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAg < 2:216230/288‑1 (MQ=255)
cTTTAACGCTCGTGGTGGTGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCt < 2:1006880/289‑1 (MQ=255)
ttAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGtt > 1:1071790/1‑194 (MQ=255)
tAACGGTCGTGGGGGGGTTCATGTGGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTAGTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGc < 2:162162/289‑1 (MQ=255)
tAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTgg > 1:1006880/1‑288 (MQ=255)
tAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGc < 1:1300223/289‑1 (MQ=255)
gATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaa > 1:1489935/1‑198 (MQ=255)
gATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaa < 2:1489935/198‑1 (MQ=255)
aTCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTa > 1:1861512/1‑289 (MQ=255)
cGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTaaa > 1:292836/1‑289 (MQ=255)
gTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACaaa > 1:477179/1‑289 (MQ=255)
cATATTGAGGCTAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAGAGGTGTAAGGAGTAACCGATGCCAACACTGTATGGATTTTGTATGGAGTCCACCCGTTGCCCCGGTTGCAAAACCTGCTCGCGGGCCTAGAAAgtacaccaagtt > 2:1119190/1‑278 (MQ=255)
atatTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAAcc < 2:1312993/200‑1 (MQ=255)
aGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaa < 1:639691/176‑1 (MQ=255)
aGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCaaa < 1:460424/249‑1 (MQ=255)
aGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCaaa > 2:460424/1‑249 (MQ=255)
aGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGAttt > 2:528284/1‑284 (MQ=255)
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tATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAg < 2:272880/199‑1 (MQ=255)
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ggAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGACTGGCAGGAAGATAACGGTGTCTGGCACCAGAACGTGTTTGCCTACTATCTGTCGATTTCATGTAACCACTGCGAAGATCCGGCTTGTACTAAAGTc < 2:802220/288‑1 (MQ=255)
|||
CGGCAACGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGAGTCATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGACTGGCAGGAAGATAACGGTGTCTGGCACCAGAACGTGTTTGCCTACTATCTGAGCATTAGTTGTAACCACTGCGAAGATCCGGCTTGTACTAAAGTC > CP042583/805982‑806541
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
