Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
806,262 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 806,262 | 0 | A | T | 99.3%
| 725.9
/ NA
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (159/141); minor base G (1/1); total (160/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 806,263 | 0 | G | C | 99.3%
| 715.3
/ NA
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/142); minor base T (2/0); total (160/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 806,264 | 0 | T | A | 99.3%
| 722.3
/ NA
| 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (158/142); minor base C (2/0); total (160/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
CGGCAACGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGAGTCATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGACTGGCAGGAAGATAACGGTGTCTGGCACCAGAACGTGTTTGCCTACTATCTGAGCATTAGTTGTAACCACTGCGAAGATCCGGCTTGTACTA > CP042583/805982‑806536
|||
cGGCAACGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACa > 1:60969/1‑289 (MQ=255)
cGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCtt > 2:86735/1‑289 (MQ=255)
cGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCtt > 1:425702/1‑289 (MQ=255)
cGTTGATGCGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGTATGCAAAACGTGTCGACAAGGTAGGTTGTATTCACGTACTGACCACTCGAGGTCCGGTCCATACCGCTAAGGGGACTCCCGTACATACTAACCtt > 2:248803/1‑289 (MQ=255)
tGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGtt < 1:786576/289‑1 (MQ=255)
gAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaa < 1:1199695/289‑1 (MQ=255)
gAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaa < 1:1945904/289‑1 (MQ=255)
aaGCGGCTTGCCGTCAGGAAATTTGGATCAACCCGCTTGATGCCCGAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATACTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaaaa < 2:1148411/289‑1 (MQ=255)
ggttGCCGACAGGAAATGGTGATCAACCCGATTGCAGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGGGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCAGATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGAACCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGgtg < 2:1491343/286‑1 (MQ=255)
cTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaa > 2:239135/1‑281 (MQ=255)
ttcgcGTTAGGAAATGTGGCTCGACCCGGTTGATGCCCAAAAACGCGGTAACCACAACGGCGATGAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTTAGGCGAAAGTGACGCCACAAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCGGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTa < 2:2124847/284‑1 (MQ=255)
tgatccAACCAGCTTGAGAGCCAAAACCGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCATGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGa < 2:2527219/282‑1 (MQ=255)
tgGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTaa < 1:247982/280‑1 (MQ=255)
aaCCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTa > 1:2725397/1‑266 (MQ=255)
ggCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTcc < 2:1323101/274‑1 (MQ=255)
ggCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGAATGGATTTTTTATTGATTCCAGACGTTGCACCGGt > 1:1672045/1‑289 (MQ=255)
cGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTAt < 1:96946/254‑1 (MQ=255)
cGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGtt > 1:1354885/1‑288 (MQ=255)
cGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGtt > 1:1113488/1‑288 (MQ=255)
cAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCt < 1:264925/288‑1 (MQ=255)
aGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaaa > 2:2595270/1‑211 (MQ=255)
aGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaaa < 1:2595270/211‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAg < 1:879459/288‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAg < 1:1527943/288‑1 (MQ=255)
tCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATGGAGGCGAAAGTGACGCCGAGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAg < 2:1113488/288‑1 (MQ=255)
tAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTgg > 1:387196/1‑288 (MQ=255)
agcGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGAAGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGt < 2:1797101/286‑1 (MQ=255)
aTCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTa > 1:480714/1‑289 (MQ=255)
cGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCt < 2:911971/272‑1 (MQ=255)
cGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTaaa > 1:444535/1‑289 (MQ=255)
gTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGaa > 2:1483305/1‑186 (MQ=255)
gTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACaaa > 1:931938/1‑289 (MQ=255)
tatTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGAttt < 2:1893535/289‑1 (MQ=255)
tGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCaa < 1:2126997/250‑1 (MQ=255)
aGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTGACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAAGCTGCGAGCTGGACTGTAAAGACTACAAAGATTTGACg > 2:197629/1‑288 (MQ=255)
aGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGGAACACCGGCGAGCTGGCCTCTAAAGACTACACAGATTTGAcc > 2:2335212/1‑287 (MQ=255)
aaaGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGaa > 2:1015174/1‑289 (MQ=255)
aGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGt < 2:499006/289‑1 (MQ=255)
atgatgCCGGTGGTTGTCGGGCTGTGTGAAGTTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTccgccg < 2:1672045/288‑1 (MQ=255)
atgatgCCGGGTGTGGGCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTccgccg < 1:2027136/288‑1 (MQ=255)
ggTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATg < 1:1276270/288‑1 (MQ=255)
aCTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTggcgg > 2:692200/1‑289 (MQ=255)
ggTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGa > 2:2174410/1‑288 (MQ=255)
ggTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGgtgt > 2:1186976/1‑133 (MQ=255)
gTGCCTGGTATGAACCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGACTGGCAg < 2:2738499/288‑1 (MQ=255)
tGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGACTGGCAg < 1:1328247/287‑1 (MQ=255)
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ccTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAg > 2:554/1‑204 (MQ=255)
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ggggAATCCGTCACATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGACTGGCAGGAAGATAACGGTGTCTGGCACCAGAACGTGtt > 2:467166/1‑232 (MQ=255)
|||
CGGCAACGTTGATGTGCTGAAAGCGGCTTGCCGTCAGGAAATGTGGATCAACCCGCTTGATGCCCAAAAACGCGGTATCCACAACGGCGATAAAGTCAGGATCTTTAACGATCGTGGTGAGGTTCATATTGAGGCGAAAGTGACGCCACGAATGATGCCGGGTGTGGTCGCACTGGGTGAAGGTGCCTGGTATGACCCGGATGCAAAACGTGTCGATAAGGGTGGTTGTATTAACGTACTGACCACTCAACGTCCGTCTCCTCTCGCTAAGGGGAATCCGAGTCATACAAACCTTGTTCAGGTTGAAAAGGTGTAAGGAGTAACCGATGACAACCCAGTATGGATTTTTTATTGATTCCAGCCGTTGCACCGGTTGCAAAACCTGCGAGCTGGCCTGTAAAGACTACAAAGATTTGACGCCAGAAGTCAGCTTCCGCCGCATTTATGAATATGCTGGCGGCGACTGGCAGGAAGATAACGGTGTCTGGCACCAGAACGTGTTTGCCTACTATCTGAGCATTAGTTGTAACCACTGCGAAGATCCGGCTTGTACTA > CP042583/805982‑806536
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
