Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,794,300 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,794,300 | 0 | A | T | 99.5%
| 438.1
/ NA
| 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (77/108); minor base C (1/0); total (78/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,794,301 | 0 | C | G | 99.5%
| 432.7
/ NA
| 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (77/107); total (78/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,794,302 | 0 | T | A | 100.0%
| 443.7
/ NA
| 186 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (78/108); total (78/108) |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
CAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCGCTATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTACTACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGACTACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAGCTTGAGCGGAAGGATTCA‑GTTGCAGAATCAGATAAATACTTAAG‑AGGCATATTCGGTCCGGC‑GTTT‑CCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAAAG > CP042583/1794030‑1794573
|||
cAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCCGAATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGCGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCCACTGCAACATGATATTGCCGCGTAGCGCACCTTCGGCATCCATTTTTGAACCCACTTTAACgggg > 2:813555/1‑289 (MQ=255)
cAGATTAACTTGTTGTGCTCCGAATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACggtgg < 1:1327620/286‑1 (MQ=255)
tgtgCTCCGAATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAATTGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTCACGATTTGTGACACGCCTTCAACGGGGGAAGACGCCGGTaaccg > 2:1070532/1‑285 (MQ=255)
gtgctccgaaTCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGc < 1:1209113/280‑1 (MQ=255)
gtgctccgaaTCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGc < 1:913645/280‑1 (MQ=255)
gtgctccgaaTCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGc < 1:1509706/280‑1 (MQ=255)
ctccgaaTCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAgg > 1:747540/7‑289 (MQ=255)
ctccgaaTCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAg > 1:477578/7‑288 (MQ=255)
ctccgaaTCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGGAGCGCACCTGCGGTATCGAATTTTGACCCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGGCGCAgg > 2:913645/7‑289 (MQ=255)
cGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACgg > 1:1192364/1‑288 (MQ=255)
gCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGTAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTg < 1:224013/288‑1 (MQ=255)
gCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTg < 2:1192364/288‑1 (MQ=255)
tttGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTTACGGCTGCCAAc > 2:834412/1‑289 (MQ=255)
ggcgttgtggtggccTTGCTGCGCGGTTTGCCACGTGGCATCGGTTTCAGCTTTAAAGGAGAAAGCGGCAGTGCCGGTATAGTCCGGAGAGATAGCCAGTTGACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTATATTCACCGGCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATa < 2:671896/276‑1 (MQ=255)
aaCCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAgtgaac < 1:664098/288‑6 (MQ=255)
ttGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGcc < 1:597701/289‑1 (MQ=255)
tgctgcGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTACAGGAGAAGGCGCCATTGCCGGTATATTCCGTATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACATGAGTCGTTCAGTGTTGCACTTTAGTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATTGATTTTTTAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGccc < 2:1254436/289‑1 (MQ=255)
tgctgcGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGccc > 1:230562/1‑289 (MQ=255)
ggctggGCGTGTTTCCACGCGGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGAAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGccc < 2:685846/288‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGc < 1:172316/251‑1 (MQ=255)
gctgcGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGc > 2:172316/1‑251 (MQ=255)
gctgcGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCa > 2:1336823/1‑289 (MQ=255)
ctgcGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCag < 2:747540/289‑1 (MQ=255)
tttCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAag < 2:968529/289‑1 (MQ=255)
tCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAagag < 1:587617/289‑1 (MQ=255)
tCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAagag < 2:795325/289‑1 (MQ=255)
tGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCatg < 1:1336823/289‑1 (MQ=255)
tGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCCGCCAACATAACCAGGGAACCTGCCCAGAGCTTTAACGGTGGCctg > 2:268692/1‑289 (MQ=255)
tcatcaTTAAAGAGGAAAGCGCCAATACAGGTCTGTTCCGGATAGATAGCCATGTAGTCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGTGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCGGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCt < 2:1359343/289‑1 (MQ=255)
tCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCt < 1:772787/289‑1 (MQ=255)
tCATCTGTAAAGAAGAAAGGGACATTGCCGGTATATTCCGGATATATATCCAGGTCACCGGAAGTAATCGCACCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCt < 2:167162/289‑1 (MQ=255)
aTCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTTCCTGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCa < 1:1839989/289‑1 (MQ=255)
aTCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCa < 1:384832/289‑1 (MQ=255)
ttaaaaGAAGAAAGCGCCAGTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGAACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCa < 2:217798/283‑1 (MQ=255)
tAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAgtg > 1:815987/1‑241 (MQ=255)
tAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAgtg < 2:815987/243‑3 (MQ=255)
tAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCtt > 1:1369659/1‑289 (MQ=255)
agaagaAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTa < 1:1952108/289‑1 (MQ=255)
aGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACtgttgt > 1:1540610/1‑289 (MQ=255)
cATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGGGGCATGATGCTTTCCCCATTCTTTTACTTTTGTTTTCa > 2:500667/1‑289 (MQ=255)
atatTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCCCATTCTTTTCCTTTTGTTTTCCGCGAATTCag > 2:843533/1‑289 (MQ=255)
gccGGATAGGTTTCCCGTACACCGGAAGTAAACGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCCCCGTCGGTACGCCATGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGACCCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGaa < 2:717466/288‑1 (MQ=255)
gatagataTCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGc > 1:1019965/1‑289 (MQ=255)
atagataTCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCa > 1:961049/1‑289 (MQ=255)
tcgttctCCAGTTCACCGGAAGGTATCCCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCa < 2:1369659/282‑1 (MQ=255)
tagataTCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCa < 2:767113/288‑1 (MQ=255)
tCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATgg < 2:1181715/289‑1 (MQ=255)
cACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGc > 1:1130059/1‑289 (MQ=255)
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cTTCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAGCTTGAGCGGAAGGATTCA‑GTTGCAGAATCAGATAAATACTTAAG‑AGGCATAGTCGGTCCGGC‑GTTT‑CCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACaaa > 1:1020247/1‑289 (MQ=255)
tCGGTATCGATTTTTGAACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGTGAACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAGGTTGAGCGGAAGGATTTT‑GTTGCAGAAATAGATAAATTCTTAAA‑AGGGATATTCGGTCCGGC‑GTTTCCCTGCGGGA‑GCGGGGCGAGCGGCTTAAcccctttcttgat > 2:1872496/1‑277 (MQ=255)
|||
CAGCCAGATTAACTTGTTGTGCTCGCTATCGAGCTTTTTGACTTTCTCGTAACCTTGCTGCGCGTTTTTCCACGCTGCATCGTTTTCATCTTTAAAGAAGAAAGCGCCATTGCCGGTATATTCCGGATAGATATCCAGTTCACCGGAAGTAATCGCCCCGCGCACCACAGGAGTCGTTCCGAGTTGCACTTTATTCACCGTCGGTACGCCGTGGCTTTCCAGCACCTGCAAAATGATATTGCCGAGTAGCGCACCTTCGGTATCGATTTTACTACCGACTTTAACGGGGGAAGCCGCCTGTAGCGGCAGGCTCACGGCTGCCAACATAACCAGACTACCTGCCCAGAGCTTTAAGAGTGGCATGATGCTTTCCTCATTCTTTTACTGTTGTTTTCAGCGAATTAAGAGAAAAGCATAGTTGATAATGGCGGGGTTAGCTTGAGCGGAAGGATTCA‑GTTGCAGAATCAGATAAATACTTAAG‑AGGCATATTCGGTCCGGC‑GTTT‑CCTGCCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGGCCTACAAAG > CP042583/1794030‑1794573
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
