Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F210 I1 R1
|
4927 |
250.2 |
4002508 |
96.7% |
3870425 |
266.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,802,981 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,802,981 | 0 | A | T | 99.6%
| 530.5
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (111/113); minor base G (0/1); total (111/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,802,982 | 0 | C | G | 100.0%
| 529.0
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (111/114); total (111/114) |
| * | CP042583 | 1,802,983 | 0 | T | A | 99.6%
| 528.5
/ NA
| 225 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (110/114); minor base C (1/0); total (111/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
AAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGGCTACT‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGC > CP042583/1802705‑1803261
|||
aaaTGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGA‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑c < 2:1438293/289‑1 (MQ=255)
ttttGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGA‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGa > 1:935849/1‑289 (MQ=255)
ttGCCGCATCAATGGTGCTTAGCGATGA‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTCAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGCGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGata > 2:55687/1‑289 (MQ=255)
aTGGTGCTTA‑GCGACACCTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCACATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGGGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGAt < 2:928360/289‑1 (MQ=255)
gcttagcgatgactcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGt < 1:983592/276‑1 (MQ=255)
gcttagcgaggactcAACGTACCAGTGCGCTGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGt < 1:1421781/276‑1 (MQ=255)
cttagcgatgactcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTTAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTCATATAGCTTGTGCTCGGTc > 2:1444424/12‑288 (MQ=255)
cttagcgatgactcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGata > 2:50622/12‑272 (MQ=255)
ttagcgatgactcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTcg < 2:796009/278‑1 (MQ=255)
agcgatgactcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGAt > 1:487046/9‑280 (MQ=255)
tgactcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGata > 2:475294/4‑264 (MQ=255)
tgactcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATg > 1:578134/4‑289 (MQ=255)
tgactcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATg > 1:852311/4‑289 (MQ=255)
agcctcACCGTACCAGTGCGCCCCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATg < 2:578134/286‑1 (MQ=255)
actcAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGa < 1:791509/281‑1 (MQ=255)
aaCGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGgtgt > 1:57408/1‑287 (MQ=255)
tgccAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCAGCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTg < 2:1607581/285‑1 (MQ=255)
cgccgcCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTTCGCTTATCCGTTCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTCTAGCTGCTGCCGGGTCTTGCTGGCAATAACATCGGTTTCCACCCCTTCAACTGACGAAGTAATCCCCGTTC‑GAACTAGACGGCGATTGGTCGCCATGATGGCGGTCTGCTTTTTTTCt > 2:1839420/1‑289 (MQ=255)
cgccgcCTGCAAATCTGCCAGCCGGGCCAGTAAGGAGTACACCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCt > 1:959810/1‑289 (MQ=255)
ccgccTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGCGAATGGTGTTCGGCTCTTCTTCTAt > 2:1200164/1‑289 (MQ=255)
ccgccTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTAt > 2:1016180/1‑289 (MQ=255)
cgccTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTAtt < 1:600168/289‑1 (MQ=255)
cgccTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTAtt < 1:1379698/289‑1 (MQ=255)
cgccTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTAtt < 2:304021/289‑1 (MQ=255)
cgccTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCGTGCCACTTGCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTAtt < 1:1154452/289‑1 (MQ=255)
caccTGCAACTCTGCCCGCCGGCCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAATCTGGCTTGCCGCTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTAtt < 2:640284/287‑1 (MQ=255)
aaaTCTGCCCGGCGGGTCAGTACGGGGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCGCAATAAGTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTGCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCa < 2:262620/289‑1 (MQ=255)
tCTGGCCGCCGAGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAgg < 2:1696251/289‑2 (MQ=255)
tGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGAcc < 2:338301/289‑1 (MQ=255)
tGCCCACCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGAcc < 2:599121/289‑1 (MQ=255)
ggCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTaa < 2:935849/288‑1 (MQ=255)
aGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGctc < 1:246102/247‑1 (MQ=255)
aGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGCTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGctc > 2:246102/1‑247 (MQ=255)
tACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGa > 1:289933/1‑229 (MQ=255)
ccccAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTg > 1:790829/1‑288 (MQ=255)
ccgcgTTCACAAGGAAGCTGACTCGCCACTGTGTGC‑ACGCGGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGTGTATTGGTAAGTGCGTTTAACCGTGCCTGAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTGCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCTGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGcc < 2:1320814/285‑1 (MQ=255)
cccAGTTCATCAGGAGGCTTGCTTGCCCCTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGTGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGcc < 2:587780/289‑1 (MQ=255)
cccAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGcc < 1:1016180/289‑1 (MQ=255)
gTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACt > 1:1611425/1‑288 (MQ=255)
gTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCA‑TTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTaa < 1:377519/267‑1 (MQ=255)
ttCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGt > 2:1498993/1‑216 (MQ=255)
ttCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGt < 1:224692/216‑1 (MQ=255)
ttCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGt < 1:1498993/216‑1 (MQ=255)
ttCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTTGGTTTGCCCCTc > 2:38580/1‑288 (MQ=255)
ttCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTc > 1:1657974/1‑288 (MQ=255)
ttCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCCTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGt > 2:224692/1‑216 (MQ=255)
tcaGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGt > 2:791131/1‑212 (MQ=255)
caGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGcc < 1:404565/279‑1 (MQ=255)
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acCTTCAACTGAAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACggg < 1:1644785/289‑1 (MQ=255)
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AAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAGGCTACT‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGC‑GACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAAT‑CCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGC > CP042583/1802705‑1803261
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A