Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
620,760 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 620,760 | 0 | A | T | 99.3%
| 693.0
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (151/140); minor base G (1/1); total (154/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 620,761 | 0 | G | C | 99.7%
| 698.1
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (154/140); minor base A (0/1); total (154/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 620,762 | 0 | C | G | 99.3%
| 702.9
/ NA
| 295 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (153/140); total (154/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
CCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTAGTACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGCA > CP042583/620483‑621041
|||
gATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCTCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCGGTA‑TACCCCGATTTCGGCACTACACCAGCCGGGCa > 2:1731542/1‑289 (MQ=255)
tGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTc > 1:970139/1‑289 (MQ=255)
gagaCAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc < 2:610783/288‑1 (MQ=255)
agaCAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAGGACCCAAGCCTGTCGTTCCGCCGCCCTTGCCGTGAAGGTGTGTGGGGTTCGGCTGGTCGGACAATGACCGGCAAGAAGGGTCGGCCCGGTATTCCCCGCATTACGGCACCAAAGCACCCGGGCAGGAAGATTGTTAttgtccc > 2:1602565/1‑283 (MQ=255)
agaCAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTAAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCAGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCAGGGCAAGAAGATTGCGATTCGccc > 1:2550298/1‑288 (MQ=255)
aCAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGGGATTCGccc > 1:1240212/1‑286 (MQ=255)
gaCTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTAcc > 2:691136/1‑289 (MQ=255)
tttcaaTTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCcg < 1:1664544/284‑1 (MQ=255)
aTTTATCGCTATGACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCATGTTTACCGGTGATCCGCGAtt < 2:820563/289‑1 (MQ=255)
aTTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGAtt < 1:678649/289‑1 (MQ=255)
ttATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTtg < 1:216429/289‑1 (MQ=255)
gCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTggtggt < 1:2011481/289‑1 (MQ=255)
taACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGAc > 1:2631511/1‑289 (MQ=255)
aaCCCGGATGTTGATGATGCTCGGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACa < 1:36885/289‑1 (MQ=255)
aaCCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACa < 2:467191/289‑1 (MQ=255)
ggATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGTGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGa < 1:815893/289‑1 (MQ=255)
ggATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGa < 2:100280/289‑1 (MQ=255)
gATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGAc > 1:1683559/1‑289 (MQ=255)
gATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGATGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGAc > 1:2688676/1‑289 (MQ=255)
aTGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCg > 1:2586768/1‑218 (MQ=255)
aTGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGccc < 2:2707429/241‑1 (MQ=255)
aTGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGGTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTTGTACACATGGGACa > 2:1272787/1‑289 (MQ=255)
aTGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCACGCTGCCAGGTTTACCCGTGACCCGCCATTTGGTGGGCGACAGGGGaaa > 2:1466557/1‑287 (MQ=255)
gatgctagtcataggCAGGGTAACACCTTGGAAGCGGATGAGCGGAGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTGATCCGGCTAAAAGAGAACGTTCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGACCGGCAAGAATGGTCTTTCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATg < 2:1332029/275‑1 (MQ=255)
cgcgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTggtggt > 2:1300978/1‑262 (MQ=255)
gcgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGACGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCAGACGCTCTGAACATGAACGGCCAGAATGGTCTGGCCTGTAGTACACCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCCAGCAGATTGTAATTCTCCTGCTGCCAGGTTTACCTGTGATCCGCGATTGGGTGGTCTAAATGGGACAATTCTATTCCAAatat > 2:2159385/1‑289 (MQ=255)
gcgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGCTTTGGTGGTAGACATGGGAACATGCTATGCGCAatat > 2:1678833/1‑289 (MQ=255)
cgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATg > 1:782712/1‑289 (MQ=255)
gATTAACCCCTGGAAGAGGATTAGGGTCGCGACATGATGCTGCTGGTTGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATgag < 2:2582102/282‑1 (MQ=255)
cacCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCACGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTCCCGGTGCTCCGGGATTTGGTGGTAGTCAGGGGTAGATTCGCTGCGCAATCTGTGAAACTTaaccgt > 2:1256159/1‑285 (MQ=255)
cacCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTAc > 2:604066/1‑224 (MQ=255)
ccccGGGAAGAGGAGGAAGGTCGAGACAGGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCtt < 2:2082911/288‑1 (MQ=255)
acCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCtt < 1:613230/289‑1 (MQ=255)
acCCGGGAAGCGGATGAAGGTCCCGACATCATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCtt < 2:22863/289‑1 (MQ=255)
ccTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTa > 1:1388991/1‑288 (MQ=255)
ccTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGCGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGCGAAAATTAAGCCTTa > 2:93693/1‑288 (MQ=255)
gAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGTCATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGt > 1:105660/1‑289 (MQ=255)
tCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACaa > 2:874600/1‑289 (MQ=255)
cgACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc < 1:2481520/185‑1 (MQ=255)
ttctgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTcg < 1:1466557/287‑1 (MQ=255)
tgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAAt > 1:1198868/1‑244 (MQ=255)
tgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTcgcg < 2:985475/288‑1 (MQ=255)
tgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTcgcg < 1:186048/288‑1 (MQ=255)
tgGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTcgcg < 1:2298988/288‑1 (MQ=255)
tGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTAc > 2:2635568/1‑250 (MQ=255)
tGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCAt > 2:1802255/1‑289 (MQ=255)
tGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCAt < 1:2465639/289‑1 (MQ=255)
ttATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACa < 1:206958/289‑1 (MQ=255)
ttATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACa < 1:1802255/289‑1 (MQ=255)
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ccccGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTCACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTTCAACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCgg > 2:351015/1‑288 (MQ=255)
cccGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTTCAACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGCa < 1:1275103/289‑1 (MQ=255)
|||
CCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTGCGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTAGTACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGCA > CP042583/620483‑621041
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
