Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
620,760 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 620,760 | 0 | A | T | 99.5%
| 492.6
/ NA
| 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (117/93); minor base C (1/0); total (118/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 620,761 | 0 | G | C | 98.6%
| 486.8
/ ‑2.3
| 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (116/91); minor base T (2/1); total (118/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 620,762 | 0 | C | G | 100.0%
| 502.1
/ NA
| 211 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (118/93); total (118/93) |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
TTCCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTAGTACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGCA > CP042583/620481‑621041
|||
tGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTc > 1:1186117/1‑289 (MQ=255)
gagaCGGGAAAATGAGACTCGAGTTTTAGATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc < 2:839885/288‑1 (MQ=255)
agaCAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCCACCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGccc > 2:1380820/1‑288 (MQ=255)
agaCAGGAAAATGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGccc > 1:1909515/1‑288 (MQ=255)
agaCAGGAAAATGAGACTCGAGCTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGccc > 1:579838/1‑288 (MQ=255)
aaaaTGCGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATACCCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAg < 1:1049369/289‑1 (MQ=255)
aaaaTGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGcc < 2:818147/287‑1 (MQ=255)
aaaaTGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGc < 1:1542542/286‑1 (MQ=255)
aaaaTGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGAGGAAGGTCGCGACATGGTGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGcc < 2:913798/287‑1 (MQ=255)
aTGAGACTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGtt < 1:1345282/289‑1 (MQ=255)
gaCTCGAGTTTTCAATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTAcc > 2:197073/1‑289 (MQ=255)
tttcaaattAGCGCTCTAACCTGTTTGTTGATGATGCTCGGCGAATGCAGGATTACACCGTGGAGTGGGATGAAGGTAGGGACATGATGGTGCTGGGTGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCCGCCTGGCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTTTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCGACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCcg < 2:77417/282‑1 (MQ=255)
aTTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGAtt < 1:1308446/289‑1 (MQ=255)
aTTTATCGCGATAGCCGGGATGTTGAGGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGAtt < 2:529072/289‑1 (MQ=255)
ttATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGGTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAGGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTtg < 1:1693501/289‑1 (MQ=255)
gCTATACCCCGGATGTTGATGATGCTCCGCTGATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTggtggt < 2:921184/289‑1 (MQ=255)
aacccgtgagTTGATGCTGCGTGGAGTATGCAGGCTTACCCCCGGGAAGCGAAGAAAGGTCGCGAAATGCTGCTGATGGATTACGTTGTCCGGCTAAAAGCGAAAGATCCCAGCCGGTCGTTCCGCCGGTCTTGCCGTGAAGGTGAGGG‑CGGTTCGGACGGTCTGAACATGAACGGAAAGAATGGTATGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTAGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGTCAGGTTTGCCGGTGATGCGCGATTTGGTGGGAGACa < 2:398257/280‑1 (MQ=255)
aaCCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACa < 2:1328548/289‑1 (MQ=255)
ggATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGa < 1:1722769/289‑1 (MQ=255)
gATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGCTTTCGGCACTCAACCAGCAGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCAGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACCTgggcc > 2:1505311/1‑287 (MQ=255)
aTGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACa > 1:620632/1‑289 (MQ=255)
aTGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACa > 1:776173/1‑289 (MQ=255)
aTGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACa > 1:398328/1‑289 (MQ=255)
gatgatGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCggg > 1:964353/1‑215 (MQ=255)
gatgatGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCt < 1:197073/289‑1 (MQ=255)
atgCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCCGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATgc > 2:753527/1‑289 (MQ=255)
tgCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATgc > 2:1274133/1‑288 (MQ=255)
cgcgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAata > 2:1731474/1‑289 (MQ=255)
gcgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTCTTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAAACAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTGGGTGGTAGACCTTGGCCAATCCTAGGCCCaagtg > 2:1875317/1‑286 (MQ=255)
cgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc < 2:124736/223‑1 (MQ=255)
cgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc > 1:124736/1‑223 (MQ=255)
cgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACa > 2:925201/1‑265 (MQ=255)
cgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACa < 1:925201/265‑1 (MQ=255)
cgTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATg > 1:291927/1‑289 (MQ=255)
aTGCAGGATTACCCCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATgag < 1:1570007/288‑1 (MQ=255)
aTGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCTCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGCCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTCAAGGTGTGCA‑CGGCTCCGACGGTATGAACATGAACGGCCAGCACGGTCAGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACCCAACCAGCCCGGCAAGAAGATTGCGATCCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTCAACCACGATTAGGTGGTAGACATGGGTCCATTCTATGCGCATCATgaga > 2:340140/1‑289 (MQ=255)
tACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAg > 1:596414/1‑288 (MQ=255)
cacCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCt > 1:1891492/1‑289 (MQ=255)
acCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCAACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCtt < 2:238207/289‑1 (MQ=255)
cccTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTACCCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCtt < 1:369711/289‑1 (MQ=255)
tGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCaa > 2:302530/1‑187 (MQ=255)
tGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCTCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGAATTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGcttaagct > 2:1872583/1‑282 (MQ=255)
tGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGcc > 2:1227/1‑204 (MQ=255)
tGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTa > 1:555021/1‑286 (MQ=255)
tGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGACTTGGTGGTAGACATGGGACAAGTCTATGCGCAATATGAGACAATTAATCCTTa > 2:1757314/1‑286 (MQ=255)
gAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGt > 1:1229629/1‑289 (MQ=255)
aGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGtt < 1:1274133/288‑1 (MQ=255)
gCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGa > 1:1361611/1‑289 (MQ=255)
gATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAATGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTggtggt < 1:1210080/233‑1 (MQ=255)
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cTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGTCGTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCag > 2:1076518/1‑289 (MQ=255)
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ccccGATTTCGGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGGATGAATGTATTCCCTTCGCATGTTGTTCAACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTTGAATCCCGATAAGTTTAACGGCCCgg > 2:561100/1‑288 (MQ=255)
|||
TTCCCGCCGAAGATTCGTACTTACTAATGCGGAGACAGGAAAATGAGACTCGAGTTTAGTATTTATCGCTATAACCCGGATGTTGATGATGCTCCGCGTATGCAGGATTACACCCTGGAAGCGGATGAAGGTCGCGACATGATGCTGCTGGATGCGCTTATCCAGCTAAAAGAGAAAGATCCCAGCCTGAGCTTCCGCCGCTCCTGCCGTGAAGGTGTGTG‑CGGTTCCGACGGTCTGAACATGAACGGCAAGAATGGTCTGGCCTGTATTA‑CCCCGATTAGCGCACTCAACCAGCCGGGCAAGAAGATTGTGATTCGCCCGCTGCCAGGTTTACCGGTGATCCGCGATTTGGTGGTAGACATGGGACAATTCTATGCGCAATATGAGAAAATTAAGCCTTACCTGTTGAATAATGGACAAAATCCGCCAGCTCGCGAGCATTTACAGATGCCAGAGCAGCGCGAAAAACTCGACGGGCTGTATGAATGTATTCTCTGCGCATGTTGTAGTACCTCTTGTCCGTCTTTCTGGTGGAATCCCGATAAGTTTATCGGCCCGGCA > CP042583/620481‑621041
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A