Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
714,085 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 714,085 | 0 | A | T | 99.7%
| 709.7
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (132/167); minor base G (1/0); total (133/167) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 714,086 | 0 | C | G | 99.7%
| 707.0
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (131/166); total (133/167) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.43e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 714,087 | 0 | T | A | 99.0%
| 696.5
/ NA
| 300 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); major base A (132/163); minor base G (0/3); total (133/167) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCACTGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGGCTGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCAGCTCGTTTCTTTGCTTTGCACAAAGGTTTCGTATTTT > CP042583/713807‑714364
|||
tCGTTGCGTTGACGTAGGAACCTGGATTGCCGGTTTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGc < 2:1609146/289‑1 (MQ=255)
gTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCtt > 1:2429386/1‑289 (MQ=255)
tgtcGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCtt < 2:1754704/285‑1 (MQ=255)
aGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTa > 1:2630070/1‑289 (MQ=255)
aGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTa > 1:824355/1‑289 (MQ=255)
gACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTACGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTACCTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCGTGCCTTCTTCTCAGATATAAAAGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTACTCCCCGTCCACTGGGAGAGAAAGCCTAAGCAGTCATTGGCTGAGCCGCGGTCTTGAATcaca > 2:609239/1‑289 (MQ=255)
aGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATg < 2:746355/289‑1 (MQ=255)
ggCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGTGCGGCGGGCTTTAATCACACGCTgc > 1:2488390/1‑289 (MQ=255)
cTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCCCACGATGCGCttt > 2:815362/1‑289 (MQ=255)
ccGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACAAGATGGCCTTTCacgtc > 2:1914600/1‑287 (MQ=255)
ggTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATcaca > 1:2453077/1‑268 (MQ=255)
ggTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATcaca < 2:2453077/268‑1 (MQ=255)
ttGGTTACCGCTTCTAATCCCTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAGGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGaaa < 1:1535298/289‑1 (MQ=255)
cGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTTTCGTCGTTGGAAATGACCATa > 1:1574605/1‑289 (MQ=255)
cTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAAt > 2:1993847/1‑250 (MQ=255)
cTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAAt < 1:1993847/250‑1 (MQ=255)
cTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCCTTAATCCCACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGCCCATAACAGGCCCCTgg > 2:2696392/1‑289 (MQ=255)
tataAAAAATCCGCCTCTAGGGGCGGTTTGTTGTTTTTGAGGTTTAGGGTCGAAAAGATCGGTTCCGGGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAAGCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGc < 2:1794151/289‑1 (MQ=255)
taAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTg > 1:1337050/1‑289 (MQ=255)
aaaaaTCCGCCTCTGGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGat < 2:1190081/289‑1 (MQ=255)
gCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATcaca < 1:1717427/223‑1 (MQ=255)
ccTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTatcat > 2:684860/1‑289 (MQ=255)
ggggttttttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAGAATATCGGTTCCGAGAGGGTTTTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTTGTAATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGTGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTTGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCa < 2:1574605/283‑1 (MQ=255)
gCGGATTTTTTTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCa < 1:897833/288‑1 (MQ=255)
gCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCa < 1:684860/288‑1 (MQ=255)
gCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCa < 2:1162512/288‑1 (MQ=255)
gCGGATTTTTGTTTGTAATGGTTCGGGTCGGAAATTGCGGTTCCGGGATGGTTGTAATCAACCGTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATCTAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCa < 2:1713102/288‑1 (MQ=255)
aTTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTa > 2:2368644/1‑289 (MQ=255)
tttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTg < 1:834068/289‑1 (MQ=255)
tGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCa < 1:1076830/289‑1 (MQ=255)
tttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACg > 1:2089475/1‑287 (MQ=255)
tCGGGTCGAAAATATCGGTTGCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACcgcg < 1:2696392/289‑1 (MQ=255)
tCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCTTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGTGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTTGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACTTCTTTACcgcg < 1:2368626/289‑1 (MQ=255)
gggcGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGGTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGct < 2:1557178/285‑1 (MQ=255)
ggTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGct < 2:2089475/288‑1 (MQ=255)
gAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGat > 2:826350/1‑242 (MQ=255)
aaaTATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTaa < 1:291395/288‑1 (MQ=255)
atCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGcc > 2:1012418/1‑289 (MQ=255)
ttCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCa > 1:2398079/1‑258 (MQ=255)
ttCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCa < 2:2398079/258‑1 (MQ=255)
ttCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGAcc < 2:279664/289‑1 (MQ=255)
tGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAg < 1:1981880/289‑1 (MQ=255)
aCCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCa > 2:2342412/1‑289 (MQ=255)
ccTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATggg > 2:429225/1‑225 (MQ=255)
ccTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACcgcg < 1:1348497/250‑1 (MQ=255)
ccTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACcgcg > 2:1348497/1‑250 (MQ=255)
tGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGa < 2:909262/198‑1 (MQ=255)
tGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGAcc > 2:709932/1‑257 (MQ=255)
gAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTaa > 1:116169/1‑245 (MQ=255)
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ttctTAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTgc < 1:1456622/289‑1 (MQ=255)
ttctCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTgc < 1:1926640/289‑1 (MQ=255)
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tAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCAt < 1:2156599/286‑1 (MQ=255)
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aCTGGGAGAAAAAGCCTTAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCACGACGTTTctttcga < 1:1633711/289‑4 (MQ=255)
aCTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGAGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCACGACGTTTctttcga < 1:739074/289‑4 (MQ=255)
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gagaAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGc < 1:2213429/202‑1 (MQ=255)
cTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCACGACGTTTctttcga < 1:471485/274‑4 (MQ=255)
tCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCACGACGTTTCTTTCGATTGCACAAAGGTTTCGTAtttt > 1:1473834/1‑288 (MQ=255)
|||
TTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCACTGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGGCTGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCAGCTCGTTTCTTTGCTTTGCACAAAGGTTTCGTATTTT > CP042583/713807‑714364
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
