Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
714,085 |
3 bp→TGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 714,085 | 0 | A | T | 99.2%
| 564.7
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (104/135); minor base G (0/2); total (104/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 714,086 | 0 | C | G | 99.6%
| 556.0
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (104/136); minor base A (0/1); total (104/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 714,087 | 0 | T | A | 97.9%
| 549.9
/ NA
| 241 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (104/131); minor base G (0/5); total (104/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
TATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCACTGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGGCTGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCAGCTCGTTTCTTTGCTTTGCACAAAGGTTTCGTATTTT > CP042583/713805‑714364
|||
tATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAgcggcg > 1:405984/1‑289 (MQ=255)
tATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAgcggcg > 1:1099194/1‑289 (MQ=255)
tATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAgcggcg > 1:1145263/1‑289 (MQ=255)
aGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTGACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTCATTTCCTTCGCTTTAATCCACGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTa > 1:931326/1‑289 (MQ=255)
aGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATTCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTa > 2:1278269/1‑289 (MQ=255)
aGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTa > 1:1000406/1‑289 (MQ=255)
ttGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATc < 1:740654/288‑1 (MQ=255)
gACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCACGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATcac > 1:82156/1‑288 (MQ=255)
gTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACg < 2:643151/288‑1 (MQ=255)
aGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTAGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGAt < 1:1048641/288‑1 (MQ=255)
cTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCttt > 1:1845502/1‑289 (MQ=255)
gtTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGaa > 1:370314/1‑289 (MQ=255)
tGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAAt < 1:1408908/289‑1 (MQ=255)
ggTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATGTAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATg < 1:599541/289‑1 (MQ=255)
ttACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGa < 1:837942/288‑1 (MQ=255)
cGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGAGTCGCTTTATCCGCGCTGGAAATGACCATa > 2:937996/1‑289 (MQ=255)
cACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCt > 2:1021860/1‑289 (MQ=255)
tttGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGAATCGCTTTATCGTCGCTGGAACTGACCATAAAAGGCACCTGGa > 2:890418/1‑289 (MQ=255)
tttGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAAAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCGTTATCGTAGCTGGACATGACCATAATAGGCCCCGGGa > 2:1488395/1‑289 (MQ=255)
tGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGaaa > 1:168909/1‑289 (MQ=255)
tGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGAACCTGGaaa > 1:1705057/1‑289 (MQ=255)
ggTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTACTCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAAt > 1:810305/1‑289 (MQ=255)
tataAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGc < 1:1021860/289‑1 (MQ=255)
ataAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCt < 1:519541/289‑1 (MQ=255)
ataAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCt < 2:764351/289‑1 (MQ=255)
taAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTg > 2:1901324/1‑289 (MQ=255)
aaaaaaTCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGa < 1:1594977/289‑1 (MQ=255)
aaaaaTCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGat < 2:1528284/289‑1 (MQ=255)
aaaTCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGatat < 1:1301785/289‑1 (MQ=255)
gCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGAt < 2:1311588/227‑1 (MQ=255)
ccTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTatcat > 2:944623/1‑289 (MQ=255)
ccTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTatca > 1:979634/1‑288 (MQ=255)
tcGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGAAGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCACGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTTGCTTTAATCACCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGTTGAGCGACGGGCTTTAATAACACAATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCGGGAAATTTTGCTGCTATTTAtcatcagg > 1:645664/1‑287 (MQ=255)
gCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCa < 1:1901324/288‑1 (MQ=255)
gCGGATTTTTGTTTTTAAGCGTTCGGGTCTAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTCATCCACCTTCTGTAACTGTAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGTCTTTCCTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCa < 1:1471945/288‑1 (MQ=255)
cGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGCAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCaa < 1:942997/288‑1 (MQ=255)
tttGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTg < 2:405984/289‑1 (MQ=255)
tGTTTTTACGGTTGCGGGTAGAAAATATCGGTTCCGATATTGTTGTAATCCAACTTCTGTAACTGGACGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGTTATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCa < 2:1705057/289‑1 (MQ=255)
tGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCTGTGCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGGTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCa < 1:568394/289‑1 (MQ=255)
tGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCa < 1:417672/289‑1 (MQ=255)
tGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCa < 2:828226/289‑1 (MQ=255)
tGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCa < 1:559002/289‑1 (MQ=255)
ttAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCt > 1:773765/1‑289 (MQ=255)
gAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTa > 1:1879241/1‑289 (MQ=255)
tatCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGc < 2:695262/289‑1 (MQ=255)
tCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCg > 2:1088791/1‑289 (MQ=255)
ccACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAAc < 2:1081364/289‑1 (MQ=255)
ccTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTatcatc > 1:1362133/1‑220 (MQ=255)
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cttctCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCtt > 2:527918/1‑288 (MQ=255)
ctcAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCCGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTgcgc < 2:1576746/289‑1 (MQ=255)
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aaaaaGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCACGACGTTTCTTTCGATTGCACaa < 1:659370/289‑1 (MQ=255)
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acaaGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTTGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCACGACGTTTCTTTCGATTGcaca < 2:1565918/285‑1 (MQ=255)
aGCCTAAGGAGTCATTGGCTGAGCGGCGAGCGTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCACGACGTTTCTTTCGATTGCACAAAGGt < 2:1137998/289‑1 (MQ=255)
tCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGCGAGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCACGACGTTTCTTTCGATTGCACAAAGGTTTCGTAtttt > 1:1274439/1‑288 (MQ=255)
|||
TATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCACTGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGAAATTTTGCTGATATTTATCATCATGGGCAAGGTATTGCACGTCTTTACCGCGCTCTTTAAAGGCCAGACCGTGGTCAGAAAAGTAAACCAGGCTGAAGCTGCTGCCGCTGTTGCGTAACTGATCGTACAGCTTGCGCAGTAAATCGTCCGTTTGCGTCATGGTATAGAGATAGCAGCTCGTTTCTTTGCTTTGCACAAAGGTTTCGTATTTT > CP042583/713805‑714364
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
