Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F210 I1 R1
|
4928 |
340.1 |
5480506 |
96.9% |
5310610 |
252.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,809,091 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,809,091 | 0 | A | T | 99.7%
| 763.2
/ NA
| 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (178/140); minor base C (1/0); total (179/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,809,092 | 0 | G | C | 99.7%
| 762.1
/ NA
| 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (179/140); minor base A (0/1); total (179/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,809,093 | 0 | T | A | 100.0%
| 767.3
/ NA
| 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (179/141); total (179/141) |
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
CACATTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCAGTATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTG > CP042583/1808813‑1809372
|||
cacaTTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACtt > 1:718149/1‑289 (MQ=255)
aTTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCACGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCg > 1:2445793/1‑289 (MQ=255)
aaCCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAAttt > 2:2013246/1‑289 (MQ=255)
gCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTaaa > 2:2344457/1‑289 (MQ=255)
aGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTCTTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAg > 2:1893021/1‑288 (MQ=255)
tgtgAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGcc > 1:687090/1‑289 (MQ=255)
gAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCgag > 1:885661/1‑289 (MQ=255)
aTCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGAc > 1:744838/1‑289 (MQ=255)
ttAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAaat > 2:1365013/1‑289 (MQ=255)
cccGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGTTGCCGAGACAATCCGGCAAAATAATTCCCta > 2:1626704/1‑288 (MQ=255)
aCGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTg < 1:1044849/288‑1 (MQ=255)
aCGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTg < 2:1702844/288‑1 (MQ=255)
aCGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTg < 1:2127072/288‑1 (MQ=255)
cTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGt < 2:687090/289‑1 (MQ=255)
aGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGt > 1:1080501/1‑286 (MQ=255)
cTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGc < 2:718149/289‑1 (MQ=255)
aaTATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCag > 1:2320053/1‑289 (MQ=255)
aaTATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCag > 2:1519710/1‑289 (MQ=255)
aaTATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCag > 1:484359/1‑289 (MQ=255)
aGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGt < 1:103595/221‑1 (MQ=255)
aGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGt < 2:2397461/274‑1 (MQ=255)
aGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAgtgt > 2:223049/1‑288 (MQ=255)
gTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGTCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCGCGGTGGCGGTTGTGCCAGCgtggt > 2:334796/1‑286 (MQ=255)
tattattTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGt > 1:1318479/1‑267 (MQ=255)
tattattTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCGGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTTCTGTTTGTGCCAAGGTGTGCCCGGCg > 2:1332754/1‑289 (MQ=255)
tttACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGgcg < 1:1715346/222‑1 (MQ=255)
tttACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGCGaa > 1:1785022/1‑289 (MQ=255)
aCTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTg < 1:2710776/255‑1 (MQ=255)
aCTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAAtt > 2:1955375/1‑289 (MQ=255)
aCTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAAtt > 2:650782/1‑289 (MQ=255)
aaCGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGTCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCATCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCAGACGCAGAAATTATg > 2:1752417/1‑288 (MQ=255)
aaCGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGCCGGAGAAATTATg > 2:1206615/1‑288 (MQ=255)
aaCGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATg > 2:667262/1‑288 (MQ=255)
aaCGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGAAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATg > 1:1582104/1‑288 (MQ=255)
cTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCaaa < 1:667262/289‑1 (MQ=255)
tCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCaaa < 1:1896523/288‑1 (MQ=255)
tCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCACTGTTTATTATGTCACGAAGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCaaa < 1:607519/288‑1 (MQ=255)
aaTTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGt > 1:981183/1‑289 (MQ=255)
ttACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTAc < 1:788082/289‑1 (MQ=255)
ccTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATTCCAAAGCGGTTGTACCCg > 2:2063605/1‑289 (MQ=255)
ataGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGc < 1:2234087/289‑1 (MQ=255)
ataGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAAGTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGc < 1:1198702/289‑1 (MQ=255)
taGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGATACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGCAGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTTGACCCGTGcc > 2:1586812/1‑289 (MQ=255)
aGCATTAAGGAAGATCACATTCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTGTCGCCCATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCg > 1:2343385/1‑289 (MQ=255)
aGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGt < 1:1991474/233‑1 (MQ=255)
aGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCg > 1:1377810/1‑289 (MQ=255)
tAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCaaa > 1:560623/1‑266 (MQ=255)
tAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCaa > 2:1066439/1‑265 (MQ=255)
tAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGtt > 1:2373624/1‑289 (MQ=255)
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|||
CACATTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCAGTATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTG > CP042583/1808813‑1809372
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
