Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,809,091 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,809,091 | 0 | A | T | 100.0%
| 533.9
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (128/96); total (128/96) |
| * | CP042583 | 1,809,092 | 0 | G | C | 99.6%
| 526.5
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (128/94); minor base T (0/1); total (128/96) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,809,093 | 0 | T | A | 100.0%
| 531.7
/ NA
| 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (128/96); total (128/96) |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
AGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCAGTATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTG > CP042583/1808828‑1809372
|||
aGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAg > 2:1564369/1‑288 (MQ=255)
tATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGgcg < 1:1226298/288‑1 (MQ=255)
ttttCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAAt > 2:1545265/1‑289 (MQ=255)
tttAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCTCTGCCGAAACAATTccgcaaaa > 2:878333/1‑282 (MQ=255)
cccccGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGccc < 1:270745/289‑1 (MQ=255)
cccGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTc > 1:1203023/1‑289 (MQ=255)
ttAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGATGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGACCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAACGGCTCTGCCGAGCCAATCCGCGAAATTAATGCCCTCGGTGCCGtt > 2:960716/1‑289 (MQ=255)
cTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGc < 1:754246/289‑1 (MQ=255)
aaTATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTAATCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTg < 2:795509/276‑1 (MQ=255)
aGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAgtgt > 2:1722024/1‑288 (MQ=255)
aGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAgtgt > 1:1341509/1‑288 (MQ=255)
tattattTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACg > 2:1232872/1‑289 (MQ=255)
tttACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTTCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGaa > 2:642125/1‑289 (MQ=255)
tttACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGaa > 2:1440650/1‑289 (MQ=255)
tttACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGaa > 1:1238139/1‑289 (MQ=255)
tttACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTCTAGTAATGTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAACTAATGCCCTCGGTGTCGTTTGTGCCAGAGTGTGCAC‑GACCG‑ATaa > 2:69394/1‑289 (MQ=255)
tttACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCATCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGAGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAAAGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACTG‑AGaa > 1:1903998/1‑289 (MQ=255)
aCTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAAtt < 1:704511/289‑1 (MQ=255)
tAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTAt > 1:1261626/1‑289 (MQ=255)
aaCGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATg > 2:1138759/1‑288 (MQ=255)
cGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCTGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGc < 1:532848/289‑1 (MQ=255)
tataGCATTAAGGAAGGTCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGAACCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGAAAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GTCGG‑AGAAATTTTGCTAAAGCGGTTGTACCCGt > 2:2363/1‑288 (MQ=255)
tataGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTTGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGATTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCAGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGACCCC‑GACGG‑AGAGATTACGCCAAAGCGGTTGTACCCGt > 1:1816284/1‑288 (MQ=255)
tataGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGt > 1:1071369/1‑288 (MQ=255)
tataGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTg < 1:837895/289‑1 (MQ=255)
tataGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GAAGG‑GAAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGt > 2:674126/1‑288 (MQ=255)
tataGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCACGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGt > 1:1006797/1‑288 (MQ=255)
aGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCTAATCGGTTGTATCTGTGCCg > 2:356947/1‑289 (MQ=255)
aGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCg > 1:348440/1‑289 (MQ=255)
aGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCg > 1:858402/1‑289 (MQ=255)
cATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGgt > 1:232016/1‑289 (MQ=255)
tAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGtt > 2:1500287/1‑289 (MQ=255)
aaGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCaa > 1:652991/1‑264 (MQ=255)
aaGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATg < 2:1203023/288‑1 (MQ=255)
aaGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATg < 1:464141/288‑1 (MQ=255)
aGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCt < 1:80056/289‑1 (MQ=255)
aGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCt < 1:1779078/289‑1 (MQ=255)
aGATCACATGACGCAACAAAATTATCTGGATGCACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACCCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCt < 2:852764/289‑1 (MQ=255)
gATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGt < 2:870021/264‑1 (MQ=255)
gATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTg < 2:1089780/274‑1 (MQ=255)
gATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTg > 1:1089780/1‑274 (MQ=255)
gATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCt > 1:1583540/1‑288 (MQ=255)
gATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCt > 2:557601/1‑288 (MQ=255)
gATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCt > 1:296712/1‑288 (MQ=255)
gATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACCG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTTGACCCGTACCGGTGCTGAAGCt > 2:563236/1‑288 (MQ=255)
gATCACATGCAGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCCCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGC‑GGCAATTAGGCCAAAGCAGTTGTACCCGTGCCGGGTTTGATGcc > 1:517467/1‑287 (MQ=255)
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AGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCAGTATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCC‑GACGG‑AGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTG > CP042583/1808828‑1809372
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
