Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F9 I0 R1
|
102 |
135.6 |
2723430 |
97.5% |
2655344 |
229.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,206,477 |
T→A |
16.2% |
S5R (AGT→AGA) ‡ |
ttdA → |
L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,206,477 | 0 | T | A | 16.2%
| 162.1
/ 8.0
| 100 | S5R (AGT→AGA) ‡ | ttdA | L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/56); new base A (7/9); total (32/68) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTT > NC_000913/3206243‑3206705
|
cAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGtaat < 1:894721/238‑1 (MQ=255)
aGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGATTTTTTCAGACAAATACAAAAAA‑ATGG‑G‑GTTG‑‑C‑ACG‑TT‑GAGCGGAAGaaataa > 1:875258/1‑239 (MQ=255)
gCTATTCAGCAGCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCACAGTGTATTCCGCAACACATTGCCAGTCCCTGCTCTGGCGCAAGATTCATTCTTATGTGCTCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGGAAAAAATATAGAACCGCATTTGTAGTGGTAGATTGTGGC‑GGTGAAGTTTTCCAGACAAATAC‑AATAA‑CTAG‑A‑GGTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGtaataa < 2:930485/238‑1 (MQ=255)
tATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGc < 2:282520/238‑1 (MQ=255)
caTTCAGCATCGGTAAGTATTCGCAGTTGTGGTAAGCGCGCTGTATTTCGCATAACAATGGCATTCTCTGCTCTGGCGCAATATTCTTTCTTATTGTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCGGGGTCGGAAGAAATATAAAACCACATCGTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCTAGTCAAATAC‑ACAAG‑CTGG‑A‑GTTG‑CT‑ATC‑AT‑GAGCTAAAGtaacgagc < 2:1312143/237‑6 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 1:835962/236‑1 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 1:719283/236‑1 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 2:356970/236‑1 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 2:57842/236‑1 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAgg < 1:132617/236‑1 (MQ=255)
aTCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGc < 1:738001/237‑1 (MQ=255)
cGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGATTTTTTCAGACAAATAA‑AAAAA‑ATGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑GT‑GAGCGAAAGAAATAAGCaaacgacaggg > 1:740417/1‑230 (MQ=255)
cGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGAGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTTAGACAAAAAC‑AAAAA‑CAGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑GC‑GAGGGAAAGAAATAAACAACAGAAAGTg > 1:251238/1‑239 (MQ=255)
tAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑aa < 2:1119944/238‑1 (MQ=255)
tAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑aa < 1:722731/238‑1 (MQ=255)
tAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑aa < 2:688796/238‑1 (MQ=255)
aaTTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCGCATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGT‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAAAAGGCAGTG‑aaga < 2:151113/239‑3 (MQ=255)
ttATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAg < 1:76192/239‑1 (MQ=255)
tATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGt < 1:1011294/239‑1 (MQ=255)
gCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACa < 2:193477/239‑1 (MQ=255)
tgtgATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAgag‑a < 1:1030916/238‑1 (MQ=255)
aGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCt < 2:237923/239‑1 (MQ=255)
cgcAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCAGAAAAATAA‑AAAAA‑AATG‑G‑GGTG‑GC‑ATG‑AT‑TAGCGAAAGGAATAAACAAAAAGAAGGG‑AATAAAATGACAGAG‑Atttttgccaa > 1:983174/1‑231 (MQ=255)
aGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGATTTTTTCAGAAAAAAAC‑AAAAA‑CTTG‑A‑GTTG‑CC‑CTG‑AT‑GAGGGGAAGTAATAAACAAAAGGCAGTG‑AATAAATTGACAGAG‑ATTGttggttaatt > 1:503738/1‑230 (MQ=255)
tgtATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGATTTTTTCAGACAAAAAA‑AAAAA‑ATGG‑A‑GTTG‑GC‑ACG‑AT‑GAGCGGGAGGAATAAGTAACAAGGAGAG‑AAAAAATTGGCAGAG‑ATTTTCTCTTAA‑TTT‑a > 1:1225525/1‑239 (MQ=255)
tATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑Acc < 1:824393/239‑1 (MQ=255)
tCGAAAAACTTTGCCATTCCCTGCCTTGGCGCAATTTTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACAAACTGTTATTTAC‑ATATTCAGGGTGGCAAAAAATAAAAACCCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAAAAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑TTTGTCGCTAAT‑TTT‑ACCGCCa < 2:1225525/239‑1 (MQ=255)
aaCATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGC‑ATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGTACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGAGTTTTTCCGTGAAATAC‑AAAAA‑CCAG‑A‑GCTG‑GT‑ATG‑GT‑GATAGGGCGTAATAAGCAACAAGGAGAG‑GGTAAAATGAAAGGG‑GTTGTGCCTAAG‑TTT‑ACCGCCATGAtgta > 2:779950/1‑236 (MQ=255)
cATTGCCATCCCTTGCTCTGGCGAAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAACCCACATTTTTAGGGGGAGTTTGGGGC‑GGTAAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CGGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCt < 1:696702/239‑1 (MQ=255)
cacccctttctctGGCGCATTATATATTCTGATTACCGAGTTGAACAACGAACTGTTAAATGC‑ATATGCCGGGGGGAAAAAAATATAAATCAACATTTGTAGTGGGATGTTGGGGG‑GGTGATTTTAACAAAAAAAAAAA‑AAAAA‑CAGG‑A‑GTTT‑CC‑ATA‑AG‑GCGCTAAAAAAATAAGCAACAGACGGAA‑AAAAAGTATACAGAG‑TTTGCCGTTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGa < 2:318866/230‑1 (MQ=255)
cATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGTTTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATAAAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAAACAAATAC‑AAAAA‑TTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑AAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTA‑AATAAGTGGAAAGAG‑ATTGTCCCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGa < 1:95797/239‑1 (MQ=255)
cccTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCAGACAAATAC‑AAAAA‑CAGG‑A‑GGTG‑CC‑CTG‑AT‑GAGAGAAAAAAAAAAACAAAACACAGGG‑GAAAAATTTAAAAGG‑AATTTAGCTCAC‑TTT‑ACCGCCCACATTTTTTCCCGaaag > 2:634911/1‑236 (MQ=255)
ctctGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGGAAAAAAC‑AAAAA‑CTTG‑C‑GTTG‑CC‑ACT‑CT‑TTGTGCAAGGAATAAGCAACAGGCCGAG‑GATAAGATGGCAGAG‑ATTTTCGGCAAA‑TTT‑ACCGCCATGATTTTTACCCGAAAGCCtgtt > 1:156371/1‑237 (MQ=255)
ggCGAAATATTATTACTTATTACGGGGTTGATACACGAAATTTAAATTCA‑ATATTCTGGGTGGAAAAAAAGATAAAACCATTTTTTAATTGGGAGTTTG‑GGG‑GGGGAATTTTTACGAAAAAAAGC‑AACAA‑GTGGAA‑GTTT‑CC‑AAG‑AG‑GAGAGAAGTTAAAAGGCAACAGGTAGGA‑AAAAGGTAGACGGAA‑GTTGTCGTAATC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGAc < 2:1329746/238‑1 (MQ=255)
cgcAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCCGACAAATAC‑AAAAA‑ATGG‑A‑GGTG‑GC‑CTG‑AT‑GAGAGAAAGTAATAAAAAAAAAGCAGGG‑AATAAATTTAAAGAG‑AATTTCGCCAAA‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCCGATGAAgtg > 1:507303/1‑239 (MQ=255)
cgaaaTATTCATTCTTATTTTCGGTTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTAAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgt < 1:1272623/235‑1 (MQ=255)
gaaaTATTCATCTTTATTTCGTCGTTGATACACGAA‑TTTTAAATACAATATTCACGGTGACAAAAAATATAAAACCCCATTTTAAGTGGTAGTTCGCGGC‑GGTAATTTTTCCCAAACAAATAC‑AAAAA‑CGGG‑A‑GTTC‑CC‑CTG‑AT‑GAGCGAAAGAAATAAGCACCAGGCAGTG‑AATAAGTTGCCAGAA‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACgtg < 2:561957/236‑1 (MQ=255)
ttttcattcTTATTTTCGCTTTTATACACGAACTTTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTAAATTTTTCCAAACAAATAC‑AAAAA‑CGGG‑A‑GTGG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACGGGCGGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 2:28948/237‑1 (MQ=255)
tatgtattcTTATTGCCTCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCGCATTTTTAGGGGTAGTTTGGGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAA‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑TTG‑AG‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTA‑AATAAGTTGACAGGG‑ATGGCCGTTACC‑TTT‑TCCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:1342860/234‑1 (MQ=255)
tatTCATTTTTATTTTCGCGTTGATTCACGAATTGTTAATTAC‑ATATTCAGGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGAAAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTGG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGAAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGa < 1:7648/239‑1 (MQ=255)
tatTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATT‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑Acc < 1:735171/201‑1 (MQ=255)
cattcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTTCCGACAAATAC‑AAAAA‑ATGG‑A‑GTTG‑CC‑CTG‑AT‑GAGCGGAAGGAATAAAGAACAAGCAGTG‑AAAAAGATGACAGAG‑AATGTCGCCAAA‑TTT‑AACGCCATGATTTTTAACCGAATGCCTGATGACGTGGGGGGTaaa > 1:561957/1‑239 (MQ=255)
attcTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAAACAAAAAC‑AAAAA‑ATGG‑A‑GGTT‑CC‑CTG‑AT‑GAGGGAAAATAATAAGCAAAAAGCAAGG‑AATAAATTGTCAGAG‑AATGTCGCTAAC‑TTT‑AACCCCATGCTTTTTACCCGAAAGCCCGGTGACGggggggggaaa > 2:1272623/1‑233 (MQ=255)
ttATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaa < 1:871887/239‑1 (MQ=255)
tATTTTCGCTTTGATTCACGAACTGTTAATTGC‑ATACTCACGGTGGAAAAAAATAAAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGG‑GGTGAATTTTTCCAAACAAATAC‑AAAAA‑GTGG‑A‑GTTG‑CC‑TTG‑AG‑GAGCAAAAGTAAAAAGCAACGGGCATTA‑AAAAAGTGAACAGAG‑TTTTTCTCTAAT‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:992903/239‑1 (MQ=255)
tATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGGAATTTTTCAGACAAAAAA‑AAAAA‑ATAG‑A‑GGTG‑TC‑AAT‑AT‑GTGCGGAAGTAATAAAAAACACGCAGTG‑AATAAAGTTACAGAG‑ATTGTGGCTAAC‑ATT‑ACCGCCCATATTTTTATCCCCATACCTGATAAGAGGGGGGGTAAACAaaaa > 1:883698/1‑239 (MQ=255)
tATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGGGAAATTTTTCAAACAAAAAA‑AAAAA‑AAGG‑A‑GTTT‑GC‑ATT‑GT‑TGGCGGAAAGAATAAACAAAACGCAATGAAAAAAATTGA‑AGAG‑AATGTTGGTAAA‑CTT‑ACCCCCCTAGTTTTTTCCCGAATTCCCGTTCAAGAGGGGGAGAAACAaaaa > 2:1293926/1‑239 (MQ=255)
ttttCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAAATTTTCCAAACAAATAA‑AAAAA‑ATGG‑A‑GGTG‑CC‑CTG‑AT‑GAGCGCAAAGAAAAAGCAAAAAGCAGTG‑AATAAGATGAGAGAG‑ATTGTCGGTAAC‑TTT‑TCCGCCCAGAATTCTTCCCCAATGACTCAAGAAGAGGGGGGtaaaataaaaaa > 1:1028344/1‑237 (MQ=255)
gTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTTCCACAAAAAA‑AAAAA‑ATTG‑A‑GTGT‑CC‑ACT‑GT‑TAGCGGAAATAATAAGCAAAACGAAGCG‑AATAAAATGAGAGAG‑AATTTTGTTAAA‑CTT‑TCCGCCAAGATTTCTACCCCGAAACCTGAGGACGTGGGGGGTAAAATAAAACAGCTaaaa > 1:86550/1‑238 (MQ=255)
tGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGACAAAAAA‑AAAAA‑ATGG‑A‑GGTG‑CC‑ATG‑AT‑TAGGGAAAGGAATAAGCAAAAAGCAGGG‑AATTAATTGACAGAG‑ATTGTTTCTAAC‑TTT‑TCCGCCCTGATTTTTACCCCCATGCCTGATGAAGTGGGGGGTAAACTTAAAAAGCTAAAGGATGCCGGAAcac > 1:1194302/1‑236 (MQ=255)
ttAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGCGGGGGAATTTTTCAAAACAAAAAA‑AAAAA‑TGGG‑G‑GTTG‑‑C‑ATG‑ATGGGGGGAAGGAAAAAAAAAAAAGGCAG‑G‑AATAAATTGAAAGAGAATTTTGGTTAAT‑TTT‑ACCACAATATTTTTTACTGAAATG‑CTGATAGAGTGGGGGGTAAAACAAAAAAGATAAAGGATTCCGaaaaagag > 2:273912/1‑233 (MQ=255)
ttAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTaaaa < 1:303499/214‑1 (MQ=255)
aTTAC‑ATATCCACGGTGGAAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGG‑GGTGAATTTTTCAAGAAAAATAA‑AAAAA‑CGGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AG‑GGGCGAAAGTAATAAGCAACGGGAAGTG‑AATAAGTTGAAAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGa < 1:674231/239‑1 (MQ=255)
atatTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTTCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTTG‑G‑GTTT‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGAAATAAAAAAAAGGCATTG‑AGTTAAATGACAGCA‑ATTATCGCTTAC‑TTT‑ACCCCCATGATTTTTACCCGAATGCCCTCTGACGTGGTGGGTAAAATAAAAAAGATAAAGGATGCCGAAAAGTAGTCGATgggg > 1:707493/1‑239 (MQ=255)
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|
CAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTAC‑ATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACATTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATAC‑AAAAA‑CTGG‑A‑GTTG‑CC‑ATG‑AT‑GAGCGAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTG‑AATAAGTTGACAGAG‑ATTGTCGCTAAC‑TTT‑ACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGACGTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACCGGGGAGATTATGTTCTTCGTT > NC_000913/3206243‑3206705
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
