Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F999 I1 R1
|
225 |
156.4 |
11709729 |
83.8% |
9812752 |
75.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,930,457 |
Δ1 bp |
coding (1515/1560 nt) |
kup → |
low affinity potassium transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,930,457 | 0 | C | . | 98.0%
| 663.2
/ 1.2
| 152 | coding (1515/1560 nt) | kup | low affinity potassium transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base . (75/73); total (78/74) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACA > NC_000913/3930387‑3930526
|
gTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATTCATAACCTTAAGCATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCt < 2:1199561/76‑1 (MQ=255)
gTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCt > 2:4181266/1‑76 (MQ=255)
gTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCt < 2:2911427/76‑1 (MQ=255)
tGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTg > 2:1083768/1‑76 (MQ=255)
ggCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTg < 2:5308335/75‑1 (MQ=255)
cAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGtt < 1:1575765/76‑1 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCTTGAGCGGGT‑GATTCTGTTa > 2:1659466/1‑76 (MQ=255)
aaTCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGCATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTa > 2:5204547/1‑76 (MQ=255)
cAACTTCATTCCTTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAct < 1:3789698/76‑1 (MQ=255)
cAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAAct < 1:309935/76‑1 (MQ=255)
aaCGTCATTCCCTTTGCTATGAGGCATAACCTTACAAATAACAAGGTATTGCAGGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActc < 1:1588224/76‑1 (MQ=255)
aaCGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActc < 1:5514352/76‑1 (MQ=255)
aaCGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActc < 1:1552027/76‑1 (MQ=255)
aCGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActct < 1:3961722/76‑1 (MQ=255)
aCGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAActct > 1:3215730/1‑76 (MQ=255)
cGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTg > 1:4283893/1‑76 (MQ=255)
cGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTg > 2:5321983/1‑76 (MQ=255)
cGTAATTCCCTTTGCGCTGATGCAGAACCTTAAACATAACAAGGGATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTg < 2:2870731/76‑1 (MQ=255)
gTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAGCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GCTTCTGTTACCTCTgc < 2:4271212/76‑1 (MQ=255)
gTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTgc > 1:776038/1‑76 (MQ=255)
cttCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCa < 2:592347/75‑1 (MQ=255)
aTTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCa > 1:1860812/1‑76 (MQ=255)
aTTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCa > 1:2815547/1‑76 (MQ=255)
ttCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCAc > 2:719063/1‑76 (MQ=255)
ttCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCAc > 1:2707146/1‑76 (MQ=255)
acccTGTGCGCGGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGAATTCCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCAcc > 2:4881825/2‑76 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTACACATGTCAAGTTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGa < 1:3521218/76‑1 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGa < 2:5094958/76‑1 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGa > 1:4000853/1‑76 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGa < 2:1189018/76‑1 (MQ=255)
ccTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGa > 1:1062204/1‑76 (MQ=255)
ctgtGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAGTTTAGTGCATTATCTGGT‑GCTTCTGTTAAAACTTCGCACTGaa > 1:5853333/4‑76 (MQ=255)
cTTTGCGCTGATGCATAACCTTAGACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTGTGTTAACTGTGTGCACCgca > 1:4582318/1‑74 (MQ=255)
cTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGGGCACCGaa < 2:4123884/76‑1 (MQ=255)
cTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGaa < 2:3279727/76‑1 (MQ=255)
cTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGaa > 1:5845573/1‑76 (MQ=255)
gtcgcTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGAc < 2:5852775/74‑1 (MQ=255)
gcgcTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACg < 2:3807466/76‑1 (MQ=255)
gcgcTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACg < 1:4459297/76‑1 (MQ=255)
gcgcTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGG‑CGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACg > 1:369165/1‑76 (MQ=255)
cTGATGCATAACCTTAGACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTc < 1:5637186/76‑1 (MQ=255)
cTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTc > 2:807314/1‑76 (MQ=255)
cTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTc < 1:5399871/76‑1 (MQ=255)
cTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTc > 1:4517336/1‑76 (MQ=255)
tGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTcc < 1:3553239/76‑1 (MQ=255)
tGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTcc > 1:5432796/1‑76 (MQ=255)
gCATATCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGCGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCGCCGAAGACTCTCCatat < 1:4260260/76‑1 (MQ=255)
gCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCatat < 1:2816198/76‑1 (MQ=255)
aTAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGt > 1:1686260/1‑76 (MQ=255)
aTAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGt > 2:3859917/1‑76 (MQ=255)
tAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTc > 1:1217488/1‑76 (MQ=255)
tAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTc > 1:864320/1‑76 (MQ=255)
aaCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc < 1:4892752/76‑1 (MQ=255)
aaCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc < 1:178946/76‑1 (MQ=255)
aaCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTcc < 1:4360349/76‑1 (MQ=255)
aCCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCa > 1:2274500/1‑76 (MQ=255)
ccTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCAt < 2:5657354/76‑1 (MQ=255)
ccTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCAt < 2:887019/76‑1 (MQ=255)
ccTTAAACATAACAAGCTATTGCATGAGCGTGT‑GATTCTGTTGACTCTGTGCACCGAAGACGCGCCATATGTCCAt > 1:766840/1‑76 (MQ=255)
cTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATa < 2:4421045/76‑1 (MQ=255)
ttAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATaa > 1:4729172/1‑76 (MQ=255)
tAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAc < 1:1668534/76‑1 (MQ=255)
aaaCATAACAGGGTGTTGCAGGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcg < 2:1430686/76‑1 (MQ=255)
aaaCATAACAAGGTATTGCAAGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcg > 1:2693787/1‑76 (MQ=255)
aaaCATAACAAGGTATGGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcg < 2:484611/76‑1 (MQ=255)
aCATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCCTCAcgtc > 2:5585668/1‑76 (MQ=255)
aCATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtc < 1:5119768/76‑1 (MQ=255)
aCATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtc > 1:5745594/1‑76 (MQ=255)
cATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtcc < 1:4946256/76‑1 (MQ=255)
cATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATACGTCCATAAcgtcc > 2:3199127/1‑76 (MQ=255)
aTAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccg > 1:2322473/1‑76 (MQ=255)
tAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgt > 1:1758494/1‑76 (MQ=255)
tAACAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgt > 1:2057520/1‑76 (MQ=255)
aaCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgtc > 1:1687327/1‑76 (MQ=255)
aaCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgtc < 1:1754769/76‑1 (MQ=255)
aCAAGGTATTGCATGCGCGTGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGACGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCg < 1:997261/76‑1 (MQ=255)
aCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTccgccg > 2:742302/1‑76 (MQ=255)
aCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCg < 1:5321984/76‑1 (MQ=255)
aCAAGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCg > 1:3380154/1‑76 (MQ=255)
aaGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGATGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCggg < 2:4074320/76‑1 (MQ=255)
aGGTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGt < 1:5528093/76‑1 (MQ=255)
ggTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTa > 1:1190362/1‑76 (MQ=255)
ggTATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTa < 1:5779750/76‑1 (MQ=255)
tATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACa < 1:862295/76‑1 (MQ=255)
tATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACa > 1:3342943/1‑76 (MQ=255)
tATTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACa < 1:1456005/76‑1 (MQ=255)
aTTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAg < 2:4490306/76‑1 (MQ=255)
aTTGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAg > 1:5640178/1‑76 (MQ=255)
ttGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGa < 2:1321581/76‑1 (MQ=255)
tGCATGAGCGTGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAt < 2:3519336/76‑1 (MQ=255)
tGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAt > 2:804281/1‑76 (MQ=255)
tGCATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAt > 1:1707935/1‑76 (MQ=255)
gcgtGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGAtt < 2:162853/73‑1 (MQ=255)
cATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgtc < 2:3182429/64‑1 (MQ=255)
cATGAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAAcgtccgtc > 1:3182429/1‑64 (MQ=255)
gAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaac > 1:1787936/1‑76 (MQ=255)
gAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaac < 1:3253529/76‑1 (MQ=255)
gAGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaac > 1:3195922/1‑76 (MQ=255)
aGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaaca < 2:3517410/76‑1 (MQ=255)
aGCGGGT‑GATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGaaca > 1:1092973/1‑76 (MQ=255)
|
GTGCAATCAACGTCATTCCCTTTGCGCTGATGCATAACCTTAAACATAACAAGGTATTGCATGAGCGGGTCGATTCTGTTAACTCTGCGCACCGAAGACGCTCCATATGTCCATAACGTCCGTCGGGTACAGATTGAACA > NC_000913/3930387‑3930526
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
