Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F999 I1 R1
|
226 |
132.7 |
9745491 |
85.7% |
8351885 |
75.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 92.1%
| 178.9
/ 11.7
| 76 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/1); new base C (22/48); total (27/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑G‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC > NC_000913/3951092‑3951231
|
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGT‑‑g‑g‑‑‑g > 1:2886817/1‑76 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGg‑‑g‑g‑‑‑g > 2:1979821/1‑76 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑g‑‑‑g > 1:757424/1‑76 (MQ=255)
aaataaaGTATGCCGAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑gc < 2:1055360/76‑2 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGCGCGCTCT‑‑g‑gcc > 2:3307264/1‑74 (MQ=255)
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑gcg > 1:3810007/1‑74 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑gcgc < 2:2092715/76‑4 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑gcgc < 2:2590932/76‑4 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑g‑gcgc > 1:2437244/1‑73 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGa < 2:2487804/76‑1 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGa < 2:3088888/76‑1 (MQ=255)
tAAGTACCGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATg < 1:278772/76‑1 (MQ=255)
gtcccGTTCGGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:439035/73‑1 (MQ=255)
gtcccGTGCCGCCCCCACCACTCAGGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:425527/73‑1 (MQ=255)
gcccGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAcca < 2:4702002/74‑2 (MQ=255)
cccGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:364163/75‑1 (MQ=255)
ccGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 1:2620511/76‑1 (MQ=255)
ccGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 1:2225700/76‑1 (MQ=255)
cGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACg < 1:1446818/76‑1 (MQ=255)
cGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACg < 2:2228722/76‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGGCCGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCCCAATGACCGACGc > 1:1145169/1‑76 (MQ=255)
ccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:2691822/76‑1 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑G‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGAt > 1:4225566/1‑76 (MQ=255)
cGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑G‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGAt > 1:3388269/1‑76 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 1:1390018/76‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 2:660418/76‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGCtttt > 1:3097094/1‑75 (MQ=255)
cccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 2:918951/75‑1 (MQ=255)
cccaccacGAATGGTCGTAATATGGCTGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCg < 1:379762/75‑1 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑‑G‑GCGCGC‑C‑‑CCCCGGAAGGA‑CGACGCCGCTTTCg > 1:1237892/1‑76 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 2:2155821/76‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 1:1852386/76‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 1:1102812/76‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:1168097/76‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGGTGT‑‑G‑G‑‑‑GG‑CGGCCCCGGGATGGCCGGCGCCGATTTCGGGAAg > 1:3042391/1‑76 (MQ=255)
ccTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 1:206583/75‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGGG‑G‑‑‑GG‑C‑‑CCCCCGGATGACCGACGCCGGTTTTGGTAAGc > 1:4497931/1‑76 (MQ=255)
cTCCTGGGCGTGATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CAGCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGcc < 2:4497983/76‑1 (MQ=255)
cTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCCGAAAGACCGCCCCCCCTTTCGGTACGcc > 2:962362/1‑76 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGGGGGCTGTG‑G‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGGTTTCTGTTAGGCg > 1:1388271/1‑76 (MQ=255)
aTGGTCGTAATCTGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CGCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:1999049/76‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCCGAATGAACGACCCCGACTTCTGTAAGCCGGtt > 1:1488430/1‑76 (MQ=255)
ggTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTa < 2:4601387/76‑1 (MQ=255)
gTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGCTTTCGGTGAGCCGATTAt > 1:1364857/1‑76 (MQ=255)
tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 2:3266334/76‑1 (MQ=255)
tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 1:4623945/76‑1 (MQ=255)
aaTATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCCGAATGACCGACGCCGCTTTTTGTAAGACCAATATCGCgg > 1:1292451/1‑76 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:3504359/76‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt < 1:3013357/76‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt > 2:2229924/1‑76 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:2572252/76‑1 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCGCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 2:2941710/76‑1 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 2:2456225/76‑1 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAAAGCACGACCCCGACTTCGGGAAGCTGGTTATCGCGGtct > 2:2223444/1‑74 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGCCCCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtcgg > 2:4832029/1‑73 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 1:1490144/76‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:689925/76‑1 (MQ=255)
cgCGTGTGCTCGTGCGCTGT‑‑GTC‑‑‑GCGC‑‑CACGGGAACGACCGTCGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGtgtg < 1:3831356/75‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 1:1864660/76‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 2:2113660/76‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 2:3709500/76‑1 (MQ=255)
ggTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑AACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACt < 2:1978114/76‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:1845784/76‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:586044/76‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:1662362/76‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc > 1:3556354/1‑76 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc > 2:1463843/1‑76 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:2615073/76‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 1:2906302/76‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc > 2:2214138/1‑76 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg < 1:4029669/76‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGt > 2:3501717/1‑76 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGt < 1:4591927/76‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGG‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGACTTCGGTAAGCCGATTATCGCGACTGTGGACTCgct > 1:289112/1‑74 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc > 1:2691480/1‑76 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc > 1:4015101/1‑76 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 2:4190382/76‑1 (MQ=255)
gcGTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 2:3349316/75‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAc > 1:3459815/1‑76 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAc > 2:656481/1‑76 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATGGCGGTAAGCCGATTATGGAGGTGGTGAACTCTGTCAc > 2:1232035/1‑76 (MQ=255)
tGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAcc < 1:1327567/76‑1 (MQ=255)
tGCGCTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAAGGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGCTTATCGCGCTCGTGAACTCCTTcccc > 2:1436147/1‑76 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc > 1:3121807/1‑76 (MQ=255)
gcgcTGT‑‑G‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 1:1176353/76‑1 (MQ=255)
|
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑G‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC > NC_000913/3951092‑3951231
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
