Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F999 I1 R1
|
225 |
156.4 |
11709729 |
83.8% |
9812752 |
75.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,951,166 |
+C |
coding (35/1818 nt) |
ilvD → |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 86.8%
| 211.2
/ 32.3
| 92 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/1); new base C (25/54); total (37/55) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC > NC_000913/3951093‑3951231
|
aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑g‑‑g‑‑‑gg > 1:246450/1‑75 (MQ=255)
ataacGTAGGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑g‑‑gcgc < 2:2837871/76‑4 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑g‑‑g‑‑‑ggc > 1:3338266/1‑74 (MQ=255)
ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCCCGTGCGCCGT‑g‑‑gcgc > 2:4547052/1‑73 (MQ=255)
ataaaGGAGGCCTAGGGGGCGGTCCGCCACCACCACTCGTGGTGGGAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑g‑‑gcgc < 2:4243/76‑4 (MQ=255)
aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCCGCGT‑G‑‑G‑‑‑Gc‑c‑‑ccccccc > 2:907197/1‑73 (MQ=255)
gCCTAAGTACCGTGCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGa < 2:2577079/76‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTCCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 2:2275969/76‑1 (MQ=255)
ccTAAGTACCGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 1:3348697/76‑1 (MQ=255)
aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGa < 2:1370389/76‑1 (MQ=255)
aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:4064661/76‑1 (MQ=255)
gtcccGTCCCCCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:1777903/73‑1 (MQ=255)
gccccGTTCCCCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:5831407/73‑1 (MQ=255)
tcccGTCCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 2:1203785/74‑1 (MQ=255)
tACCGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGG‑‑CACCGGAATGACCg < 2:4192007/76‑1 (MQ=255)
ccggTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:5526582/73‑1 (MQ=255)
cccGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:5299247/75‑1 (MQ=255)
cccGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:1166889/75‑1 (MQ=255)
ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CACCGGGATGAACGAc > 1:3536070/1‑76 (MQ=255)
cGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCCGAATGACCgccc > 1:1835039/1‑73 (MQ=255)
gtcccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGc < 2:411285/73‑1 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCCGGATGACCGACGc > 1:2925591/1‑76 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGc > 1:2340145/1‑76 (MQ=255)
gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGCCTGACCGACGc > 2:2874703/1‑76 (MQ=255)
tcccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGcc < 1:4478849/74‑1 (MQ=255)
tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCg < 2:4084214/76‑1 (MQ=255)
ccGCCCCCACCTCTCATGGTCGTAATAGGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:3466486/76‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:1698447/76‑1 (MQ=255)
gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCCGGATGACCGCCGCCGCtt > 2:4364198/1‑76 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 1:1274035/76‑1 (MQ=255)
ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 1:4310875/76‑1 (MQ=255)
ccccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:5510897/74‑1 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGGGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGAAGAACGACGCCGAnttt > 1:4348252/1‑75 (MQ=255)
caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCCCCCCCCATTTc > 1:2065393/1‑76 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATGTGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGCTTTCg > 1:4091545/1‑76 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGGGCTGT‑GGCG‑‑‑GG‑C‑‑CCCCCGAATGACCGACGGCGATTTCg > 1:1982334/1‑76 (MQ=255)
accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGATTTCg > 1:3672105/1‑76 (MQ=255)
ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:2422018/76‑1 (MQ=255)
caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 2:3119328/76‑1 (MQ=255)
cccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 2:5572862/75‑1 (MQ=255)
accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑‑‑GG‑CGGCCCCGGAATGACCCACCCCCGTTTCGGTa > 1:2649028/1‑76 (MQ=255)
cgcTCATTGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:5101290/74‑1 (MQ=255)
cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:2429851/76‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGTGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:2909650/76‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:1025977/76‑1 (MQ=255)
acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GGGCGC‑C‑‑CCCCGGAA‑GACCCACGCCGCTTTTGGGAAgg > 1:3615311/1‑75 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGACTTCGGTAAGCCg > 2:4010536/1‑76 (MQ=255)
tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGGGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCg < 2:3671179/76‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:677167/76‑1 (MQ=255)
cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:455680/76‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:2586050/76‑1 (MQ=255)
aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:5082729/76‑1 (MQ=255)
tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAtt < 2:782532/76‑1 (MQ=255)
gTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGGTTTTGGTGAGGCGGTTAt > 1:5229260/1‑76 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:4364199/76‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:5222443/76‑1 (MQ=255)
tCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGG‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACCCCCGTTTTGGTAAAGCGATTAtt > 1:3930809/1‑75 (MQ=255)
gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTTTGTAAGCCGATTATcgc > 1:949511/1‑76 (MQ=255)
gTAATAGGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:5244440/76‑1 (MQ=255)
ctAATATGGCGGTTGCTCGTGGGCTGT‑GT‑C‑‑‑GC‑GT‑CACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGGCGATTATcgc < 2:2219313/75‑1 (MQ=255)
tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 1:1055146/76‑1 (MQ=255)
aaTATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 2:4973827/76‑1 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt > 1:4960406/1‑76 (MQ=255)
atatGGCGGGTGCTCGTGAGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACAGGAATGACCGACGCCGATTTCGCGAAGCCGATTATAGCGGt > 1:30131/1‑76 (MQ=255)
tatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑TCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:380530/76‑1 (MQ=255)
atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 2:3264656/76‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:1928397/76‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:5229259/76‑1 (MQ=255)
tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGtgg > 1:629795/1‑75 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg > 2:2644272/1‑76 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg > 2:1320452/1‑76 (MQ=255)
ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAACGCGGTtgtg < 1:3701123/76‑1 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa > 1:2378324/1‑76 (MQ=255)
gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 1:1162960/76‑1 (MQ=255)
ggggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 2:2600434/75‑1 (MQ=255)
cGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa > 2:5206173/1‑76 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:3537152/76‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 1:1005863/76‑1 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc > 1:3198377/1‑76 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAAc > 2:1657870/1‑76 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCAC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGacc > 2:505895/1‑74 (MQ=255)
gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCAC‑‑CACCGGAATGACCGACGCAGATTTATGAACGCCGATTATCGCGGTtgtgccc > 2:511618/1‑73 (MQ=255)
gggTGATCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGACGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc > 1:5281988/1‑76 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc > 1:5051100/1‑76 (MQ=255)
gTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTc < 2:3543493/76‑1 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg > 2:4816072/1‑76 (MQ=255)
tGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCg < 1:2193243/76‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGt < 1:4483767/76‑1 (MQ=255)
cTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGtt < 1:796741/76‑1 (MQ=255)
tCGTTCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCTC‑‑CTCCGGAATTGCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCTTTc < 1:2975304/76‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGACTCGTTc > 2:361189/1‑76 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:2560324/76‑1 (MQ=255)
tCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc > 2:1820191/1‑76 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:40876/76‑1 (MQ=255)
cGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAACCCGATTATCGCGGTTGTGAACCCCTTCa > 2:4446849/1‑76 (MQ=255)
gTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAACCGATTATCGCGGGTGGGAAAGCGTTCAc > 2:4395995/1‑76 (MQ=255)
gcgcTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc > 2:2685544/1‑76 (MQ=255)
|
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC > NC_000913/3951093‑3951231
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
