Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F1 I1 R1
|
770 |
51.4 |
2439994 |
93.8% |
2288714 |
110.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,794,172 |
C→T |
*327* (TAG→TAA) |
btuC ← |
vitamin B12 ABC transporter permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,794,172 | 0 | C | T | 100.0%
| 120.6
/ NA
| 39 | *327* (TAG→TAA) | btuC | vitamin B12 ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (22/17); total (22/17) |
GAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGC > NC_000913/1794041‑1794303
|
gAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTTACGTc > 1:189484/1‑139 (MQ=255)
aGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTTACGTCCTGCTTTTaa < 2:189484/139‑1 (MQ=255)
tGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTc > 2:370419/1‑125 (MQ=255)
tGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTc < 1:370419/125‑1 (MQ=255)
tGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAAt > 2:347359/1‑139 (MQ=255)
gTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATaa > 1:336312/1‑139 (MQ=255)
cACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATa < 2:157862/139‑1 (MQ=255)
atatCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAAcc > 1:1113907/1‑126 (MQ=255)
atatCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAAcc < 2:1113907/126‑1 (MQ=255)
atatCTTTCACTACGGTCGTCAGAACGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTACAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTCTTAACAATAACCAGATAAACACCgg > 1:284790/1‑139 (MQ=255)
cTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAAc < 1:969566/139‑1 (MQ=255)
tACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCTTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAGATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTc < 1:315023/97‑1 (MQ=255)
tACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTc > 2:315023/1‑97 (MQ=255)
gtcgtcAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGgc > 1:137479/1‑125 (MQ=255)
gtcgtcAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGgc < 2:137479/125‑1 (MQ=255)
tttCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGctct > 2:802457/1‑139 (MQ=255)
gggTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCttt < 1:622866/67‑1 (MQ=255)
gggTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCttt > 2:622866/1‑67 (MQ=255)
ggTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCt > 2:808254/1‑139 (MQ=255)
gtgtGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCttt > 2:1086375/1‑65 (MQ=255)
gtgtGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCttt < 1:1086375/65‑1 (MQ=255)
tgtgGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTaa > 1:330755/1‑139 (MQ=255)
ggTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGc > 2:1137459/1‑139 (MQ=255)
gTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGcc < 1:347359/139‑1 (MQ=255)
tAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGgcg < 2:330755/139‑1 (MQ=255)
aGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAgg < 2:1021125/127‑1 (MQ=255)
aGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAgg > 1:1021125/1‑127 (MQ=255)
tAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCa < 1:650201/80‑1 (MQ=255)
tAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCa > 2:650201/1‑80 (MQ=255)
tAGACCGTCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCagcagc > 2:863854/1‑139 (MQ=255)
tCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCa > 2:1077114/1‑73 (MQ=255)
tCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCa < 1:1077114/73‑1 (MQ=255)
tCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGcc < 2:1109435/126‑1 (MQ=255)
tCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGcc > 1:1109435/1‑126 (MQ=255)
tCTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATgcgc > 1:920739/1‑139 (MQ=255)
cTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATgcgc > 2:232335/1‑138 (MQ=255)
cTTTTTGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATgcgc < 1:232335/138‑1 (MQ=255)
tttttGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTc < 2:336312/139‑1 (MQ=255)
tttGCGGTTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGc > 2:831231/1‑139 (MQ=255)
|
GAACTTCTCCAGCGTGGTCACTTCACCGTCGATATCTTTCACTACGGTCGTCAGAATGGAATCTTGCATCGTTTCTCCTGGGTGTGGTCAGTAAAAATCTTAGCTTTTAATCATAGACCGTCTTTTTGCGGCTAACGTCCTGCTTTTAACAATAACCAGATAAACACCGGCGCACCTAACGTTGCGGTGACCACGCCAATAGGCAGCTCTGCGGCAGCTAATGCCAGGCGCGCTACAATATCGGCCAGCAGCAATGCGCTCGC > NC_000913/1794041‑1794303
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
