Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F1 I1 R1
|
770 |
51.4 |
2439994 |
93.8% |
2288714 |
110.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,905,989 |
G→A |
R101H (CGT→CAT) |
mntP → |
putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,905,989 | 0 | G | A | 97.5%
| 117.5
/ ‑4.0
| 40 | R101H (CGT→CAT) | mntP | putative Mn(2+) efflux pump, mntR‑regulated |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (19/20); total (19/21) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.05e-01 |
GGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACC > NC_000913/1905859‑1906119
|
ggCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACg > 2:921893/1‑139 (MQ=255)
ttAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCt > 2:626007/1‑139 (MQ=255)
ttAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCt < 1:921893/139‑1 (MQ=255)
ttAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCt < 1:896891/139‑1 (MQ=255)
gAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcc > 1:1083339/1‑139 (MQ=255)
gAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcc > 2:1112940/1‑139 (MQ=255)
aCCACTGTATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGccac < 1:470273/139‑1 (MQ=255)
aCTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAg < 1:626007/139‑1 (MQ=255)
gATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGc < 2:672554/107‑1 (MQ=255)
gATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGc > 1:672554/1‑107 (MQ=255)
gTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGcc < 1:105434/139‑1 (MQ=255)
tgctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCtgt < 2:984556/139‑1 (MQ=255)
gctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGCTGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCAt < 1:720240/132‑1 (MQ=255)
gctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCAt > 2:720240/1‑132 (MQ=255)
ctgATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTgg > 1:323295/1‑139 (MQ=255)
tCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCt > 2:102114/1‑139 (MQ=255)
gcgggcgAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCt < 1:544906/109‑1 (MQ=255)
gcgggcgAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCt > 2:544906/1‑109 (MQ=255)
aaTGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTg < 2:395915/139‑1 (MQ=255)
aGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACAt > 1:435834/1‑139 (MQ=255)
ggTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcca > 2:14171/1‑82 (MQ=255)
ggTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcca < 1:14171/82‑1 (MQ=255)
gTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTAt > 1:409308/1‑139 (MQ=255)
gTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTAt > 1:656702/1‑139 (MQ=255)
cGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGa < 1:1112940/139‑1 (MQ=255)
cgcAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGC‑TTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCAt < 1:102114/139‑1 (MQ=255)
gcAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCAt < 1:932233/139‑1 (MQ=255)
gcAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCAt < 2:323295/139‑1 (MQ=255)
atgaagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTtg > 1:697975/1‑139 (MQ=255)
tgaagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGccacca > 1:592771/1‑59 (MQ=255)
tgaagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGccacca < 2:592771/59‑1 (MQ=255)
gaagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTtgtg < 2:409308/139‑1 (MQ=255)
aagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTtgtg > 1:233304/1‑138 (MQ=255)
aagaGCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTtgtg < 2:233304/138‑1 (MQ=255)
agagCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcca < 2:1203137/53‑1 (MQ=255)
agagCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGcca > 1:1203137/1‑53 (MQ=255)
agCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAAc > 2:986767/1‑139 (MQ=255)
gCCGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAAcc < 1:986767/139‑1 (MQ=255)
ccGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTgg > 2:494283/1‑128 (MQ=255)
ccGCGCCATCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTgg < 1:494283/128‑1 (MQ=255)
|
GGCATGTTAGCCAGCCGGTTTGTCCTTGAATGGAACCACTGGATTGCGTTTGTGCTGCTGATATTCCTCGGCGGGCGAATGATTATTGAGGGTTTTCGTGGCGCAGATGATGAAGATGAAGAGCCGCGCCGTCGACACGGTTTCTGGCTACTGGTAACCACCGCGATTGCCACCAGCCTGGATGCCATGGCTGTGGGTGTTGGTCTTGCTTTCCTGCAGGTCAACATTATCGCGACCGCATTGGCCATTGGTTGTGCAACC > NC_000913/1905859‑1906119
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
