Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F1 I2 R1
|
780 |
68.3 |
3343050 |
93.5% |
3125751 |
102.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,137,277 |
T→C |
intergenic (‑34/‑625) |
wza ← / → yegH |
colanic acid export protein, outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,137,277 | 0 | T | C | 97.8%
| 151.5
/ ‑4.6
| 45 | intergenic (‑34/‑625) | wza/yegH | colanic acid export protein, outer membrane auxillary lipoprotein/inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (21/23); total (21/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.13e-01 |
TTGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGG > NC_000913/2137143‑2137404
|
ttGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGc < 2:714224/139‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 1:1154597/139‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 2:648778/139‑1 (MQ=255)
tcgACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATa > 2:578723/1‑139 (MQ=255)
gctcGGAAGGACTCAGCAATTGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATATTGGATTTCACCTATGTTTATTTATGACTTTGGCGCAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCAt < 1:559819/136‑1 (MQ=255)
cGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAAt > 2:845802/1‑122 (MQ=255)
cGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAAt < 1:845802/122‑1 (MQ=255)
aaGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 2:1668894/111‑1 (MQ=255)
aaGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa > 1:1668894/1‑111 (MQ=255)
aGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACAtt < 1:1407314/139‑1 (MQ=255)
ccGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATg < 1:992582/113‑1 (MQ=255)
ccGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGtt > 1:422686/1‑139 (MQ=255)
ccGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTGTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATg > 2:992582/1‑113 (MQ=255)
tATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTg > 2:328034/1‑139 (MQ=255)
ccAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 2:863427/76‑1 (MQ=255)
ccAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa > 1:863427/1‑76 (MQ=255)
ccAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCa < 1:1236804/97‑1 (MQ=255)
ccAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCa > 2:1236804/1‑97 (MQ=255)
cAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAg > 2:724156/1‑85 (MQ=255)
cAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAg < 1:724156/85‑1 (MQ=255)
ataatGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCAt < 1:328034/139‑1 (MQ=255)
cATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAAt < 2:1179493/121‑1 (MQ=255)
cATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAAt > 1:1179493/1‑121 (MQ=255)
aTCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTa < 2:422686/139‑1 (MQ=255)
aTCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCATa > 1:188876/1‑139 (MQ=255)
tCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCAc < 1:75470/65‑1 (MQ=255)
tCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCAc > 2:75470/1‑65 (MQ=255)
tGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa < 1:290817/52‑1 (MQ=255)
tGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCa > 2:290817/1‑52 (MQ=255)
catcatTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGc < 1:578723/139‑1 (MQ=255)
ttGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCt < 2:1230859/139‑1 (MQ=255)
tatCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTAcc < 1:192789/64‑1 (MQ=255)
tatCACTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTAcc > 2:192789/1‑64 (MQ=255)
aCTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGa > 1:1033117/1‑131 (MQ=255)
aCTTTGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGa < 2:1033117/131‑1 (MQ=255)
tGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAGAAAAATTg < 1:1361784/106‑1 (MQ=255)
tGGCAGAGTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAGAAAAATTg > 2:1361784/1‑106 (MQ=255)
agTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGa < 2:378977/135‑1 (MQ=255)
agTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGa > 1:378977/1‑135 (MQ=255)
agTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTgg > 1:1550428/1‑139 (MQ=255)
agTAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTgg > 2:297815/1‑139 (MQ=255)
tAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCtt > 1:1601204/1‑50 (MQ=255)
tAATTATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCtt < 2:1601204/50‑1 (MQ=255)
ttATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGc < 1:734985/106‑1 (MQ=255)
ttATCCCGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGc > 2:734985/1‑106 (MQ=255)
|
TTGCCCATCGTCGACATATTGCTGCCCGGAAGTACTGTGCAACCGCTTATCAAGGTTACTGACACCAATAATGGCATCAATTTCATTTTGGATTTCATCATTGTTTATTTATCACTTTGGCAGAGTAATTATCCTGTGCACTATTAATAGCAATGTCGCCATGCACATTTACCTTGCAGTTAATTGAATAAAAATTTAACTGGCATCAGTCCTAAAAAAATTGATTTCATCCGCAGGCTATTGACAGAATAATTCAGACTGG > NC_000913/2137143‑2137404
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
