Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F1 I1 R1
|
776 |
60.0 |
3074904 |
90.1% |
2770488 |
104.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,130,110 |
T→C |
A92A (GCT→GCC) |
metL → |
Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,130,110 | 0 | T | C | 97.0%
| 228.6
/ ‑2.8
| 67 | A92A (GCT→GCC) | metL | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (34/31); total (35/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.15e-01 |
CCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAT > NC_000913/4129977‑4130244
|
ccgccgccgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga > 2:208676/1‑139 (MQ=255)
gccgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg < 1:1030662/139‑1 (MQ=255)
gccgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg < 1:208676/139‑1 (MQ=255)
cgGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGAt > 2:619103/1‑139 (MQ=255)
cTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAg > 1:606518/1‑139 (MQ=255)
ttGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTg > 2:1128541/1‑139 (MQ=255)
ttGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTg > 2:1519579/1‑139 (MQ=255)
ttGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTg > 1:674452/1‑139 (MQ=255)
ggTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCt > 1:1302311/1‑139 (MQ=255)
ttGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg < 2:664753/106‑1 (MQ=255)
ttGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg > 1:664753/1‑106 (MQ=255)
aGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAgcgc > 2:1094803/1‑135 (MQ=255)
aGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAgcgc < 1:1094803/135‑1 (MQ=255)
aGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTgg > 2:557961/1‑139 (MQ=255)
gACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga > 2:549417/1‑87 (MQ=255)
gACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga < 1:549417/87‑1 (MQ=255)
gACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg > 1:646606/1‑139 (MQ=255)
aCCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg > 2:337147/1‑91 (MQ=255)
aCCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCg < 1:337147/91‑1 (MQ=255)
aTCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga < 2:62060/82‑1 (MQ=255)
aTCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCgaaga > 1:62060/1‑82 (MQ=255)
ctctctGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCgctg > 1:982440/1‑132 (MQ=255)
ctctctGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCgctg < 2:982440/132‑1 (MQ=255)
tctGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGTCCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCg < 2:910849/139‑1 (MQ=255)
cgcATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTAt < 1:557961/139‑1 (MQ=255)
aTCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTaa < 2:606518/139‑1 (MQ=255)
cAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAg < 1:666785/83‑1 (MQ=255)
cAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAg > 2:666785/1‑83 (MQ=255)
cAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCt > 1:547866/1‑110 (MQ=255)
cAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCt < 2:547866/110‑1 (MQ=255)
aGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAacga > 2:196124/1‑139 (MQ=255)
aGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAacga > 2:342859/1‑139 (MQ=255)
gTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAacgacg < 2:1406576/139‑1 (MQ=255)
acaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAgt > 1:400694/1‑138 (MQ=255)
acaaACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAgt < 2:400694/138‑1 (MQ=255)
aaaCGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTa < 1:1519579/139‑1 (MQ=255)
cGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGc > 1:685120/1‑139 (MQ=255)
cTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCgg < 2:685120/139‑1 (MQ=255)
tGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGa < 1:1242143/139‑1 (MQ=255)
gTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCttt < 1:874084/70‑1 (MQ=255)
gTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCttt > 2:874084/1‑70 (MQ=255)
tCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAg > 2:1519788/1‑102 (MQ=255)
tCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAg < 1:1519788/102‑1 (MQ=255)
gTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg > 1:296950/1‑88 (MQ=255)
gTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg < 2:296950/88‑1 (MQ=255)
gCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTggcgg > 1:1397887/1‑84 (MQ=255)
gCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTggcgg < 2:1397887/84‑1 (MQ=255)
cGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACggg < 1:619103/139‑1 (MQ=255)
aTCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGcc < 1:1217825/132‑1 (MQ=255)
aTCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGcc > 2:1217825/1‑132 (MQ=255)
cTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAg < 1:1128541/139‑1 (MQ=255)
tGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTc < 1:66361/86‑1 (MQ=255)
tGATTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTc > 2:66361/1‑86 (MQ=255)
aTTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCg > 1:1060163/1‑91 (MQ=255)
aTTAGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCg < 2:1060163/91‑1 (MQ=255)
aGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCAtt > 2:1521979/1‑39 (MQ=255)
aGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCAtt < 1:1521979/39‑1 (MQ=255)
aGCGGTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGt < 2:674452/139‑1 (MQ=255)
gTCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGc > 1:637638/1‑139 (MQ=255)
tCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTggcgg < 1:723186/68‑1 (MQ=255)
tCTGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTggcgg > 2:723186/1‑68 (MQ=255)
tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg > 1:197752/1‑68 (MQ=255)
tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGgcggcg < 2:197752/68‑1 (MQ=255)
tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTaa < 1:254919/88‑1 (MQ=255)
tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTaa > 2:254919/1‑88 (MQ=255)
tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACg > 2:1376798/1‑139 (MQ=255)
tGCTACCCGCCGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACAACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACg > 1:161693/1‑139 (MQ=255)
ccgccgAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAt < 1:196124/139‑1 (MQ=255)
ccgccgAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAt < 2:637638/139‑1 (MQ=255)
ccgccgAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAt < 1:342859/139‑1 (MQ=255)
|
CCGCCGCCGGTAGCACCACTAACCAGTTGATTAACTGGTTGAAACTAAGCCAGACCGATCGTCTCTCTGCGCATCAGGTTCAACAAACGCTGCGTCGCTATCAGTGCGATCTGATTAGCGGTCTGCTACCCGCTGAAGAAGCCGATAGCCTCATTAGCGCTTTTGTCAGCGACCTTGAGCGCCTGGCGGCGCTGCTCGACAGCGGTATTAACGACGCAGTGTATGCGGAAGTGGTGGGCCACGGGGAAGTATGGTCGGCACGTCTGAT > NC_000913/4129977‑4130244
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
