Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I2 R1
|
758 |
59.3 |
2864096 |
93.9% |
2689386 |
105.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
947,123 |
T→C |
intergenic (+104/‑106) |
ycaD → / → ycaM |
putative MFS transporter, inner membrane protein/putative transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 947,123 | 0 | T | C | 100.0%
| 194.0
/ NA
| 54 | intergenic (+104/‑106) | ycaD/ycaM | putative MFS transporter, inner membrane protein/putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (26/28); total (26/28) |
TCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGA > NC_000913/946989‑947238
|
tCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 2:89052/139‑1 (MQ=255)
tCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 2:52665/139‑1 (MQ=255)
tCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 2:1204207/139‑1 (MQ=255)
tCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 2:1201731/139‑1 (MQ=255)
tCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 1:586068/139‑1 (MQ=255)
ccGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTta < 2:484541/139‑1 (MQ=255)
gAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTtata > 1:1383885/1‑139 (MQ=255)
aaaCCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag > 2:171976/1‑129 (MQ=255)
aaaCCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 1:171976/129‑1 (MQ=255)
aaaCCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATaa > 2:1170945/1‑139 (MQ=255)
aTGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCg < 1:1170945/139‑1 (MQ=255)
ttCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGTAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCActt > 1:769108/1‑139 (MQ=255)
ttCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTAt > 2:1169527/1‑129 (MQ=255)
ttCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTAt < 1:1169527/129‑1 (MQ=255)
ttCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCActt > 1:617977/1‑139 (MQ=255)
agTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGc < 2:797002/139‑1 (MQ=255)
tgtgAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCAc < 2:1194415/126‑1 (MQ=255)
tgtgAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCAc > 1:1194415/1‑126 (MQ=255)
aCTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATc > 1:718559/1‑139 (MQ=255)
cTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATcc > 2:991300/1‑139 (MQ=255)
cTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATcc < 1:736598/139‑1 (MQ=255)
tGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag > 2:1343826/1‑81 (MQ=255)
tGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 1:1343826/81‑1 (MQ=255)
cacaCTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag > 1:1417859/1‑76 (MQ=255)
cacaCTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCgcag < 2:1417859/76‑1 (MQ=255)
tGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGa > 1:353238/1‑139 (MQ=255)
tttCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTa > 2:277940/1‑139 (MQ=255)
tttCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTa > 1:213734/1‑139 (MQ=255)
tcttctATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAAt > 2:670836/1‑139 (MQ=255)
aTCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATccc < 2:344066/109‑1 (MQ=255)
aTCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATccc > 1:344066/1‑109 (MQ=255)
tCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCg < 1:277940/139‑1 (MQ=255)
tCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCg < 1:670836/139‑1 (MQ=255)
aCTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATc > 2:139227/1‑102 (MQ=255)
aCTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATc < 1:139227/102‑1 (MQ=255)
cTTGTTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCCGCAGGTTATAATTTTGCATTTCTCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATGATCCCTGGTTTTACCGATGATCTTGTAATTTTGGCGAAGGa > 2:1361634/1‑139 (MQ=255)
cTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCg < 1:472201/72‑1 (MQ=255)
cTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCg > 2:472201/1‑72 (MQ=255)
cTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTTTTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTg > 2:415306/1‑139 (MQ=255)
cTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGAt < 1:521925/112‑1 (MQ=255)
cTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGAt > 2:521925/1‑112 (MQ=255)
tttATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCtt > 2:1345058/1‑118 (MQ=255)
tttATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCtt < 1:1345058/118‑1 (MQ=255)
tATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCt < 2:978373/139‑1 (MQ=255)
ttCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTTTTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTAt < 1:415306/139‑1 (MQ=255)
ttCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGtttt < 2:681946/101‑1 (MQ=255)
ttCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGtttt > 1:681946/1‑101 (MQ=255)
aaTTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTAcc > 1:1339322/1‑99 (MQ=255)
aaTTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTAcc < 2:1339322/99‑1 (MQ=255)
aaTTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGc > 2:619867/1‑104 (MQ=255)
aaTTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGc < 1:619867/104‑1 (MQ=255)
tttATTCGTTTAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGa < 2:353238/139‑1 (MQ=255)
ttAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCg < 1:133377/50‑1 (MQ=255)
ttAAAAATAAAATGCGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCg > 2:133377/1‑50 (MQ=255)
|
TCATACGCCGAAACCCGTTGCTCACGTGTAAATGAATTCAAGCAGAGTGTGAACTTACTGTTTCACACTCTGCTTTTTTGTTTCTTCTATCTGACTTGCTTTATTCCAAATTTTATTCGTTTAAAAATAAAATGTGCAGCAGGTTATAATTTTGCATTTCGCTATTTCCGCACTTCTTATTTGCCGCGCATAATCCCTCGTTTTACCGATGCCCCTTTAATTTTGGCGAAGGATTTGTCTATGGCTGGGA > NC_000913/946989‑947238
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
