Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A12 F1 I2 R1 | 766 | 55.6 | 2631458 | 94.7% | 2491990 | 109.9 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,199,764 | (T)5→6 | coding (1043/1128 nt) | intE ← | e14 prophage, putative integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,199,759 | 1 | . | T | 98.2% | 180.5 / ‑3.6 | 57 | coding (1048/1128 nt) | intE | e14 prophage, putative integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (24/32); total (25/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
TTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTAT > NC_000913/1199623‑1199896 | ttAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑tt > 2:329385/1‑139 (MQ=255) tttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑tttttt > 2:366034/1‑138 (MQ=255) tttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttgt > 1:403285/1‑136 (MQ=255) ttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttgtg < 1:167520/139‑5 (MQ=255) tgCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAAc < 1:219475/139‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAAccc < 1:329385/139‑1 (MQ=255) gTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:998165/139‑1 (MQ=255) gTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:503900/139‑1 (MQ=255) gTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:403285/139‑1 (MQ=255) gTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:830609/139‑1 (MQ=255) gagaAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGt > 1:982842/1‑139 (MQ=255) agaAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 1:1210365/139‑1 (MQ=255) aaaTTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCt < 1:793303/139‑1 (MQ=255) aaTTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttg > 2:1257542/1‑117 (MQ=255) aaTTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑ttttttg < 1:1257542/119‑3 (MQ=255) tgtgGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAg > 2:1231003/1‑139 (MQ=255) gtgGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGa < 1:357192/139‑1 (MQ=255) aTGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATaa < 1:1225468/139‑1 (MQ=255) cTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGa > 2:503966/1‑139 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 1:1263685/119‑1 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt > 2:1263685/1‑119 (MQ=255) cTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCtt < 1:323892/126‑1 (MQ=255) cTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCtt > 2:323892/1‑126 (MQ=255) cTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg < 1:366034/139‑1 (MQ=255) cTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg < 1:1231003/139‑1 (MQ=255) tGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAgg > 2:81485/1‑139 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGt < 1:355998/139‑1 (MQ=255) ccATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa < 2:982842/139‑1 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 2:215626/84‑1 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt > 1:215626/1‑84 (MQ=255) ccTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAAccc < 1:503966/139‑1 (MQ=255) tACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCtctc > 2:1062516/1‑139 (MQ=255) gATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt > 2:891379/1‑70 (MQ=255) gATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:891379/70‑1 (MQ=255) gATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGa > 1:317047/1‑112 (MQ=255) gATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGa < 2:317047/112‑1 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCt > 2:305722/1‑62 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCt < 1:305722/62‑1 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACg < 2:258746/85‑1 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACg > 1:258746/1‑85 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTc > 2:1033596/1‑139 (MQ=255) tcatGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAAtt < 2:871177/139‑1 (MQ=255) aCGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTaa > 1:127667/1‑139 (MQ=255) cGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt > 2:285631/1‑56 (MQ=255) cGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:285631/56‑1 (MQ=255) cGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTc < 2:1276034/75‑1 (MQ=255) cGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTc > 1:1276034/1‑75 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAAcc > 2:516583/1‑112 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAAcc < 1:516583/112‑1 (MQ=255) tCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAAcc > 1:59060/1‑111 (MQ=255) tCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAAcc < 2:59060/111‑1 (MQ=255) ggTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctct > 2:1071430/1‑139 (MQ=255) gTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:745936/50‑1 (MQ=255) gTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt > 2:349460/1‑50 (MQ=255) gTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt > 2:745936/1‑50 (MQ=255) gTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:349460/50‑1 (MQ=255) ttgttgttgTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTg < 2:460830/102‑1 (MQ=255) ttgttgttgTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTg > 1:460830/1‑102 (MQ=255) gttgttgtGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCtt < 1:1062516/139‑1 (MQ=255) gtgtTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTaa > 1:898498/1‑139 (MQ=255) ttttATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTGACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGTTCATGGAATGTTGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATGTTTCGCTTTATTAAAAt > 1:444862/1‑139 (MQ=255) aaGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTc < 2:164211/137‑1 (MQ=255) aaGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTc > 1:164211/1‑137 (MQ=255) ag‑tTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTAt < 1:81485/139‑1 (MQ=255) | TTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTAT > NC_000913/1199623‑1199896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |