Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A12 F1 I2 R1
|
766 |
55.6 |
2631458 |
94.7% |
2491990 |
109.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,862,634 |
A→G |
intergenic (‑205/‑137) |
msrB ← / → gapA |
methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,862,634 | 0 | A | G | 100.0%
| 180.3
/ NA
| 50 | intergenic (‑205/‑137) | msrB/gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (23/27); total (23/27) |
GCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAAT > NC_000913/1862499‑1862768
|
gCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGc > 1:419352/1‑139 (MQ=255)
aaTTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAATGGAAGAGTGGGGCGagt > 2:53036/1‑139 (MQ=255)
tttGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGagtcag < 2:254876/139‑1 (MQ=255)
gATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGc > 1:1010000/1‑118 (MQ=255)
gATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGc < 2:1010000/118‑1 (MQ=255)
tcGACGAAATGGCTGCGCCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca < 2:242895/139‑1 (MQ=255)
tcGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca < 2:314546/139‑1 (MQ=255)
gacgaAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGcaca > 1:79006/1‑139 (MQ=255)
ggCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGgattgat < 2:79006/139‑1 (MQ=255)
cTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGAttt < 1:53036/139‑1 (MQ=255)
cACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCCAGCCCAAAGGAAGCGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTc > 1:951080/1‑139 (MQ=255)
atgaAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGaca > 1:533410/1‑139 (MQ=255)
atgaAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGaca > 2:451305/1‑139 (MQ=255)
aaaaTCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca < 2:92561/108‑1 (MQ=255)
aaaaTCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca > 1:92561/1‑108 (MQ=255)
aaTCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGAtt > 1:491620/1‑139 (MQ=255)
aaTCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGAtt < 1:982111/139‑1 (MQ=255)
caTTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca > 1:986834/1‑101 (MQ=255)
caTTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca < 2:986834/101‑1 (MQ=255)
ttATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACg < 2:515440/139‑1 (MQ=255)
tATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAATAGTGGGCCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGc < 2:66637/139‑1 (MQ=255)
tCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTg > 1:952773/1‑139 (MQ=255)
gTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGagtcagtc > 2:1246037/1‑75 (MQ=255)
gTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGagtcagtc < 1:1246037/75‑1 (MQ=255)
tAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGt < 2:419352/139‑1 (MQ=255)
ggCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGagt < 1:685090/48‑1 (MQ=255)
ggCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGagt > 2:685090/1‑48 (MQ=255)
ggCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAg > 2:1268257/1‑139 (MQ=255)
gcgcCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAgg < 1:891231/139‑1 (MQ=255)
gcgcCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAgg < 2:779619/139‑1 (MQ=255)
cgcCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGc < 1:1091823/139‑1 (MQ=255)
cGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAAc < 2:491620/139‑1 (MQ=255)
ccATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCa < 2:493404/132‑1 (MQ=255)
ccATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCa > 1:493404/1‑132 (MQ=255)
tgtgGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTAtt < 2:952773/139‑1 (MQ=255)
gTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTAtt < 1:1085563/135‑1 (MQ=255)
gTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTAtt > 2:1085563/1‑135 (MQ=255)
tctcAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTa > 2:7379/1‑139 (MQ=255)
tcAAGCCCCAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACg > 2:934234/1‑92 (MQ=255)
tcAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACg < 1:934234/92‑1 (MQ=255)
cAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTa < 2:446502/115‑1 (MQ=255)
cAAGCCCAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTa > 1:446502/1‑115 (MQ=255)
cccAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGaca < 2:273289/72‑1 (MQ=255)
cccAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGaca > 1:273289/1‑72 (MQ=255)
cAAAGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGTACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGc < 2:828747/139‑1 (MQ=255)
aGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca < 1:193646/39‑1 (MQ=255)
aGGAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGca > 2:193646/1‑39 (MQ=255)
taaGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTGGTCGCGATGATTGAGACGATGCCGCATGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCATCCTTTTATTCACTACAACATAGCtggtg < 2:951080/138‑1 (MQ=255)
gAAGAGTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCtggtg < 1:451305/139‑1 (MQ=255)
gagTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGaa > 2:673644/1‑139 (MQ=255)
agTGGGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAat > 2:972669/1‑139 (MQ=255)
|
GCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAAAGGAAGAGTGAGGCGAGTCAGTCGCGTAATGCTTAGGCACAGGATTGATTTGTCGCAATGATTGACACGATTCCGCTTGACGCTGCGTAAGGTTTTTGTAATTTTACAGGCAACCTTTTATTCACTAACAAATAGCTGGTGGAAT > NC_000913/1862499‑1862768
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
