Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A13 F1 I1 R1
|
778 |
68.7 |
3228504 |
93.4% |
3015422 |
109.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,214,339 |
(C)6→5 |
coding (306/1686 nt) |
yehU ← |
inner membrane putative sensory kinase in two‑component system with YehT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,214,334 | 0 | C | . | 100.0%
| 214.5
/ NA
| 53 | coding (311/1686 nt) | yehU | inner membrane putative sensory kinase in two‑component system with YehT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (26/27); total (26/27) |
GACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NC_000913/2214198‑2214468
|
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccc < 1:1170948/139‑1 (MQ=255)
gacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccc < 2:154661/139‑1 (MQ=255)
acgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGcccc > 2:921430/1‑139 (MQ=255)
acgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGcccc > 2:1003292/1‑139 (MQ=255)
acgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGcccc < 2:1250678/139‑1 (MQ=255)
aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGcccccat > 2:600021/1‑137 (MQ=255)
tGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCATGATGCTGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGcccccatc < 1:950043/139‑4 (MQ=255)
gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccccca < 1:728493/123‑2 (MQ=255)
gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccccca > 2:728493/1‑122 (MQ=255)
gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CTCCCATCGAATATCGATGTaa > 2:1198798/1‑139 (MQ=255)
tAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAgccg < 1:70654/139‑1 (MQ=255)
tGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAACCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGccgccg < 1:921430/139‑1 (MQ=255)
aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg > 2:346022/1‑137 (MQ=255)
aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAg < 1:346022/137‑1 (MQ=255)
cTTTATCAGTGCTCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TTCTGTGTACCTGGCCACTGAGTAAGCCTTCAACGCTGGTCTAGATCATCCCACTTAACGCGATCATG‑CCCCCATCGAAAAACAAAGAAAGCCGCCGGTAAGCCCAAcc > 1:587997/1‑139 (MQ=255)
tttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCa > 2:297477/1‑139 (MQ=255)
tttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCa > 1:1202456/1‑139 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccccca < 1:498456/101‑2 (MQ=255)
tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccccca > 2:498456/1‑100 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:1531297/1‑139 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccc > 2:1372747/1‑88 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGccc < 1:1372747/88‑1 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCAc < 1:161944/133‑1 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCAc > 2:161944/1‑133 (MQ=255)
cAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAGTATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGa < 1:600021/139‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:1198798/139‑1 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:1003292/139‑1 (MQ=255)
cTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg > 1:1166887/1‑137 (MQ=255)
cTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:1166887/137‑1 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 1:1419398/124‑1 (MQ=255)
tgtACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc > 2:1419398/1‑124 (MQ=255)
aGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAc < 2:1202456/139‑1 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 2:488568/1‑139 (MQ=255)
ggCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAcc > 2:1278233/1‑139 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:397128/1‑139 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGcc < 1:787682/53‑1 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGcc > 2:787682/1‑53 (MQ=255)
tAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg < 2:985437/139‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:1207254/139‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:488568/139‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:1278233/139‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:720146/139‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:1485551/139‑1 (MQ=255)
aaCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt > 1:855858/1‑128 (MQ=255)
aaCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt < 2:855858/128‑1 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga > 2:1538872/1‑95 (MQ=255)
aCGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga < 1:1538872/95‑1 (MQ=255)
aTGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTa < 2:118573/102‑1 (MQ=255)
aTGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTa > 1:118573/1‑102 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:1556734/127‑1 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa > 2:1556734/1‑127 (MQ=255)
ggTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCaa > 1:340924/1‑139 (MQ=255)
tCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:796391/100‑1 (MQ=255)
tCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg > 2:796391/1‑100 (MQ=255)
gaTCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa < 2:328271/126‑1 (MQ=255)
gaTCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 1:328271/1‑126 (MQ=255)
tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa > 2:487894/1‑139 (MQ=255)
ttAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGc > 1:1351875/1‑139 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt > 1:1461330/1‑108 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTAtt < 2:1461330/108‑1 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTgg < 1:783480/110‑1 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTgg > 2:783480/1‑110 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg < 1:791579/129‑1 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg > 2:791579/1‑129 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc < 2:752855/139‑1 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc > 1:752855/1‑139 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc < 2:1351875/139‑1 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc > 1:657447/1‑139 (MQ=255)
|
GACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGA‑‑‑TGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NC_000913/2214198‑2214468
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
