Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I1 R1
|
759 |
71.0 |
3673240 |
91.5% |
3361014 |
104.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,214,339 |
(C)6→5 |
coding (306/1686 nt) |
yehU ← |
inner membrane putative sensory kinase in two‑component system with YehT |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,214,334 | 0 | C | . | 98.2%
| 219.9
/ ‑3.0
| 55 | coding (311/1686 nt) | yehU | inner membrane putative sensory kinase in two‑component system with YehT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (29/25); minor base A (1/0); total (30/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NC_000913/2214212‑2214468
|
cACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑ACCCCCATCGACTAACGa > 1:1348803/1‑139 (MQ=255)
cggcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGt > 1:401984/1‑139 (MQ=255)
gTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAgcc > 1:518417/1‑139 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:1164918/139‑1 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:566462/139‑1 (MQ=255)
ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 2:401984/139‑1 (MQ=255)
gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:604213/1‑139 (MQ=255)
cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCGGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:1336075/1‑139 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgacga > 2:1215872/1‑139 (MQ=255)
cccGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgacga > 2:117651/1‑139 (MQ=255)
aTCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGAccgcc > 2:685093/1‑139 (MQ=255)
tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCGGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:1336075/139‑1 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGc > 2:1167310/1‑66 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGc < 1:1167310/66‑1 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGa > 2:220790/1‑75 (MQ=255)
tgtgTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGa < 1:220790/75‑1 (MQ=255)
aGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTAc < 2:85482/139‑1 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGccc > 2:1808773/1‑130 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGccc < 1:1808773/130‑1 (MQ=255)
cACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcgcg > 2:1508322/1‑139 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 2:545148/1‑139 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 2:604213/139‑1 (MQ=255)
ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 2:885232/1‑139 (MQ=255)
tAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg < 2:829460/139‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:1215872/139‑1 (MQ=255)
aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 2:518417/139‑1 (MQ=255)
cTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg > 2:189515/1‑71 (MQ=255)
cTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:189515/71‑1 (MQ=255)
cAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTa > 1:976781/1‑139 (MQ=255)
tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa < 1:685093/139‑1 (MQ=255)
gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:763042/125‑1 (MQ=255)
gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa > 2:763042/1‑125 (MQ=255)
gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAAt > 2:1513512/1‑139 (MQ=255)
tCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGc > 1:1193032/1‑123 (MQ=255)
tCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGc < 2:1193032/123‑1 (MQ=255)
cATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:1078749/93‑1 (MQ=255)
cATGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg > 2:1078749/1‑93 (MQ=255)
tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa > 2:1607133/1‑115 (MQ=255)
tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:1607133/115‑1 (MQ=255)
tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTc < 1:538165/138‑1 (MQ=255)
tGCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTc > 2:538165/1‑138 (MQ=255)
tGCAACTTAACACGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa > 2:1302018/1‑139 (MQ=255)
gCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCAcc < 1:209116/68‑1 (MQ=255)
gCAACTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCAcc > 2:209116/1‑68 (MQ=255)
cTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg > 2:217345/1‑99 (MQ=255)
cTTAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACcg < 1:217345/99‑1 (MQ=255)
ttAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 1:1616589/75‑1 (MQ=255)
ttAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc > 2:1616589/1‑75 (MQ=255)
ttAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAt < 2:265178/128‑1 (MQ=255)
ttAACGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAt > 1:265178/1‑128 (MQ=255)
aCGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAAc < 1:1513512/139‑1 (MQ=255)
aCGCGGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAAc > 1:951678/1‑139 (MQ=255)
cgcgGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAt > 1:1741432/1‑124 (MQ=255)
cgcgGTCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAt < 2:1741432/124‑1 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc < 2:1311665/49‑1 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 1:1311665/1‑49 (MQ=255)
tCATG‑CCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAc > 1:80313/1‑139 (MQ=255)
|
CACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCATGCCCCCCATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NC_000913/2214212‑2214468
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
