Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F1 I1 R1
|
770 |
68.5 |
3470224 |
91.7% |
3182195 |
103.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,425,228 |
(T)8→7 |
coding (1447/1458 nt) |
trkG → |
Rac prophage, potassium transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,425,221 | 0 | T | . | 88.2%
| 96.1
/ 12.2
| 34 | coding (1440/1458 nt) | trkG | Rac prophage, potassium transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/3); new base . (14/16); total (15/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
TTAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTGCGT > NC_000913/1425085‑1425354
|
ttAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGttt > 1:283342/1‑139 (MQ=255)
taataTGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGttttttt > 1:1313099/1‑139 (MQ=255)
tatGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggc < 1:1543376/139‑4 (MQ=255)
atGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg > 1:299045/1‑135 (MQ=255)
atGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg < 1:296358/139‑5 (MQ=255)
ggATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg < 2:1539176/136‑5 (MQ=255)
ggATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg > 1:1539176/1‑132 (MQ=255)
gTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg < 2:934193/129‑5 (MQ=255)
gTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg > 1:934193/1‑125 (MQ=255)
tttGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAatatat < 2:136589/139‑1 (MQ=255)
tGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATgg > 1:1455386/1‑139 (MQ=255)
tGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATgg < 1:802697/139‑1 (MQ=255)
ggggCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGc < 2:1455386/139‑1 (MQ=255)
ggCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTg < 1:557516/139‑1 (MQ=255)
tACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg < 1:634884/119‑5 (MQ=255)
tACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg > 2:634884/1‑115 (MQ=255)
tACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAatat > 2:947253/1‑129 (MQ=255)
tACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAatat < 1:947253/129‑1 (MQ=255)
aCTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTcc < 1:1707038/122‑1 (MQ=255)
aCTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTcc > 2:1707038/1‑122 (MQ=255)
ttCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg < 1:284205/106‑5 (MQ=255)
ttCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg > 2:284205/1‑102 (MQ=255)
tGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAata < 2:1313099/139‑1 (MQ=255)
gACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttgg > 2:1502946/1‑87 (MQ=255)
gACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttgg < 1:1502946/89‑3 (MQ=255)
aCATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGa < 2:283342/139‑1 (MQ=255)
ttGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg > 2:1643082/1‑83 (MQ=255)
ttGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg < 1:1643082/87‑5 (MQ=255)
ttGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGactca < 1:667870/139‑1 (MQ=255)
tGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGactca > 1:1155482/1‑138 (MQ=255)
tGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGactca < 2:1155482/138‑1 (MQ=255)
gCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATtgt < 1:1652543/114‑1 (MQ=255)
gCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATtgt > 2:1652543/1‑114 (MQ=255)
aaaTGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCAt < 2:299045/139‑1 (MQ=255)
gCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCGTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTgct > 2:1026287/1‑137 (MQ=255)
cATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGc < 2:1429962/83‑1 (MQ=255)
cATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGc > 1:1429962/1‑83 (MQ=255)
tATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTa > 2:1124224/1‑139 (MQ=255)
tGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg > 2:328234/1‑56 (MQ=255)
tGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGtttttttggcg < 1:328234/60‑5 (MQ=255)
tGATTCTTGGTCGCCTTGAAAGTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTAcc < 1:1026287/139‑1 (MQ=255)
cTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAata < 2:1059257/94‑1 (MQ=255)
cTTGGTCACCTTGAAATTTATCCTATTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAata > 1:1059257/1‑94 (MQ=255)
tGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGgcg < 1:701625/54‑1 (MQ=255)
tGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGgcg > 2:701625/1‑54 (MQ=255)
tGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGgcgc < 2:378529/54‑1 (MQ=255)
tGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGgcgc > 1:378529/1‑54 (MQ=255)
gCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAacac > 2:1023106/1‑135 (MQ=255)
gCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAacac < 1:1023106/135‑1 (MQ=255)
aTCCTGTTATTATATTGTTTTCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGc > 2:207073/1‑139 (MQ=255)
ttCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTggg < 1:740508/133‑1 (MQ=255)
ttCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTggg > 2:740508/1‑133 (MQ=255)
ttCAGG‑TTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTGCGt > 2:657724/1‑139 (MQ=255)
|
TTAATAATATGGGATTAGGTTTTGGGGCTACTGCATCGTCATTCGGAGTGCTTAATGACATTGCAAAATGCTTAATGTGCATAGCTATGATTCTTGGTCGCCTTGAAATTTATCCTGTTATTATATTGTTTTCAGGTTTTTTTTGGCGCTCCTAATATATGGCTGATTTATAATTGTGAGTTTAATATTATGTTGACTCACTCATTGATCCAATACCTAACTTTACCAGCAACACCTCCGTCCCCAGTAGCACTGGCTGCTGGGGTGCGT > NC_000913/1425085‑1425354
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
