Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F1 I1 R1
|
759 |
65.2 |
3386260 |
90.7% |
3071337 |
101.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,034,591 |
C→T |
pseudogene (541/663 nt) |
yedS → |
pseudogene, outer membrane protein homology, putative outer membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,034,591 | 0 | C | T | 100.0%
| 230.1
/ NA
| 70 | pseudogene (541/663 nt) | yedS | pseudogene, outer membrane protein homology, putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (36/34); total (36/34) |
TGCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAGGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGACCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGTGCTGCATAT > NC_000913/2034461‑2034713
|
tGCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCggg > 1:872400/1‑139 (MQ=255)
tGCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCggg < 1:688774/139‑1 (MQ=255)
gCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGc > 1:1418406/1‑139 (MQ=255)
ggCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAgg < 2:707159/139‑1 (MQ=255)
gACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGtt > 1:1286935/1‑139 (MQ=255)
aCAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTc < 2:872400/139‑1 (MQ=255)
aCGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGa < 1:127236/139‑1 (MQ=255)
gTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCg > 2:1625080/1‑139 (MQ=255)
tGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGt < 1:1101951/118‑1 (MQ=255)
tGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGt > 2:1101951/1‑118 (MQ=255)
ggTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCttt > 1:673996/1‑139 (MQ=255)
ggTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCttt > 1:30710/1‑139 (MQ=255)
ccTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTcca > 1:1084382/1‑104 (MQ=255)
ccTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCg < 2:1084382/105‑1 (MQ=255)
cGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTg < 1:921807/139‑1 (MQ=255)
aCAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATgg > 1:967374/1‑139 (MQ=255)
cAATGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGt > 2:1070951/1‑139 (MQ=255)
aTGGCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGttt > 2:826388/1‑139 (MQ=255)
ggCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCg > 1:1225619/1‑139 (MQ=255)
ggCTTCTTTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCg > 1:1611000/1‑139 (MQ=255)
cttcttTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGt < 2:1225619/139‑1 (MQ=255)
ttcttTGGTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTa < 2:1418406/139‑1 (MQ=255)
ggTTAAGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCaa < 1:1070951/139‑1 (MQ=255)
aagTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAgg > 2:438729/3‑69 (MQ=255)
aagTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAgg < 1:438729/67‑1 (MQ=255)
aagTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATc > 2:107812/3‑139 (MQ=255)
gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTc > 1:1679609/1‑74 (MQ=255)
gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTc < 2:1679609/74‑1 (MQ=255)
gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGaaa < 1:34493/109‑1 (MQ=255)
gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGaaa > 2:34493/1‑109 (MQ=255)
gTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCt > 1:229385/1‑139 (MQ=255)
tGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGa > 2:192616/1‑81 (MQ=255)
tGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGa < 1:192616/81‑1 (MQ=255)
tGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgac < 1:826388/139‑1 (MQ=255)
tGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgactt < 2:1387041/136‑1 (MQ=255)
tGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgactt > 1:1387041/1‑136 (MQ=255)
gAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCAtt > 1:905898/1‑48 (MQ=255)
gAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCAtt < 2:905898/48‑1 (MQ=255)
aaCTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgacttcgact < 1:384164/139‑1 (MQ=255)
aCTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACTTCCTAcgacttcgactt < 2:967374/139‑1 (MQ=255)
aCTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgacttcgactt < 2:673996/139‑1 (MQ=255)
aCTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTAcgacttcgactt < 1:1625080/139‑1 (MQ=255)
tgctttgcAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAg > 2:794276/1‑78 (MQ=255)
tgctttgcAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAg < 1:794276/78‑1 (MQ=255)
tgctttgcAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGt > 1:176801/1‑139 (MQ=255)
tgctttgcAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGt > 2:24595/1‑139 (MQ=255)
tCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGt > 1:1432358/1‑97 (MQ=255)
tCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGt < 2:1432358/97‑1 (MQ=255)
cAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtg < 2:176801/139‑1 (MQ=255)
gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTa > 1:1094833/1‑47 (MQ=255)
gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTa > 1:284444/1‑47 (MQ=255)
gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTa < 2:284444/47‑1 (MQ=255)
gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTa < 2:1094833/47‑1 (MQ=255)
gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTg < 1:776583/83‑1 (MQ=255)
gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTg > 2:776583/1‑83 (MQ=255)
gggTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtgct > 2:1039084/1‑139 (MQ=255)
gTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTa < 1:794032/93‑1 (MQ=255)
gTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTa > 2:794032/1‑93 (MQ=255)
gTAATAATGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtgctgc > 1:707251/1‑139 (MQ=255)
taataaTGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCaaa > 2:366916/1‑70 (MQ=255)
taataaTGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCaaa < 1:366916/70‑1 (MQ=255)
ataatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtgct > 2:1604412/1‑134 (MQ=255)
ataatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGtgct < 1:1604412/134‑1 (MQ=255)
ataatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAAC‑‑CCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCt > 2:927795/1‑125 (MQ=255)
ataatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAAC‑‑CCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCt < 1:927795/125‑1 (MQ=255)
taatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTcag > 2:298591/1‑85 (MQ=255)
taatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTcag < 1:298591/87‑3 (MQ=255)
taatGAAAGTGGTGGATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGTGCTGCatat < 1:24595/139‑1 (MQ=255)
gtggATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGtt > 2:796727/1‑108 (MQ=255)
gtggATCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGtt < 1:796727/108‑1 (MQ=255)
|
TGCTGGCGCTGACAACTTCATGAACGGTCGTGCTAATGGTGTTGCAACCTACCGTAACAATGGCTTCTTTGGTTAGGTCGATGGCTTGAACTTTGCTTTGCAATATCAGGGTAATAATGAAAGTGGTGGACCATTCGGGCAGGAAGGTTCCGGTAGTGGTGATGGCCGTAGCCTTTCCAAAGAAAATGGTGATGGTTTCGGTATGTCAACATCCTACGACTTCGACTTCGGTTTAAGTCTGGGTGCTGCATAT > NC_000913/2034461‑2034713
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
