Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
781 |
46.9 |
2231650 |
93.5% |
2086592 |
109.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,426,288 |
G→A |
intergenic (+206/‑166) |
ydaY → / → tmpR |
pseudogene, Rac prophage,Phage or Prophage Related/Rac prophage, pseudogene, tail protein family,Phage or Prophage Related, putative alpha helix protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,426,288 | 0 | G | A | 98.5%
| 217.9
/ ‑3.6
| 68 | intergenic (+206/‑166) | ydaY/tmpR | pseudogene, Rac prophage,Phage or Prophage Related/Rac prophage, pseudogene, tail protein family,Phage or Prophage Related, putative alpha helix protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (30/37); minor base T (0/1); total (30/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 |
GGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATC > NC_000913/1426156‑1426391
|
ggTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTa < 1:21151/139‑1 (MQ=255)
ttgcctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAG‑CACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTa < 1:586581/139‑1 (MQ=255)
cctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 1:925564/139‑1 (MQ=255)
cctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGACGACTTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 1:681249/139‑1 (MQ=255)
ctttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAATTTGTTAATTACGTaca < 1:179437/139‑1 (MQ=255)
tttATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACAct < 2:147093/139‑1 (MQ=255)
tATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAt > 2:274544/1‑127 (MQ=255)
tATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAt < 1:274544/127‑1 (MQ=255)
tATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACActct > 1:626415/1‑139 (MQ=255)
tGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACAct > 1:510868/1‑131 (MQ=255)
tGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACAct < 2:510868/131‑1 (MQ=255)
gACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACag < 1:529461/139‑1 (MQ=255)
gACAGAGATAAATAAGTATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACag > 2:743455/1‑139 (MQ=255)
agaTAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTa > 2:965712/1‑113 (MQ=255)
agaTAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTa < 1:965712/113‑1 (MQ=255)
agaTAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca > 1:268914/1‑123 (MQ=255)
agaTAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 2:268914/123‑1 (MQ=255)
aTAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAt < 2:739732/136‑1 (MQ=255)
aTAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGAt > 1:739732/1‑136 (MQ=255)
aaTGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATg < 1:648292/139‑1 (MQ=255)
atatTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTc > 2:1004063/1‑139 (MQ=255)
tatTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACagag > 2:249953/1‑125 (MQ=255)
tatTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACagag < 1:249953/125‑1 (MQ=255)
atTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCtt > 2:717163/1‑139 (MQ=255)
atTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCtt > 1:994071/1‑139 (MQ=255)
ttAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTtta > 2:421615/1‑139 (MQ=255)
aTCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCga > 1:144650/1‑139 (MQ=255)
cGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgatga < 1:427253/139‑1 (MQ=255)
ggTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAtt < 2:159454/88‑1 (MQ=255)
ggTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAtt < 2:924243/88‑1 (MQ=255)
ggTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAtt > 1:159454/1‑88 (MQ=255)
ggTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAAtt > 1:924243/1‑88 (MQ=255)
attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTa < 2:992358/78‑1 (MQ=255)
attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTa > 1:992358/1‑78 (MQ=255)
attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca > 2:589005/1‑88 (MQ=255)
attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca > 2:473912/1‑88 (MQ=255)
attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 1:589005/88‑1 (MQ=255)
attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTaca < 1:473912/88‑1 (MQ=255)
attgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTg < 1:1004063/139‑1 (MQ=255)
aGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGgaga > 2:728723/1‑139 (MQ=255)
aGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGgaga > 2:917038/1‑139 (MQ=255)
gcgcGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACTAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGATATGTGCTGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGaa < 1:743455/139‑1 (MQ=255)
aTGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCa > 1:994267/1‑139 (MQ=255)
aGTGATCTTGGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAGAAGCATTGCGTGGCCTCg > 1:748641/1‑139 (MQ=255)
tCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATc < 2:626415/139‑1 (MQ=255)
tttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATc < 1:768063/137‑1 (MQ=255)
tttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATc > 2:768063/1‑137 (MQ=255)
ttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:1024383/139‑1 (MQ=255)
ttGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:728723/139‑1 (MQ=255)
gCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCtat < 2:748641/139‑1 (MQ=255)
cACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCtata < 2:489449/139‑1 (MQ=255)
aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:1033725/135‑1 (MQ=255)
aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt > 2:1033725/1‑135 (MQ=255)
aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTatat < 2:739796/139‑1 (MQ=255)
aCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTatat < 2:994267/139‑1 (MQ=255)
cTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATc < 1:717163/139‑1 (MQ=255)
tGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATCACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt > 2:139080/1‑133 (MQ=255)
tGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATCACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:139080/133‑1 (MQ=255)
gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgatg < 1:883214/91‑1 (MQ=255)
gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgatg > 2:883214/1‑91 (MQ=255)
gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGc > 2:650338/1‑95 (MQ=255)
gATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGc < 1:650338/95‑1 (MQ=255)
aGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTc > 1:186500/1‑81 (MQ=255)
aGGAGCAGTGTGTGT‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTc < 2:186500/81‑1 (MQ=255)
tgtgtgt‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGaa < 2:446517/81‑1 (MQ=255)
tgtgtgt‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGaa > 1:446517/1‑81 (MQ=255)
tgt‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATgg < 1:488519/43‑1 (MQ=255)
tgt‑AATTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATgg > 2:488519/1‑43 (MQ=255)
|
GGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGT‑AGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCTATATC > NC_000913/1426156‑1426391
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
