Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
781 |
46.9 |
2231650 |
93.5% |
2086592 |
109.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,300,619 |
T→C |
Y712C (TAC→TGC) |
napA ← |
nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,300,619 | 0 | T | C | 100.0%
| 92.9
/ NA
| 27 | Y712C (TAC→TGC) | napA | nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (15/12); total (15/12) |
AGCGGGTGAATAAACAGGACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGTACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGTAGAACTTATAGCCTTCGCCCGCTTTCACGTACGGGTCGT > NC_000913/2300502‑2300733
|
aGCGGGTGAATAAACAGGACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTccg > 1:824380/1‑139 (MQ=255)
aaTAAACAGGACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCAc > 2:593269/1‑112 (MQ=255)
aaTAAACAGGACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCAc < 1:593269/112‑1 (MQ=255)
ggACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATgg > 2:892919/1‑139 (MQ=255)
ggACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATgg < 2:600943/139‑1 (MQ=255)
ggACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATgg > 1:600943/1‑139 (MQ=255)
ggACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGATTCGaa > 2:864385/1‑136 (MQ=255)
ggACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGATTCGaa < 1:864385/136‑1 (MQ=255)
ggTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGtt < 1:892919/139‑1 (MQ=255)
gTACACGGCGAGTCATACTGCCGTTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACCGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCCTCCGGttt > 1:659819/1‑139 (MQ=255)
gTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCAt < 2:940933/132‑1 (MQ=255)
gTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCAt > 1:940933/1‑132 (MQ=255)
gTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGttt > 1:194724/1‑139 (MQ=255)
cGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGt > 1:392734/1‑139 (MQ=255)
cGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGt > 1:242350/1‑139 (MQ=255)
gCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGTAg < 1:1111028/139‑1 (MQ=255)
cGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGTTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATc < 1:841528/125‑1 (MQ=255)
cGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATc > 2:841528/1‑125 (MQ=255)
ccGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGTAGAACTTATAGCCtt > 2:166956/1‑139 (MQ=255)
tgtgCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGTAGAACTTATAGCCTTCGcc < 2:392734/139‑1 (MQ=255)
gtgCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGtt > 2:127012/1‑113 (MQ=255)
gtgCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGtt < 1:127012/113‑1 (MQ=255)
tgCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATTCGGTTTACCGTAGAACTTATAGCCTTCGCCCg < 2:659819/139‑1 (MQ=255)
tgCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGTAGAACTTATAGCCTTCGCCCg > 2:1077558/1‑139 (MQ=255)
cgTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGTAGAACTTATAGCCTTCGCCCGCTTTCACGTACGGGTCGt < 1:1077558/139‑1 (MQ=255)
agCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCAcc > 1:571677/1‑66 (MQ=255)
agCCACAGGTCGCACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCAcc < 2:571677/66‑1 (MQ=255)
|
AGCGGGTGAATAAACAGGACCGCTTCCGGGAAGGCGCGGTGCAGTTCTGGTACACGGCGAGTCATACTGCCGGTGTGCCAGTGCTCCAGAACGCGTCCGGTAGAGAGCCACAGGTCGTACTCTTCATCCGGTGCTTCCGCCGCCGGTTCGAATGGCAGTGCGAAGATCACCGCTTTGCCATCCGGTTTACCGTAGAACTTATAGCCTTCGCCCGCTTTCACGTACGGGTCGT > NC_000913/2300502‑2300733
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
