Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
781 |
46.9 |
2231650 |
93.5% |
2086592 |
109.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,504,849 |
A→G |
T264T (ACA→ACG) |
yjhB → |
putative MFS transporter, membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,504,849 | 0 | A | G | 100.0%
| 226.0
/ NA
| 63 | T264T (ACA→ACG) | yjhB | putative MFS transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (34/29); total (34/29) |
TTTTCCTCGTCTGTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAACTCTTCTC > NC_000913/4504719‑4504979
|
ttttCCTCGTCTGTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAgg > 2:513839/1‑139 (MQ=255)
ttttCCTCGTCTGTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAgg > 1:383668/1‑139 (MQ=255)
ttCCTCGTCTGTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTa > 2:308657/1‑139 (MQ=255)
ttCCTCGTCTGTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTa > 1:318575/1‑139 (MQ=255)
ccTCGTCTGTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACa < 1:1030964/139‑1 (MQ=255)
cTCGTCTGTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACaa < 1:308657/139‑1 (MQ=255)
cTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTttg < 1:900469/139‑1 (MQ=255)
aTTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTttgtt < 2:91120/139‑1 (MQ=255)
tttGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTttgtt > 1:946320/1‑138 (MQ=255)
tttGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTttgtt < 2:946320/138‑1 (MQ=255)
tGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGt < 1:1004694/139‑1 (MQ=255)
aCTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGAt > 1:71411/1‑139 (MQ=255)
ccGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGgtg > 1:1039161/1‑139 (MQ=255)
aCGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTaaaaaa < 2:71411/139‑1 (MQ=255)
actactTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGAt < 2:574575/118‑1 (MQ=255)
actactTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGAt > 1:574575/1‑118 (MQ=255)
cttcctACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGt < 2:383668/139‑1 (MQ=255)
ttcctACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTc < 1:849845/139‑1 (MQ=255)
ctACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTc > 1:1115359/1‑136 (MQ=255)
ctACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTc < 2:1115359/136‑1 (MQ=255)
tGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGa > 1:902443/1‑105 (MQ=255)
tGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGa < 2:902443/105‑1 (MQ=255)
aTGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTttgt < 2:167960/85‑1 (MQ=255)
aTGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTttgt > 1:167960/1‑85 (MQ=255)
gAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGt > 2:459972/1‑122 (MQ=255)
gAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGt < 1:459972/122‑1 (MQ=255)
tAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGa > 1:982840/1‑53 (MQ=255)
tAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGa < 2:982840/53‑1 (MQ=255)
aTACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTc < 2:310959/127‑1 (MQ=255)
aTACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTc > 1:310959/1‑127 (MQ=255)
gTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGAt < 2:327558/78‑1 (MQ=255)
gTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGAt > 1:327558/1‑78 (MQ=255)
gTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACtt < 1:315316/121‑1 (MQ=255)
gTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACtt > 2:315316/1‑121 (MQ=255)
gTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCGTTTATTTTCCTTTGTc > 1:754804/1‑139 (MQ=255)
gTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTc > 1:315945/1‑139 (MQ=255)
ggTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTttgt > 2:3435/1‑69 (MQ=255)
ggTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTttgt < 1:3435/69‑1 (MQ=255)
ggTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCatttatt < 1:659256/127‑1 (MQ=255)
ggTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCatttatt > 2:659256/1‑127 (MQ=255)
ggTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCct > 2:374260/1‑139 (MQ=255)
ggTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCct > 2:1076418/1‑139 (MQ=255)
gTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCctc > 2:390054/1‑139 (MQ=255)
aTTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGa > 2:440961/1‑76 (MQ=255)
aTTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGa < 1:440961/76‑1 (MQ=255)
aTTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCttt > 1:445721/1‑139 (MQ=255)
aaCTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGAt > 1:358886/1‑72 (MQ=255)
aaCTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGAt < 2:358886/72‑1 (MQ=255)
atgaCAATAGCTGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCtg > 2:644793/1‑139 (MQ=255)
atgaCAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGgtg > 1:816564/1‑70 (MQ=255)
atgaCAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGgtg < 2:816564/70‑1 (MQ=255)
atgaCAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCtt > 2:542860/1‑126 (MQ=255)
atgaCAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCtt < 1:542860/126‑1 (MQ=255)
atgaCAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCtg > 1:429401/1‑139 (MQ=255)
atgaCAATAGCAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCtg > 1:554146/1‑139 (MQ=255)
cAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCtt > 2:472039/1‑116 (MQ=255)
cAGGTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCtt < 1:472039/116‑1 (MQ=255)
ggTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAActctt < 2:429401/139‑1 (MQ=255)
ggTTTAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAActctt < 1:644793/139‑1 (MQ=255)
ggTTTAGGAACGCCGACAGGTATAATATTTTTTGGTGTTGTTGGTTATTAGATTGGTGTCAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATTACTTCATTTATTTTCCGTTATCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAActctt < 2:599560/139‑1 (MQ=255)
ttAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTc > 2:408027/1‑75 (MQ=255)
ttAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTc < 1:408027/75‑1 (MQ=255)
ttAGGAACGCTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAActcttctc > 2:429666/1‑139 (MQ=255)
|
TTTTCCTCGTCTGTTTTTGTCTATTTGGTGCAAACTGGCCGATAAACGGACTACTTCCTTCCTACCTGGCAGATAATGGAGTTAATACAGTGGTCATTTCAACTCTGATGACAATAGCAGGTTTAGGAACACTGACAGGTACAATATTTTTTGGTTTTGTTGGTGATAAGATTGGTGTAAAAAAAGCCTTTGTAGTCGGTCTAATAACTTCATTTATTTTCCTTTGTCCTCTTTTTTTTATTTCTGTGAAAAACTCTTCTC > NC_000913/4504719‑4504979
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
