Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I2 R1
|
760 |
52.7 |
2744488 |
90.2% |
2475528 |
105.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,472,037 |
A→G |
pseudogene (1521/3497 nt) |
ydbA → |
pseudogene, autotransporter homolog, interrupted by IS2 and IS30 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,472,037 | 0 | A | G | 100.0%
| 148.2
/ NA
| 42 | pseudogene (1521/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog, interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (24/18); total (24/18) |
TGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCT > NC_000913/1471918‑1472172
|
tGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACgg < 2:287370/139‑1 (MQ=255)
ataataatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCGGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTaa > 1:1337213/1‑139 (MQ=255)
taatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtg < 2:979787/139‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAg > 2:992313/1‑125 (MQ=255)
ttCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAg < 1:992313/125‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTgg > 2:379431/1‑139 (MQ=255)
aaTAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATg > 1:771766/1‑139 (MQ=255)
cggcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAAtt < 1:1213774/92‑1 (MQ=255)
cggcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAAtt > 2:1213774/1‑92 (MQ=255)
tGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCg < 1:435135/139‑1 (MQ=255)
aTCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCg < 2:1139978/95‑1 (MQ=255)
aTCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCg > 1:1139978/1‑95 (MQ=255)
cAACCAGTCCGGTAGGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAg < 2:1289760/65‑1 (MQ=255)
cAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAg > 1:1289760/1‑65 (MQ=255)
aGTTCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGc < 1:242549/61‑1 (MQ=255)
aGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGc > 2:242549/1‑61 (MQ=255)
ccGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCg > 2:716435/1‑60 (MQ=255)
ccGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCg < 1:716435/60‑1 (MQ=255)
cGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCt < 2:771766/139‑1 (MQ=255)
ggTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAg < 1:1030603/55‑1 (MQ=255)
ggTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAg > 2:1030603/1‑55 (MQ=255)
ccGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGa > 1:251920/1‑83 (MQ=255)
ccGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGa < 2:251920/83‑1 (MQ=255)
cGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAgcg > 2:153008/1‑119 (MQ=255)
cGGTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAgcg < 1:153008/119‑1 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGa < 1:31402/80‑1 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGa > 2:31402/1‑80 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTg < 1:578608/96‑1 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTg > 2:578608/1‑96 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGt < 1:1150675/112‑1 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGt > 2:1150675/1‑112 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa > 1:9438/1‑139 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa > 1:910308/1‑139 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa > 1:377417/1‑139 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa > 1:1107331/1‑139 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa > 2:368226/1‑139 (MQ=255)
gTCACATGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGCAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa > 1:947931/1‑139 (MQ=255)
aTGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCct > 2:361752/1‑139 (MQ=255)
tGAACATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCctt > 1:656160/1‑139 (MQ=255)
cATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGt < 2:1050084/92‑1 (MQ=255)
cATCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGt > 1:1050084/1‑92 (MQ=255)
aTCGGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTtcttct < 1:361752/139‑1 (MQ=255)
|
TGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCT > NC_000913/1471918‑1472172
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
