Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A9 F1 I2 R1
|
760 |
52.7 |
2744488 |
90.2% |
2475528 |
105.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,308,040 |
C→T |
*295* (TAG→TAA) |
nlpI ← |
lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,308,040 | 0 | C | T | 100.0%
| 212.9
/ NA
| 66 | *295* (TAG→TAA) | nlpI | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (37/29); total (37/29) |
TCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGC > NC_000913/3307905‑3308170
|
tcatcaTGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTAt > 2:506199/1‑139 (MQ=255)
tcatcaTGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTAt > 1:362777/1‑139 (MQ=255)
tcatcaTGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTAt > 2:267537/1‑139 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTg > 1:1234957/1‑139 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGAGTCAACCGGCGCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTATGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGAGGGGTACGTCAGTTATTg > 1:1206466/1‑139 (MQ=255)
catGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCt > 1:467262/1‑139 (MQ=255)
aTTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCg < 2:440851/139‑1 (MQ=255)
aTTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCg < 2:537157/139‑1 (MQ=255)
aTCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTc > 2:687736/1‑139 (MQ=255)
aGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGc < 2:263463/139‑1 (MQ=255)
gCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTTAAATTAGGTGTATTAACGAGCAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAACACAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGcc < 1:1292054/139‑1 (MQ=255)
ttttCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGt > 2:429374/1‑139 (MQ=255)
tGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTg > 2:1292054/1‑139 (MQ=255)
gtgAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGc < 2:467262/139‑1 (MQ=255)
cTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCg > 1:134332/1‑139 (MQ=255)
cAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGAt < 1:506199/139‑1 (MQ=255)
gtATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGCGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaaca < 2:563400/139‑1 (MQ=255)
tATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaacaa > 1:88624/1‑139 (MQ=255)
ttAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaaca < 1:498220/136‑1 (MQ=255)
ttAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaaca > 2:498220/1‑136 (MQ=255)
ttAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAAt < 1:1204605/138‑1 (MQ=255)
ttAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAAt > 2:1204605/1‑138 (MQ=255)
gAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 2:1157466/106‑1 (MQ=255)
gAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc > 1:1157466/1‑106 (MQ=255)
gAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGCGCGATAATTCCAACAATGCGTAt > 1:625108/1‑139 (MQ=255)
gAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTAt < 2:88624/139‑1 (MQ=255)
gAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTAt < 2:1234957/139‑1 (MQ=255)
aacaacaacGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCg < 1:83618/118‑1 (MQ=255)
aacaacaacGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCg > 2:83618/1‑118 (MQ=255)
aacaacaacGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTACTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATc > 2:84919/1‑139 (MQ=255)
aCCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTTAGTTATTTCTGGTCCGATTCTGCCAg > 1:689496/1‑77 (MQ=255)
aCCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAg < 2:689496/77‑1 (MQ=255)
aCCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGt > 2:27731/1‑139 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTg > 1:1086178/1‑74 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTg < 2:1086178/74‑1 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAgg < 1:244702/87‑1 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAgg > 2:244702/1‑87 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCg < 2:537766/91‑1 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCg > 1:537766/1‑91 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCt > 2:481971/1‑118 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCt < 1:481971/118‑1 (MQ=255)
aTGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCa > 2:12040/1‑63 (MQ=255)
aTGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCa < 1:12040/63‑1 (MQ=255)
ggCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTcaaca < 2:1277835/120‑1 (MQ=255)
ggCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTcaaca > 1:1277835/1‑120 (MQ=255)
ggCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTgg > 2:459527/1‑139 (MQ=255)
ggCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTgg > 2:1168229/1‑139 (MQ=255)
tCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaa > 1:592957/1‑93 (MQ=255)
tCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaa < 2:592957/93‑1 (MQ=255)
tCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAAcc > 1:752359/1‑139 (MQ=255)
cAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCg < 1:459527/139‑1 (MQ=255)
cAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCg < 2:752359/139‑1 (MQ=255)
aCGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAAc > 2:1175758/1‑139 (MQ=255)
gCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTg > 2:1160738/1‑139 (MQ=255)
gATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCg > 2:479075/1‑139 (MQ=255)
gATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCg < 1:1175758/139‑1 (MQ=255)
tACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCt > 1:105225/1‑39 (MQ=38)
tACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCt < 2:105225/39‑1 (MQ=38)
tACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGgcgc > 2:1260630/1‑139 (MQ=255)
aCGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGcc < 2:1156695/49‑1 (MQ=255)
aCGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGcc > 1:1156695/1‑49 (MQ=255)
gTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc > 2:377073/1‑42 (MQ=255)
gTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 1:377073/42‑1 (MQ=255)
gTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTcaacaa > 2:1203266/1‑88 (MQ=255)
gTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTcaacaa < 1:1203266/88‑1 (MQ=255)
cAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATg > 1:950410/1‑68 (MQ=255)
cAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATg < 2:950410/68‑1 (MQ=255)
|
TCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGC > NC_000913/3307905‑3308170
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
