Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F1 I1 R1
|
770 |
68.5 |
3470224 |
91.7% |
3182195 |
103.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,308,040 |
C→T |
*295* (TAG→TAA) |
nlpI ← |
lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,308,040 | 0 | C | T | 100.0%
| 176.8
/ NA
| 55 | *295* (TAG→TAA) | nlpI | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (27/28); total (27/28) |
CTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGC > NC_000913/3307904‑3308170
|
cTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTa < 2:1544609/139‑1 (MQ=255)
cTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTa > 1:1544609/1‑139 (MQ=255)
atcatGAAATTGATCAGCAATTTTCATTCAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTg > 2:1398228/1‑139 (MQ=255)
gAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGt < 2:920297/139‑1 (MQ=255)
ttGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGa < 2:1327749/139‑1 (MQ=255)
gCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGcc > 1:1544771/1‑139 (MQ=255)
cAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGc > 1:1315887/1‑123 (MQ=255)
cAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGc < 2:1315887/123‑1 (MQ=255)
aTTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAgg > 2:1523526/1‑139 (MQ=255)
aTTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAgg > 2:1392781/1‑139 (MQ=255)
ttttCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGt < 2:1544771/139‑1 (MQ=255)
ttCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCa > 1:287432/1‑139 (MQ=255)
aTTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCt < 1:1392781/139‑1 (MQ=255)
aaGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 2:287432/139‑1 (MQ=255)
aaGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc > 1:587189/1‑139 (MQ=255)
aaCCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCa < 1:1523526/139‑1 (MQ=255)
cTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTTAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCg < 2:1126166/139‑1 (MQ=255)
tATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGt > 1:692208/1‑102 (MQ=255)
tATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGt < 2:692208/102‑1 (MQ=255)
tATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaacaa > 2:1343709/1‑139 (MQ=255)
aCGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGt > 2:1311949/1‑139 (MQ=255)
caacaacGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCgg > 1:75065/1‑139 (MQ=255)
acGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaaca > 1:1330807/1‑123 (MQ=255)
acGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaaca < 2:1330807/123‑1 (MQ=255)
acGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaa > 2:690775/1‑121 (MQ=255)
acGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaa < 1:690775/121‑1 (MQ=255)
cccTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTcaac < 1:1398228/139‑1 (MQ=255)
cccTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTcaac < 2:75065/139‑1 (MQ=255)
cTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGAt > 1:633776/1‑108 (MQ=255)
cTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGAt < 2:633776/108‑1 (MQ=255)
tCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGACGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCGGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACaaa > 1:1157862/1‑139 (MQ=255)
gTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaa > 1:1487014/1‑109 (MQ=255)
gTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaa < 2:1487014/109‑1 (MQ=255)
ttAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGc < 1:1441837/55‑1 (MQ=255)
ttAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGc > 2:1441837/1‑55 (MQ=255)
ttAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGAt > 1:826037/1‑100 (MQ=255)
ttAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGAt < 2:826037/100‑1 (MQ=255)
ttAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGa < 1:1343709/139‑1 (MQ=255)
tAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGaa < 2:587189/139‑1 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCt > 2:1231161/1‑72 (MQ=255)
gATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCt < 1:1231161/72‑1 (MQ=255)
aTGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTAt > 2:1443094/1‑110 (MQ=255)
aTGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTAt < 1:1443094/110‑1 (MQ=255)
ggCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTgg > 2:275054/1‑139 (MQ=255)
ggCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTgg > 2:703267/1‑139 (MQ=255)
aCGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaaca > 2:385986/1‑83 (MQ=255)
aCGGGCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCcaaca < 1:385986/83‑1 (MQ=255)
ggtcTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATg < 1:173053/81‑1 (MQ=255)
gggCTGATGTGTACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATg > 2:173053/1‑84 (MQ=255)
gtACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGgcg > 2:1345948/1‑139 (MQ=255)
gtACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGgcg < 1:275054/139‑1 (MQ=255)
tACGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGCACAGTGCCGTGgcgc < 2:1157862/139‑1 (MQ=255)
aCGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc > 2:1207783/1‑44 (MQ=255)
aCGTCAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTcc < 1:1207783/44‑1 (MQ=255)
cAGTTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGt < 2:1674279/77‑1 (MQ=255)
|
CTCATCATGAAATTGATCAGCAATTTTCATTGAAAAGTGTGAACCGGCTCAAAGTAGGTGTATTAACGAACAACAACGCCCTCACCCGTTAAGGTGATGGCAATCAAAAAAGATTACGGGCTGATGTGTACGTCAGCTATTGCTGGTCCGATTCTGCCAGGTCATCTTGGTCCTGGCCCAGGAGCGATAATTCCAACAATGCGTATCGGTGCTCAACAAAGTTATGAACGTTGTTGGCAACCGCCAGTTTGAACAGTGCCGTGGCGC > NC_000913/3307904‑3308170
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
