Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A10 F1 I2 R1
|
757 |
38.1 |
1607544 |
96.5% |
1551279 |
117.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
391,739 |
C→T |
*289* (TAG→TAA) |
insF1 ← |
IS3 transposase B |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 391,739 | 0 | C | T | 100.0%
| 74.7
/ NA
| 26 | *289* (TAG→TAA) | insF1 | IS3 transposase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (12/14); total (12/14) |
TCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCC > NC_000913/391604‑391844
|
tcttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTaa > 2:588970/1‑139 (MQ=255)
cATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCtt > 2:109978/1‑139 (MQ=255)
cGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGgcc < 2:331083/139‑1 (MQ=255)
cGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGgcc < 1:273140/139‑1 (MQ=255)
atcatcTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGgccgc > 2:25797/1‑139 (MQ=255)
atcatcTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGgccgc > 2:468090/1‑139 (MQ=255)
tcatcTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGgccgc‑‑c > 2:447654/1‑139 (MQ=255)
tcTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑caca < 1:109978/139‑1 (MQ=255)
cTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑Cacac > 1:532290/1‑139 (MQ=255)
ccTACAGTACTGTAGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCaaa < 2:210217/101‑1 (MQ=255)
ccTACAGTACTGTAGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCaaa > 1:210217/1‑101 (MQ=255)
cTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTgccgccg < 2:114252/139‑1 (MQ=255)
tACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTgccgccgc > 2:592611/1‑139 (MQ=255)
cTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGAt > 2:429969/1‑139 (MQ=255)
ttGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGt > 1:480267/1‑139 (MQ=255)
ttGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGt < 1:80193/139‑1 (MQ=255)
cGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTc > 2:165517/1‑139 (MQ=255)
aaTCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGa < 1:462292/139‑1 (MQ=255)
tCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata < 1:592611/139‑1 (MQ=255)
tCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata < 2:351878/139‑1 (MQ=255)
gtgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTGCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAACTaaa < 1:468090/139‑1 (MQ=255)
gggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGa > 1:113091/1‑126 (MQ=37)
gggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGa < 2:113091/126‑1 (MQ=37)
gggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCg < 2:729622/139‑1 (MQ=18)
tgattgatCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGtt < 1:25797/139‑1 (MQ=255)
gattgatCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGcc < 1:672144/139‑1 (MQ=14)
|
TCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGC‑‑CACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCC > NC_000913/391604‑391844
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
