Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
524 |
31.4 |
1748232 |
97.8% |
1709770 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,904,697 |
T→C |
F268S (TTC→TCC) |
manZ → |
mannose‑specific PTS enzyme IID component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,904,697 | 0 | T | C | 100.0%
| 66.3
/ NA
| 20 | F268S (TTC→TCC) | manZ | mannose‑specific PTS enzyme IID component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (10/10); total (10/10) |
TGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTT > NC_000913/1904619‑1904773
|
tGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGctcct > 1:325308/1‑81 (MQ=255)
gTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCtccttc > 1:325319/1‑81 (MQ=255)
aCCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGt > 2:325324/1‑81 (MQ=255)
ccACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTc < 1:325297/81‑1 (MQ=255)
ctgACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTAt < 1:325298/80‑1 (MQ=255)
ctgACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTAt < 2:325299/80‑1 (MQ=255)
aCCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCt < 2:325300/81‑1 (MQ=255)
aCCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCt < 1:325301/81‑1 (MQ=255)
tGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGt < 2:325302/79‑1 (MQ=255)
tgtgGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCg < 2:325303/81‑1 (MQ=255)
gCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCct > 1:325333/1‑81 (MQ=255)
cTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCctgc < 2:325304/79‑1 (MQ=255)
caaaaGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCTTCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGt > 2:325327/2‑81 (MQ=255)
aaGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAg < 1:325305/81‑1 (MQ=255)
aaGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAg < 2:325306/81‑1 (MQ=255)
tAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACtg > 1:325328/1‑81 (MQ=255)
aCCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACtgtt > 1:325329/1‑81 (MQ=255)
cTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTaca > 2:325322/1‑81 (MQ=255)
cTGTGGATCATCGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTaca > 2:325326/1‑81 (MQ=255)
atcatcGTTGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCg > 2:325332/1‑81 (MQ=255)
tGGCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCttt > 1:325342/1‑81 (MQ=255)
ggCTCCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCtttt > 2:325331/1‑81 (MQ=255)
|
TGGTACCACTGCTGCTGACCTTTGCTTGTATGTGGCTACTGCGCAAAAAAGTTAACCCGCTGTGGATCATCGTTGGCTTCTTCGTCATCGGTATCGCTGGTTACGCTTGCGGCCTGCTGGGACTGTAAGACTGTTGTACACTACCGGGGCCTTTT > NC_000913/1904619‑1904773
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
