Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
524 |
31.4 |
1748232 |
97.8% |
1709770 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,525,598 |
C→T |
Q158* (CAA→TAA) |
yfeN → |
conserved outer membrane protein YfeN |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,525,598 | 0 | C | T | 100.0%
| 116.1
/ NA
| 34 | Q158* (CAA→TAA) | yfeN | conserved outer membrane protein YfeN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (15/19); total (15/19) |
CTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATCAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGCGAGAAA > NC_000913/2525523‑2525675
|
cTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAAcc > 2:430079/1‑81 (MQ=255)
tACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCt < 2:430049/79‑1 (MQ=255)
tACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCt < 2:430048/79‑1 (MQ=255)
tACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTa < 1:430047/80‑1 (MQ=255)
aCGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTAt > 2:430073/1‑80 (MQ=255)
cGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTAtt < 1:430050/80‑1 (MQ=255)
tATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTacac > 1:430074/1‑81 (MQ=255)
gCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCg < 1:430051/81‑1 (MQ=255)
tACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGa > 2:430103/1‑80 (MQ=255)
cAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGAc < 1:430052/79‑1 (MQ=255)
cAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACaa < 1:430053/81‑1 (MQ=255)
cAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACa < 2:430054/80‑1 (MQ=255)
cACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCt < 2:430055/80‑1 (MQ=255)
ggCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTc > 2:430080/1‑81 (MQ=255)
ggCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTc < 1:430056/81‑1 (MQ=255)
gCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCg < 2:430057/81‑1 (MQ=255)
ttGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTg < 1:430058/81‑1 (MQ=255)
ggtggtTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTgg < 1:430059/80‑1 (MQ=255)
ggtTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTg > 2:430084/1‑81 (MQ=255)
cAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAgg > 2:430077/1‑81 (MQ=255)
cAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAg < 2:430060/80‑1 (MQ=255)
ttGCTAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTa > 2:430089/1‑81 (MQ=255)
tAAGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCt > 2:430082/1‑81 (MQ=255)
aaGCGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTg > 2:430078/1‑81 (MQ=255)
cGTTATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGc < 1:430061/81‑1 (MQ=255)
ttATACAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAg > 1:430087/1‑81 (MQ=255)
tataCAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGc > 2:430092/1‑81 (MQ=255)
ataCAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGc < 2:430062/80‑1 (MQ=255)
taCAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGCga < 2:430063/81‑1 (MQ=255)
aCAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGc > 2:430095/1‑78 (MQ=255)
cAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGCgag < 2:430065/80‑1 (MQ=255)
cAGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGCgag < 2:430064/80‑1 (MQ=255)
aGATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGCgaga > 1:430081/1‑80 (MQ=255)
gATTAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGCGAGaaa > 2:430099/1‑81 (MQ=255)
|
CTGTACGGTATCGGCTACAATTTCACCGGCAGCGGTTGGTGGTTCAAACCGTTCTTTGCTAAGCGTTATACAGATCAAACCTATTACACTGGCGACAACGGCTATGTCGCCGGCTGGGTTGCAGGTTACAACTTTATGCTGGGCAGCGAGAAA > NC_000913/2525523‑2525675
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
