Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
524 |
31.4 |
1748232 |
97.8% |
1709770 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,557,470 |
A→G |
Y404H (TAC→CAC) |
eutB ← |
ethanolamine ammonia‑lyase subunit alpha |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,557,470 | 0 | A | G | 100.0%
| 97.7
/ NA
| 28 | Y404H (TAC→CAC) | eutB | ethanolamine ammonia‑lyase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (12/16); total (12/16) |
AGCGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCATC > NC_000913/2557392‑2557543
|
agcGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTggtggt > 2:436162/1‑81 (MQ=255)
cAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCa > 2:436178/1‑81 (MQ=255)
aaaCTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCat > 2:436172/1‑81 (MQ=255)
aCTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCatga > 1:436180/1‑81 (MQ=255)
aCTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCatga > 1:436193/1‑81 (MQ=255)
cGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGtc < 2:436132/81‑1 (MQ=255)
cGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGtc < 2:436131/81‑1 (MQ=255)
ggTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGtca > 1:436181/1‑81 (MQ=255)
tGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGtcatc < 1:436133/81‑1 (MQ=255)
gggCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCAcc > 1:436171/1‑80 (MQ=255)
gcAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCg > 1:436175/1‑81 (MQ=255)
agTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCGGCGGCa < 2:436134/80‑1 (MQ=255)
aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatga > 2:460469/1‑81 (MQ=255)
aCGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgatg < 1:436135/79‑1 (MQ=255)
cGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAg < 2:436136/81‑1 (MQ=255)
caGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGc < 2:436137/81‑1 (MQ=255)
ggCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGcc > 2:436189/1‑81 (MQ=255)
tATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCATGCgg > 2:436187/1‑81 (MQ=255)
tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGt < 1:436138/80‑1 (MQ=255)
cGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGgggg > 2:436195/1‑81 (MQ=255)
gTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGc < 2:436139/81‑1 (MQ=255)
tGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCg < 1:436140/81‑1 (MQ=255)
gAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGa < 1:436141/80‑1 (MQ=255)
gAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAg > 2:436185/1‑81 (MQ=255)
aTGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCa < 1:436142/81‑1 (MQ=255)
tGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAg < 2:436143/81‑1 (MQ=255)
cGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAgg < 1:436144/80‑1 (MQ=255)
tggtCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGaaca < 1:436145/81‑1 (MQ=255)
gtCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGatcatc < 2:436146/81‑1 (MQ=255)
|
AGCGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCATC > NC_000913/2557392‑2557543
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
