Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
315 |
33.5 |
1889570 |
98.7% |
1865005 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,557,470 |
A→G |
Y404H (TAC→CAC) |
eutB ← |
ethanolamine ammonia‑lyase subunit alpha |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,557,470 | 0 | A | G | 100.0%
| 120.1
/ NA
| 34 | Y404H (TAC→CAC) | eutB | ethanolamine ammonia‑lyase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (15/19); total (15/19) |
CGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCAT > NC_000913/2557394‑2557542
|
cGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTg < 1:466345/81‑1 (MQ=255)
cGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTg < 1:466344/81‑1 (MQ=255)
gTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGtt > 2:466402/1‑79 (MQ=255)
ttCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAg > 1:466414/1‑81 (MQ=255)
cAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCa > 2:466410/1‑81 (MQ=255)
aaaCTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCat < 2:466346/81‑1 (MQ=255)
cTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCatgat < 1:466347/81‑1 (MQ=255)
cTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCatgat < 1:466348/81‑1 (MQ=255)
tGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGtcatc < 1:466349/81‑1 (MQ=255)
gACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGtcatca > 2:466409/1‑81 (MQ=255)
gACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGtcatca > 2:466408/1‑81 (MQ=255)
gggCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCAccc < 1:466350/81‑1 (MQ=255)
gggCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCAcc > 2:466401/1‑80 (MQ=255)
ggCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCa < 2:466351/81‑1 (MQ=255)
gcgcAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAg > 2:466399/1‑81 (MQ=255)
aGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGc < 1:466352/81‑1 (MQ=255)
gTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCAt < 2:466353/81‑1 (MQ=255)
aCTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatga < 2:466354/81‑1 (MQ=255)
cTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCatgat > 1:466419/1‑81 (MQ=255)
cacaGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGtt < 1:466355/81‑1 (MQ=255)
caGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGc < 2:466356/81‑1 (MQ=255)
caGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGc < 2:466357/81‑1 (MQ=255)
gCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCt < 2:466358/81‑1 (MQ=255)
gCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCt < 1:466359/81‑1 (MQ=255)
ggTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGc > 2:466428/1‑81 (MQ=255)
ggTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGc > 2:466407/1‑81 (MQ=255)
ggTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGc < 1:466360/81‑1 (MQ=255)
aTCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGt > 2:466406/1‑81 (MQ=255)
aTCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGt > 1:466411/1‑81 (MQ=255)
tCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGt < 2:466361/80‑1 (MQ=255)
gTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGc > 1:466418/1‑81 (MQ=255)
gTGGAATGCGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGc > 2:466412/1‑81 (MQ=255)
cGGTGGTCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAgg < 1:466362/80‑1 (MQ=255)
gtCTGGTGGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGatcat > 1:466433/1‑80 (MQ=255)
|
CGTTCAAACTCCGGTGACGGGCGCAGGTTGAGTAACTGACGCACAGTGGCGGTATCGTGGAATGCGGTGGTCTGGTAGTTGAGCATGATGTCATCACCCAGCGGCATCCCCATGATGTAGTTGCAGCCTGCGGTGGCGAGCAGGATCAT > NC_000913/2557394‑2557542
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
