Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
315 |
33.5 |
1889570 |
98.7% |
1865005 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,319,991 |
G→A |
P465L (CCG→CTG) |
trpD ← |
anthranilate synthase subunit TrpD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,319,991 | 0 | G | A | 100.0%
| 94.5
/ NA
| 27 | P465L (CCG→CTG) | trpD | anthranilate synthase subunit TrpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (10/17); total (10/17) |
TTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTT > NC_000913/1319913‑1320064
|
ttCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAgt < 2:255187/81‑1 (MQ=255)
cGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAgtg < 2:255188/80‑1 (MQ=255)
cGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTg < 2:255189/81‑1 (MQ=255)
gctgctTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGc > 2:255233/1‑80 (MQ=255)
ctTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGtt < 1:255191/81‑1 (MQ=255)
ctTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGt < 2:255190/80‑1 (MQ=255)
cATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTg < 2:255192/79‑1 (MQ=255)
aTGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCt < 1:255193/80‑1 (MQ=255)
cggcgTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCtggt < 2:255194/81‑1 (MQ=255)
gCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAggg > 2:255261/1‑81 (MQ=255)
gCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAgg < 2:255195/80‑1 (MQ=255)
cTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGgtg < 1:255196/81‑1 (MQ=255)
cTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGgtg > 2:255236/1‑81 (MQ=255)
cTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGc < 1:255197/81‑1 (MQ=255)
ttGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGc > 2:255235/1‑80 (MQ=255)
gTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGcc < 2:255198/79‑1 (MQ=255)
aaCGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGtctt > 1:255227/1‑81 (MQ=255)
cGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCTAAAGtcttct < 2:255199/81‑1 (MQ=255)
gtgtTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTg > 2:255230/1‑81 (MQ=255)
ttAAAATGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCgg < 1:255200/81‑1 (MQ=255)
aaaTGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGt > 1:255247/1‑79 (MQ=255)
aaaTGTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTg < 1:255201/80‑1 (MQ=255)
gTCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCt > 1:255244/1‑80 (MQ=255)
tCACGGTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTg < 1:255202/80‑1 (MQ=255)
ggTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGc > 1:255231/1‑81 (MQ=255)
gTTTTCTTCCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCt > 2:255241/1‑81 (MQ=255)
tcttcCAGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCtttt < 2:255203/80‑1 (MQ=255)
|
TTCGCAGCGACGGCTGCTTCATGGGCGGCGTCGCCTTTACCTTGTAACAAACGTGTTAAAATGTCACGGTTTTCTTCCGGTGTTCCGCCTGCCAGTTGCTCCTGGTGGTAGGGTGTCAGGCCAAAGTCTTCTGCGGTGAGCTGATAGCTTTT > NC_000913/1319913‑1320064
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
