Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
315 |
33.5 |
1889570 |
98.7% |
1865005 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,066,740 |
A→G |
G194G (GGT→GGC) |
insH‑6 ← |
CP4‑44 prophage; IS5 transposase and trans‑activator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,066,740 | 0 | A | G | 100.0%
| 88.3
/ NA
| 29 | G194G (GGT→GGC) | insH‑6 | CP4‑44 prophage; IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (14/15); total (14/15) |
TTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCG > NC_000913/2066663‑2066801
|
ttACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGcc > 1:376179/1‑80 (MQ=255)
aGCTGATTGAGGTCATGCACGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTATTGGCATCGACGCCAATGTgg > 2:376172/1‑81 (MQ=14)
gCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTggg < 1:376125/81‑1 (MQ=255)
gATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCt > 2:423401/1‑81 (MQ=255)
aTTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCt < 1:376126/80‑1 (MQ=255)
ttGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTc < 1:376127/81‑1 (MQ=255)
gAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCa < 1:376128/80‑1 (MQ=255)
gTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGcc < 1:376129/81‑1 (MQ=255)
aTGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCa > 1:376171/1‑79 (MQ=255)
gTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCa < 1:376131/81‑1 (MQ=255)
gTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCa > 2:376177/1‑81 (MQ=255)
gTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCa < 1:376130/81‑1 (MQ=255)
gCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTg < 2:376132/80‑1 (MQ=255)
gcgGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTg > 1:376180/1‑81 (MQ=255)
gcgGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTg < 2:376133/81‑1 (MQ=255)
gtggtgACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCt < 2:376134/81‑1 (MQ=255)
gtgACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCttt < 2:376135/80‑1 (MQ=255)
tAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGAGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGt > 2:376174/1‑81 (MQ=255)
aGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTc > 1:376175/1‑81 (MQ=18)
gCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTg < 1:376136/81‑1 (MQ=18)
tgGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGAt < 2:376137/79‑1 (MQ=21)
gTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCAtc > 1:376170/1‑81 (MQ=18)
gTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCAtc < 1:376138/81‑1 (MQ=18)
gTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCAtc > 2:376187/1‑81 (MQ=18)
cAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCAtctc > 1:376182/1‑81 (MQ=18)
cAGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCAtctc > 2:376181/1‑81 (MQ=18)
aGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTcc < 2:376139/81‑1 (MQ=18)
aGGCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTcc > 1:376178/1‑81 (MQ=18)
ggCCGCTCTTGGCATCGACGCCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCg > 1:376184/1‑81 (MQ=18)
|
TTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCG > NC_000913/2066663‑2066801
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
