Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
315 |
33.5 |
1889570 |
98.7% |
1865005 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,465,985 |
A→C |
T229P (ACC→CCC) |
yfdC → |
inner membrane protein YfdC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,465,985 | 0 | A | C | 100.0%
| 90.4
/ NA
| 26 | T229P (ACC→CCC) | yfdC | inner membrane protein YfdC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base C (12/14); total (12/14) |
GGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTG > NC_000913/2465908‑2466061
|
ggATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACaccccc > 1:450003/1‑80 (MQ=255)
tCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGt > 1:450029/1‑81 (MQ=255)
cTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTgg < 2:449967/81‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGt < 1:449970/79‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTc < 2:449969/80‑1 (MQ=255)
cAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCg < 1:449968/81‑1 (MQ=255)
cGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGtt < 1:449972/81‑1 (MQ=255)
cGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGtt > 2:450008/1‑81 (MQ=255)
cGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGtt < 2:449971/81‑1 (MQ=255)
ggTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCt < 1:449973/81‑1 (MQ=255)
ggTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCt > 2:450013/1‑81 (MQ=255)
gTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTg > 2:450014/1‑81 (MQ=255)
cGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGtt < 1:449974/80‑1 (MQ=255)
ggCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTg > 1:450011/1‑80 (MQ=255)
aGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATcc > 1:450018/1‑81 (MQ=255)
gtgATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTg > 1:450010/1‑81 (MQ=255)
atatTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGtt < 1:449975/80‑1 (MQ=255)
atgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACgg > 2:450021/1‑80 (MQ=255)
tgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTa < 1:449976/81‑1 (MQ=255)
gaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTGTAACGGTAc > 2:450019/1‑81 (MQ=255)
cTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCAc > 1:450012/1‑81 (MQ=255)
cTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCAc > 1:729193/1‑81 (MQ=255)
cTTATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCAc < 1:449977/81‑1 (MQ=255)
tATTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTg > 2:450017/1‑81 (MQ=255)
aTTGCCCTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACt < 2:449978/79‑1 (MQ=255)
cTGGGTGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAt < 2:449979/81‑1 (MQ=255)
tGACACCCCCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAt < 1:449980/81‑1 (MQ=255)
caccccCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTg < 1:449981/81‑1 (MQ=255)
|
GGATGTTTCCTGCAGCGGGTGCGGCAAAGATTGTGGTGATTATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCTG > NC_000913/2465908‑2466061
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
