Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
315 |
33.5 |
1889570 |
98.7% |
1865005 |
80.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,712,311 |
G→A |
L152L (CTG→TTG) |
yfiC ← |
tRNA m(6)A37 methyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,712,311 | 0 | G | A | 100.0%
| 121.8
/ NA
| 33 | L152L (CTG→TTG) | yfiC | tRNA m(6)A37 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (24/9); total (24/9) |
AAAACCATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGAT > NC_000913/2712234‑2712388
|
aaaaCCATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTcaacaa > 1:498386/1‑81 (MQ=255)
aaaCCATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCaacaac < 1:498363/81‑1 (MQ=255)
aaaCCATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCaacaac > 2:498389/1‑81 (MQ=255)
aCCATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGa > 1:498388/1‑81 (MQ=255)
ccATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGAt < 1:498364/81‑1 (MQ=255)
ccATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGAt < 1:498365/81‑1 (MQ=255)
tACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGt > 2:498414/1‑81 (MQ=255)
tACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGt > 2:498413/1‑81 (MQ=255)
aCCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGt > 2:498418/1‑80 (MQ=255)
cAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGAt > 1:498402/1‑81 (MQ=255)
aaTCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGAt > 1:498398/1‑80 (MQ=255)
gCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCg > 1:498397/1‑81 (MQ=255)
tGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGt > 2:498404/1‑81 (MQ=255)
gcaCTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGGTGGGTGATCAAGCGTAGTGGtat < 2:498366/81‑1 (MQ=255)
aCTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAg > 2:498423/1‑81 (MQ=255)
aCTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAg > 1:498403/1‑81 (MQ=255)
aCGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGc > 2:498412/1‑79 (MQ=255)
aCGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGc > 2:498408/1‑79 (MQ=255)
aaTCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTcc > 1:498420/1‑81 (MQ=255)
aTCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGT‑GTATAGCGAGCCTGTTCCCg > 2:498417/1‑81 (MQ=255)
ccTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGtt > 1:498415/1‑81 (MQ=255)
tctTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGtt > 1:498425/1‑79 (MQ=255)
ctTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAGCGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAg > 1:498424/1‑81 (MQ=255)
cGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGgtg > 2:498421/1‑81 (MQ=255)
tAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCg < 2:498367/81‑1 (MQ=255)
aaTGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTc > 1:498407/1‑79 (MQ=255)
aaTGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTc > 2:498368/1‑79 (MQ=255)
aTGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGgtgtagca > 1:498429/1‑77 (MQ=255)
tGCACTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGc < 1:498368/81‑1 (MQ=255)
aCTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCAct > 1:498410/1‑81 (MQ=255)
aCTCCGCCGCACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCAct < 1:498369/81‑1 (MQ=255)
gccgcACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACt > 1:498422/1‑81 (MQ=255)
ccgcACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTc > 2:498409/1‑81 (MQ=255)
ccgcACAGGTCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTc < 1:498370/81‑1 (MQ=255)
tCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGAt < 2:498372/81‑1 (MQ=255)
tCAACAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGAt < 1:498371/81‑1 (MQ=255)
|
AAAACCATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGAT > NC_000913/2712234‑2712388
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
