Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A24 F106 I1 R1
|
19 |
81.9 |
2890106 |
93.9% |
2713809 |
142.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
4,111,596 |
G→A |
L179L (CTG→TTG) |
yiiQ ← |
DUF1454 family putative periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,111,596 | 0 | G | A | 96.5%
| 349.2
/ NA
| 114 | L179L (CTG→TTG) | yiiQ | DUF1454 family putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (70/39); minor base C (2/2); total (72/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
AAGGAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGAT > NC_000913_3_pae_tpiA/4111452‑4111740
|
aaGGAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAAcccc > 2:1442720/1‑149 (MQ=255)
ggAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCtt > 2:939021/1‑149 (MQ=255)
ggAAGAGGGCCGCCCCGAAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGGCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCtt < 1:161336/149‑1 (MQ=255)
aggtGGCCTCCCAGCATGGCAGCAGGTCTGTTAAACAGTATAGAGATTCATCGTCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTc < 2:1046657/146‑1 (MQ=255)
gATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCg > 1:1016565/1‑149 (MQ=255)
tGGCCGCCCCGCAGGGCAGAAGGTCTGTGAAACAGTATATAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGcc < 2:292692/149‑1 (MQ=255)
gccgccCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGGAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGACATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCGGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGGCGt > 2:1419826/1‑149 (MQ=255)
gccgccCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTCTAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGt < 1:664075/149‑1 (MQ=255)
gccgccCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACACAGGCCCAGCTTGTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGt > 1:569613/1‑149 (MQ=255)
ccgccCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGtt < 1:87093/149‑1 (MQ=255)
gccCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGt > 1:406116/1‑149 (MQ=255)
gccCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCCAAGGTCAACCACTTTTCGCCGttct > 2:1421560/1‑147 (MQ=255)
ccGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCcg > 2:1203727/1‑149 (MQ=255)
cGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCACCCCCTTTTCGCCGTTGTCcgc > 2:891370/1‑149 (MQ=255)
cGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCcgc > 2:652033/1‑149 (MQ=255)
cGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCcgc > 1:727231/1‑149 (MQ=255)
cGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCcgc < 1:1132312/149‑1 (MQ=255)
agcagGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAAccc > 2:661393/1‑123 (MQ=255)
agcagGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAAccc < 1:661393/123‑1 (MQ=255)
gTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCCACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCCACAACATAACGc > 2:693643/1‑149 (MQ=255)
tCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAACACATACAA‑CGATTTAGATGTGGCCAGCTTAATCGGTACAACAGCCAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACCCa > 2:956123/1‑149 (MQ=255)
tgtgAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATa < 1:835508/142‑1 (MQ=255)
tgtgAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATa > 2:835508/1‑142 (MQ=255)
gtgAAACAGTACAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCCATTCAGATAGCCCCAGCTTAATCGGTCCAACAGCGAAGGTCAACAACTTCTCCCCGTTGTCCCCGACAACATAACGCAGTg < 2:1073089/149‑1 (MQ=255)
tgAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGc > 1:647483/1‑149 (MQ=255)
aagaaGTATAGAGATTCATTGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCTTCTACACCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCAc < 2:675053/145‑1 (MQ=255)
aaaCAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATACCGCAGTGCAc > 2:558752/1‑149 (MQ=255)
aaaCAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCAc > 2:352661/1‑149 (MQ=255)
aaCAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCAcc > 1:1109704/1‑149 (MQ=255)
gTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTTTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCt > 2:935464/1‑149 (MQ=255)
tataGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTg > 2:48146/1‑149 (MQ=255)
ataGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGt > 1:594340/1‑149 (MQ=255)
taGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCg < 2:87349/113‑1 (MQ=255)
taGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCg > 1:87349/1‑113 (MQ=255)
agaTTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCg > 2:1282710/1‑149 (MQ=255)
aTTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGgt < 1:787028/149‑1 (MQ=255)
aTTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGgt < 1:221585/149‑1 (MQ=255)
gtCGGAAAAAAGGTTTTGCTTTTTGTCATTTTGTCAA‑ACCTTCTAGCTATTCAGATAGCGCTAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCTCCGCCTGTTCGCCGTTGTCGGATATAATATAACTCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGtaa < 2:674208/148‑1 (MQ=255)
aTCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGCTAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGCTGtaa > 1:1262975/1‑149 (MQ=255)
aTCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCCGTGCACCTTCTGTCTCGGTGtaa > 2:1443671/1‑149 (MQ=255)
tCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAGCGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGtaat > 1:1083411/1‑149 (MQ=255)
gCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAAc > 1:275296/1‑149 (MQ=255)
gggtatgctttTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGTGATTCAGTTAGCGCTAGCTTAATCGGCTCAACAGCGAAGTGCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACgtttgtt < 2:812374/144‑1 (MQ=255)
ttgctttTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTc > 1:781007/1‑149 (MQ=255)
ctttTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTcccc > 1:580343/1‑149 (MQ=255)
tGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTg > 1:413914/1‑115 (MQ=255)
tGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTg < 2:413914/115‑1 (MQ=255)
tCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTta < 1:352661/149‑1 (MQ=255)
aTTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTtagt > 1:317543/1‑149 (MQ=255)
aTTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTtagt > 1:754108/1‑149 (MQ=255)
tttATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTtagta > 2:1442657/1‑149 (MQ=255)
tttATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTtagta > 2:135282/1‑149 (MQ=255)
ttCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGa > 1:1236366/1‑149 (MQ=255)
ttCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGa > 1:753674/1‑149 (MQ=255)
a‑aCCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGa > 2:781243/1‑78 (MQ=255)
cTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGt < 1:1442720/149‑1 (MQ=255)
ttCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 2:471679/1‑149 (MQ=255)
ttCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:305523/1‑149 (MQ=255)
ttCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 2:22000/1‑149 (MQ=255)
ttCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACACAGTGCACCTTATGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCAGTTAGTAGCGACTGCAGtt > 1:516940/1‑149 (MQ=255)
cAAGCTTTTCTGATTGGGCCTGTTTAATCGGTTCAGCTGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTCCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtttt < 1:225958/149‑1 (MQ=255)
aGCGATTCAGATAGAGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGtttttt > 1:1248799/1‑149 (MQ=255)
cGACTCAGATAGCGCCAGTTTAAGGGGTAAAACAGCGACGGTCAATCCTTTTTCGCCGCTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCt < 2:594340/149‑1 (MQ=255)
gATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCATTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCAGCCGTTCGTATTGACTGCCGTTCTTTCTg > 2:574724/1‑149 (MQ=255)
gttCAGAAAGCGAGAGCTTCATCGGTTCAACAGCTTTGGTCATTCCCTTTTCTTCGATGCTCGCGACAACTCAGCGCGGTGCACCTTCTGTCGCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTgg < 2:1335993/148‑1 (MQ=255)
aTTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTc > 1:1164241/1‑146 (MQ=255)
ttCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGc < 1:1444322/149‑1 (MQ=255)
aGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCttt > 1:1438600/1‑149 (MQ=255)
aTAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgt < 1:935464/149‑1 (MQ=255)
tAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCAGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGCCTGCAGTTTTTTCTGGCTTtgtg > 2:1247724/1‑149 (MQ=255)
gcCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGtttt > 1:898491/1‑149 (MQ=255)
ccAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTg > 1:764285/1‑149 (MQ=255)
ccAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTg < 1:1282710/149‑1 (MQ=255)
ttAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAt > 1:876634/1‑149 (MQ=255)
tactCGGTTCAACAACGACGGTAAACCCTTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCTTCCGTTAGTATCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTGGTGTTTTTGTCAtt > 2:680654/4‑149 (MQ=255)
tAATAGCTTCAACAAGGAACGTCAACCCCTTTTCTCCGTTGTCTGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCGCGGTGTAATATCGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCAtt < 2:647483/149‑1 (MQ=255)
tCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTCGCGGCTGCGGTTTTTTCTGCCTTTGTGTTTTGGTCACTAAt > 2:723164/1‑149 (MQ=255)
tCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAt < 2:406116/149‑1 (MQ=255)
tCGGTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAAt > 2:124612/1‑149 (MQ=255)
ggTTCAACAGTTGAGCTCACCCCCTTATCGCCGTCGTTCCCGACAACATAACCCACTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACCTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgg < 1:553882/149‑1 (MQ=255)
ggTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCCCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgg < 1:891370/149‑1 (MQ=255)
ggTGCAACCGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgg < 1:1261765/149‑1 (MQ=255)
gTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATggg > 1:1009401/1‑149 (MQ=255)
gTTCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATggg < 1:124612/149‑1 (MQ=255)
ttCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgggg > 1:1133716/1‑149 (MQ=255)
ttCAACAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATgggg < 1:22000/149‑1 (MQ=255)
aCAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAAc < 1:1336531/46‑1 (MQ=255)
aCAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAAc > 2:1336531/1‑46 (MQ=255)
aCAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAg > 2:1296239/1‑149 (MQ=255)
aCAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTATGTGTCGGTGTAGTAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGGCTGCGGTTTTTTGTGGCTTTGTGTTTTGGGCGTTAGTTGGGTGac > 1:832435/1‑148 (MQ=255)
aCAGCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGAGCGCATACAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCGGTTTTTTATAGCGTTGTGTTTTGTTCATTCGTGGCGTGac > 2:609893/1‑148 (MQ=255)
gCGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTACTTGGGTGCgtgt > 2:764269/1‑149 (MQ=255)
cGAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCCTTAATGGGGTGAGtgtg > 2:1056682/1‑149 (MQ=255)
gAAGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGtgtgg > 2:1075020/1‑148 (MQ=255)
gAAGGTCAACCCCTTTGCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGc < 1:826291/149‑1 (MQ=255)
aGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGc > 2:1041704/1‑95 (MQ=255)
aGGTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGc < 1:1041704/95‑1 (MQ=255)
gTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGGTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGATGGTGCGGAt > 1:583627/1‑149 (MQ=255)
gTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCCTTAGTCGCGATAGCAGTTTCTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCggtt > 2:443980/1‑147 (MQ=255)
gTCAACCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGAATTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGAt < 1:37643/149‑1 (MQ=255)
|
AAGGAAGATGGCCGCCCCGCAGGGCAGCAGGTCTGTGAAACAGTATAGAGATTCATCGGCACAAAGGCTTTGCTTTTTGTCATTTATTCAA‑ACCTTCAAGCGATTCAGATAGCGCCAGCTTAATCGGTTCAACAGCGAAGGTCAGCCCCTTTTCGCCGTTGTCCGCGACAACATAACGCAGTGCACCTTCTGTCTCGGTGTAATAACGTTTGTTTTTCCCCGCCGTTAGTAGCGACTGCAGTTTTTTCTGGCTTTGTGTTTTGGTCATTAATGGGGTGAGTGTGCGGAT > NC_000913_3_pae_tpiA/4111452‑4111740
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
