Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A14 F151 I1 R1
|
22 |
137.2 |
5304824 |
94.1% |
4991839 |
128.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913_3_pae_tpiA |
4,158,704 |
C→A |
T100K (ACA→AAA) |
oxyR → |
oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913_3_pae_tpiA | 4,158,704 | 0 | C | A | 97.1%
| 491.5
/ 4.3
| 139 | T100K (ACA→AAA) | oxyR | oxidative and nitrosative stress transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base A (68/67); total (70/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTG > NC_000913_3_pae_tpiA/4158557‑4158849
|
ccAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAg < 1:1378615/150‑1 (MQ=255)
cAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTACACATTGGTTTGATTCCCAAAGt > 4:702034/1‑150 (MQ=255)
aGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGtt > 1:1073670/1‑150 (MQ=255)
aGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGtt > 1:451532/1‑150 (MQ=255)
aGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTACACATTGGTTTGATTCCCAAAGtt < 3:702034/150‑1 (MQ=255)
ccGTACATTGTTGTTCACCCATGCTGGAATGCTGCTTGTGGATCAGGGGCGTACCGCGCGGCGTGAGGGGAAGGGCCTTAAAGAGATGGCCAGCCAGCAGGGCGAGACAATGAACGAACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTgg > 2:1057589/1‑150 (MQ=255)
ccGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTgg > 2:1526517/1‑150 (MQ=255)
cGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTCGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGa > 2:499887/1‑150 (MQ=255)
tAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGAcc < 3:145025/150‑1 (MQ=255)
aaaGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTTCCAAAGTTGGACCg > 1:1578267/1‑150 (MQ=255)
gttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCt > 2:1011106/1‑150 (MQ=255)
gttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCt > 2:429634/1‑150 (MQ=255)
ttCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTa < 2:126948/150‑1 (MQ=255)
cACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTAcc > 3:357739/1‑150 (MQ=255)
cccAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAg > 4:659407/1‑129 (MQ=255)
cccAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAg < 3:659407/129‑1 (MQ=255)
aGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGCTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCata < 4:42545/150‑1 (MQ=255)
aGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCCGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGATCGTACCTGCTACCGCata < 2:1018487/150‑1 (MQ=255)
gggAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtattat < 2:715115/150‑1 (MQ=255)
gggAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCAtattat > 1:882381/1‑150 (MQ=255)
ggAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATc > 1:782455/1‑150 (MQ=255)
gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGGGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCGTTAAAGGGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGTTGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 1:882310/150‑1 (MQ=255)
gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCat > 2:903287/1‑143 (MQ=255)
gAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCat < 1:903287/143‑1 (MQ=255)
gctgctGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGAACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAt < 1:579234/150‑1 (MQ=255)
ctgGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgctg > 1:1394075/1‑150 (MQ=255)
gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGGCCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCg < 2:1090080/129‑1 (MQ=255)
gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCg > 1:1090080/1‑129 (MQ=255)
gtggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAc > 3:479848/1‑150 (MQ=255)
tggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAcc > 2:1174764/1‑150 (MQ=255)
ggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgc < 1:664577/143‑1 (MQ=255)
ggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTAtgc > 2:664577/1‑143 (MQ=255)
ggATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCa < 4:479848/150‑1 (MQ=255)
tCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc > 1:1339521/1‑150 (MQ=255)
aGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc > 2:471673/1‑132 (MQ=255)
aGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 1:471673/132‑1 (MQ=255)
gcgcGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCttt < 1:1011106/150‑1 (MQ=255)
cgcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTc < 1:1039120/150‑1 (MQ=255)
cgcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTc < 1:431747/150‑1 (MQ=255)
gcgTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTcc < 2:1394075/150‑1 (MQ=255)
tACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCaaa < 3:334605/150‑1 (MQ=255)
aCCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGt > 1:1630599/1‑103 (MQ=255)
aCCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGt < 2:1630599/103‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGGCCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 3:609953/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 1:1317440/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 2:882381/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt < 1:545732/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGATTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCt > 2:340547/1‑150 (MQ=255)
tgctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTgg < 2:97260/150‑1 (MQ=255)
tgctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTgg > 3:294673/1‑150 (MQ=255)
gctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGa < 2:451532/150‑1 (MQ=255)
ctgcGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTcc > 1:306953/1‑140 (MQ=255)
tGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCt > 3:532153/1‑115 (MQ=255)
gAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTAt > 1:909445/1‑150 (MQ=255)
tGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGc < 2:749378/150‑1 (MQ=255)
ccTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGc < 1:295154/150‑1 (MQ=255)
ccTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGc > 3:366148/1‑150 (MQ=255)
ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcac > 2:183005/1‑150 (MQ=255)
ttAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGcac < 1:949115/150‑1 (MQ=255)
aaaGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAg > 2:1493944/1‑150 (MQ=255)
agaTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc > 2:288212/1‑93 (MQ=255)
agaTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATcc < 1:288212/93‑1 (MQ=255)
agaTGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTc > 3:970382/1‑114 (MQ=255)
ggCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccacca > 2:194296/1‑150 (MQ=255)
cAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTGTGATGCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGt > 2:476390/1‑150 (MQ=255)
aGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTa < 1:193404/150‑1 (MQ=255)
gcagGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTTCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGgc < 2:1578267/150‑1 (MQ=255)
ggCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCaa > 2:1408685/1‑150 (MQ=255)
ggCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCaa > 3:542301/1‑150 (MQ=255)
cGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTAcc > 1:597969/1‑63 (MQ=255)
gagaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTg < 2:782455/150‑1 (MQ=255)
agaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTgg < 1:652927/150‑1 (MQ=255)
gaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGa > 1:1504292/1‑150 (MQ=255)
gaCGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGa > 3:922264/1‑150 (MQ=255)
tGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCg < 1:1446951/150‑1 (MQ=255)
tCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc > 4:327397/1‑80 (MQ=255)
tCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGAc < 3:327397/80‑1 (MQ=255)
ccGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCa < 3:159765/86‑1 (MQ=255)
ccGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCa > 4:159765/1‑86 (MQ=255)
cGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCAc > 2:278123/1‑73 (MQ=255)
cGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGtt > 2:1080697/1‑126 (MQ=255)
ccGCTGCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTc < 4:366148/150‑1 (MQ=255)
gCACATTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTAt < 4:15578/91‑1 (MQ=255)
cacaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGc < 3:132577/150‑1 (MQ=255)
cacaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACGCGATTGc < 2:1076304/150‑1 (MQ=255)
cacaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTCGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGc < 4:188411/150‑1 (MQ=255)
acaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc < 2:1315433/106‑1 (MQ=255)
acaTTGGTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc > 1:1315433/1‑106 (MQ=255)
ggTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGaa > 2:579876/1‑78 (MQ=255)
ggTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATc < 1:183005/150‑1 (MQ=255)
gTTTGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATcc > 1:1104209/1‑150 (MQ=255)
tttGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTAc < 2:1307715/110‑1 (MQ=255)
tGATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTcg > 2:547074/1‑150 (MQ=255)
gATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGt < 2:1143245/141‑1 (MQ=255)
gATTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGt > 1:1143245/1‑141 (MQ=255)
aTTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccac > 1:741457/1‑99 (MQ=255)
aTTCCCAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACccac < 2:741457/99‑1 (MQ=255)
cccAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGAc > 1:1605809/1‑92 (MQ=255)
cccAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCa < 4:201633/124‑1 (MQ=255)
cccAAAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCa > 3:201633/1‑124 (MQ=255)
|
CCAGCCGTAAAGTGTTGTTCACCCAGGCGGGAATGCTGCTGGTGGATCAGGCGCGTACCGTGCTGCGTGAGGTGAAAGTCCTTAAAGAGATGGCAAGCCAGCAGGGCGAGACGATGTCCGGACCGCTGCACATTGGTTTGATTCCCACAGTTGGACCGTACCTGCTACCGCATATTATCCCTATGCTGCACCAGACCTTTCCAAAGCTGGAAATGTATCTGCATGAAGCACAGACCCACCAGTTACTGGCGCAACTGGACAGCGGCAAACTCGATTGCGTGATCCTCGCGCTG > NC_000913_3_pae_tpiA/4158557‑4158849
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
