Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F80 I1 R1
|
83 |
52.9 |
1240211 |
98.2% |
1217887 |
216.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,992,541 |
(A)7→8 |
coding (448/1377 nt) |
ygeH → |
putative transcriptional regulator YgeH |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,992,534 | 1 | . | A | 99.1%
| 460.1
/ ‑3.4
| 113 | coding (441/1377 nt) | ygeH | putative transcriptional regulator YgeH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base A (52/60); total (52/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.96e-01 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GTCCCTGACAAGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAAT‑AAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAA > NC_000913/2992300‑2992765
|
gTCCCTGACAAGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAAT‑aaaaa > 1:63446/1‑240 (MQ=255)
gTCCCTGACAAGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAAT‑aaaaa > 2:212862/1‑240 (MQ=255)
aCAAGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAAT‑aaaaa‑aaatcga < 1:492650/240‑6 (MQ=255)
aaGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGAt < 1:108316/239‑1 (MQ=255)
aaGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGAt < 1:452340/239‑1 (MQ=255)
aaGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGAt < 1:185426/239‑1 (MQ=255)
aaGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 1:182049/240‑1 (MQ=255)
aaGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 1:568779/240‑1 (MQ=255)
aaGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 1:503801/240‑1 (MQ=255)
aaGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 2:439143/240‑1 (MQ=255)
aaGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 1:88680/240‑1 (MQ=255)
aGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGAt < 2:443253/238‑1 (MQ=255)
gATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGt > 1:447877/1‑240 (MQ=255)
gATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGt > 1:521786/1‑240 (MQ=255)
tCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 2:483872/232‑1 (MQ=255)
tCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCta > 2:565337/1‑239 (MQ=255)
tATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 2:151602/230‑1 (MQ=255)
tCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGAAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCt > 2:464111/1‑239 (MQ=255)
tGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATcc > 1:204540/1‑239 (MQ=255)
gcTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 2:438313/220‑1 (MQ=255)
gCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 1:84563/217‑1 (MQ=255)
cATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGAt < 1:180258/215‑1 (MQ=255)
aTTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGt < 1:54321/217‑1 (MQ=255)
ttGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAAACATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 1:350944/211‑1 (MQ=255)
tGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGtct < 2:361513/214‑1 (MQ=255)
aaaTTGGCTATGTTCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 2:567084/205‑1 (MQ=255)
gTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATg < 2:300395/190‑1 (MQ=255)
ttGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACatat > 1:112323/1‑240 (MQ=255)
cATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCTGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGAt < 2:470745/185‑1 (MQ=255)
cGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAg > 1:430992/1‑240 (MQ=255)
cGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGcc < 1:101795/240‑1 (MQ=255)
cAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGatt > 1:552920/1‑240 (MQ=255)
cAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGatt > 1:83999/1‑240 (MQ=255)
ggCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTc > 2:394175/1‑240 (MQ=255)
ttCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAgg < 2:274824/240‑1 (MQ=255)
aaCTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGgaagaa < 1:614884/240‑1 (MQ=255)
aaaTTAATTAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAc < 2:38560/240‑1 (MQ=255)
aaaTTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAc < 2:204536/240‑1 (MQ=255)
aaTGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAGAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAcc > 2:276217/1‑236 (MQ=255)
ataataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGattatt > 2:418327/1‑208 (MQ=255)
actaCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGTATCCATTAATACTTAATCAGAAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTTAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAgg < 2:611116/214‑1 (MQ=255)
aataCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGt < 1:499036/240‑1 (MQ=255)
taCTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCTCTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGa < 2:450520/240‑1 (MQ=255)
tCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGt < 1:252496/234‑1 (MQ=255)
cAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAacac > 1:193122/1‑239 (MQ=255)
aaCTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACttt < 2:81953/239‑1 (MQ=255)
aCTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTGGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACttt > 1:149570/1‑239 (MQ=255)
aCTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAc > 1:242722/1‑216 (MQ=255)
ttCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACa > 1:348253/1‑240 (MQ=255)
ttCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACa > 1:346311/1‑240 (MQ=255)
cATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACAtt < 2:358318/239‑1 (MQ=255)
cATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACAtt > 1:517418/1‑239 (MQ=255)
cTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAc < 2:618789/204‑1 (MQ=255)
atatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGaa > 2:26357/1‑219 (MQ=255)
atatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGaa < 1:26358/219‑1 (MQ=255)
tatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATc > 2:191744/1‑240 (MQ=255)
tatTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCCATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATc > 1:96147/1‑240 (MQ=255)
cTTTAACGACTTCATTGAAGACACAGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAACTCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAAc < 2:6353/195‑1 (MQ=255)
tttCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTa > 2:585016/1‑240 (MQ=255)
ctTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACAtt > 2:247662/1‑216 (MQ=255)
ctTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAATAAAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCtt > 1:321124/1‑240 (MQ=255)
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|
GTCCCTGACAAGATGTATCTATTCTTTGCGCTGCATTTTTGAAAAAATTGGCTATGATCGTTGCATAGAAACAATCTACCGGAAAGGTTATCGTTTCAGCGGGCAGGTTTTCAAAACTAAAATTAATGAAGATAATACTTCAGACTATTCCATAGCTATATTCCCTTTCACTACTTCATTGAATACACTGGATCCATTAATACTTAATCAGGAATTAGTGCAAATCATTTCAAAT‑AAAAA‑AATCGATGGTCTCTATACCTATCCGATGGCTGCGACAAATTTTTGTAATGATCACATATCTCAAAATTCATTCTTGAGCAGATTCAAGCCAGATTATTTCGTTACAGGAAGAATAAACCAGAATAATGCAGTGAACACTTTATACATTGAGTTGATCGACGCTAAAAACCTTTTCCTCATCGCCAGTAATCATCTCCCTGTTGATGAACTACATAATACATCACAA > NC_000913/2992300‑2992765
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
