Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F80 I1 R1
|
130 |
60.2 |
1467357 |
98.1% |
1439477 |
216.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,644,875 |
T→A |
I10F (ATT→TTT) |
rem ← |
Qin prophage; protein Rem |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,644,875 | 0 | T | A | 100.0%
| 252.2
/ NA
| 64 | I10F (ATT→TTT) | rem | Qin prophage; protein Rem |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (35/29); total (35/29) |
TGTAGATGAGTTTATTCTCCTGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAATTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCC > NC_000913/1644640‑1645111
|
tGTAGATGAGTTTATTCTCCTGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTa > 1:158051/1‑240 (MQ=255)
tAGATGAGTTTATTCTCCTGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACg < 1:100932/240‑1 (MQ=255)
gAGTTTATTCTCCTGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGt > 2:189462/1‑239 (MQ=255)
tATTCTCCTGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCg < 1:402020/240‑1 (MQ=255)
ccTGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGtt < 2:528368/239‑1 (MQ=255)
cTGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTtca < 1:562103/240‑1 (MQ=255)
tGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTtcat < 1:154931/240‑1 (MQ=255)
gCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGa > 1:58624/1‑240 (MQ=255)
ccAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATTCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGa < 2:439366/217‑1 (MQ=255)
ccGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGct < 2:436411/239‑1 (MQ=255)
gATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGTATAATTAGct > 2:133525/1‑237 (MQ=255)
aTCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGCATCCTTCCGGATAATTAGctc > 2:482123/1‑237 (MQ=255)
aTCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCtctc < 2:193710/239‑1 (MQ=255)
aTCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTcc > 2:660606/1‑240 (MQ=255)
aTCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTcc > 1:288726/1‑240 (MQ=255)
ctctTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGaa < 1:415031/215‑1 (MQ=255)
aaTGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAgg < 1:98367/240‑1 (MQ=255)
cTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCa < 1:512333/240‑1 (MQ=255)
tGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCa > 2:70698/1‑239 (MQ=255)
tGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCAt < 2:621091/240‑1 (MQ=255)
gTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATc < 1:395862/240‑1 (MQ=255)
gTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATc < 2:206202/240‑1 (MQ=255)
gTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATc < 1:341022/240‑1 (MQ=255)
tAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGAc < 2:116937/235‑1 (MQ=255)
tAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATc < 2:458367/239‑1 (MQ=255)
tAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATc < 1:660617/239‑1 (MQ=255)
aCAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGCCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTtcatcatc > 2:543287/1‑186 (MQ=255)
aCCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTgcgcgc > 2:130785/1‑239 (MQ=255)
aCCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTgcgcgc > 2:51708/1‑239 (MQ=255)
ttCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTc < 2:338324/185‑1 (MQ=255)
tccgtGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTAt > 1:625074/1‑240 (MQ=255)
tccgtGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTAt > 1:202935/1‑240 (MQ=255)
tccgtGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTAt > 2:223643/1‑240 (MQ=255)
gACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGAATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTc < 1:179567/232‑1 (MQ=255)
cccGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTc < 2:235327/230‑1 (MQ=255)
cccGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCa < 1:392446/240‑1 (MQ=255)
aGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCg > 1:85478/1‑239 (MQ=255)
aattaattAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCa > 1:464538/1‑232 (MQ=255)
taattaaCGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAAc < 1:58034/240‑1 (MQ=255)
ccccATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGc > 2:624317/1‑209 (MQ=255)
ccccATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATa > 2:462462/1‑240 (MQ=255)
tCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATaaaaacaaaaa > 2:459325/1‑240 (MQ=255)
cAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAAccc > 1:389064/1‑240 (MQ=255)
aTAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAg < 1:130787/240‑1 (MQ=255)
aCTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCgg > 1:368358/1‑240 (MQ=255)
aGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGGGCgg < 2:425219/233‑1 (MQ=255)
ttttCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGAtgcc < 2:118304/240‑1 (MQ=255)
cAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGAtgcctgc < 1:51708/239‑1 (MQ=255)
gCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAgg > 2:218668/1‑239 (MQ=255)
agGCCATCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAg > 1:599135/1‑240 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGa > 1:502096/1‑182 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGtt > 2:153899/1‑205 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAtt > 1:107061/1‑240 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAtt > 2:315685/1‑240 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAtt > 1:733361/1‑240 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAtt > 1:664221/1‑240 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAtt > 1:438182/1‑240 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAtt > 1:328209/1‑240 (MQ=255)
aTCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAt > 2:350689/1‑239 (MQ=255)
tCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCggg > 1:87240/1‑198 (MQ=255)
tCTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCggg < 2:87239/198‑1 (MQ=255)
cTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAttt > 2:224697/1‑239 (MQ=255)
cTTCACAAAAAAATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGAttt > 1:678667/1‑239 (MQ=255)
aaaaATTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCa < 2:656115/124‑1 (MQ=255)
aaaaTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCccgcc < 2:601730/240‑1 (MQ=255)
|
TGTAGATGAGTTTATTCTCCTGAAAAAGCAGAAAAGCCAGCTTTTATTCCGATCTCTTTCAATGCCTGTAATGAAGTGACAAACTCACCTTCGCGCAAGATAAATCCGTCCGTGACCCGAGCATCCACAAAATTAATTAACGCAGCCCCATTCTTTCGCAAACACATAATGCGGTAATGACTAACAAGATTTCCATTTTCAACGCACACAGCATAGAGGCCATCTTCACAAAAAATTTTACGCAGTTCTTCGATGTTCATCATCAGAATCCTTCCGGATAATTAGCTCTCCCCTTTAAGGGACCATCCCTCTTATCCCTGCGCGCTACTTAAGTATTTTTGATTCTATTCCGGCACCGTCCAGAACTTCAAACGCGTTGAAAATAAAAACAAAAACCCGCCGAAGCGGGTTAAGTGCGGGTGCGTTGAGGATGCCTGCCACATCAGAGGTGGCGAGGGATTTCTCCCCCGCC > NC_000913/1644640‑1645111
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
