Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F80 I1 R1
|
130 |
60.2 |
1467357 |
98.1% |
1439477 |
216.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,656,737 |
A→G |
intergenic (‑1/+11) |
iscX ← / ← fdx |
accessory iron‑sulfur cluster assembly protein IscX/reduced ferredoxin |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,656,737 | 0 | A | G | 98.0%
| 165.7
/ ‑3.8
| 50 | intergenic (‑1/+11) | iscX/fdx | accessory iron‑sulfur cluster assembly protein IscX/reduced ferredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (23/26); total (24/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.25e-01 |
CCAACGCATCTGCGGCGTGAAGCATGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATACTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAGGTGGTGCAAGCACAGGATTTTTCACAGGCGTGTTCA > NC_000913/2656501‑2656970
|
ccAACGCATCTGCGGCGTGAAGCATGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTa > 1:588783/1‑240 (MQ=255)
gCATCTGCGGCGTGAAGCATGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACct < 1:341621/239‑1 (MQ=255)
tGCGGCGTGAAGCATGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGtt > 1:260979/1‑239 (MQ=255)
cATGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACgcgc < 1:188934/240‑1 (MQ=255)
cATGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACgcgc < 1:496034/240‑1 (MQ=255)
aTGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACgcgc < 1:582765/239‑1 (MQ=255)
aTGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACgcgc < 1:192930/239‑1 (MQ=255)
gACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATg < 2:645315/240‑1 (MQ=255)
ggAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGa < 1:92713/240‑1 (MQ=255)
ggCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAAcgc < 2:210947/240‑1 (MQ=255)
ggCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAAcgc < 1:550412/240‑1 (MQ=255)
aaCAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTaaa < 1:557039/239‑1 (MQ=255)
aaTCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACgcgc < 1:660965/197‑1 (MQ=255)
gCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCCGTCCACTTAAGTCCCATACTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACCACTAAATCTTCGTCgg > 1:414713/1‑240 (MQ=255)
ggATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACgcgc < 1:361347/173‑1 (MQ=255)
cTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACgg > 2:196531/1‑240 (MQ=255)
gtcgtcgtcGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTcc < 1:370663/240‑1 (MQ=255)
gtcgtcgAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCgg > 1:602607/1‑239 (MQ=255)
tcgtcgAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGc > 1:686035/1‑239 (MQ=255)
tcgAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCa < 2:528699/240‑1 (MQ=255)
cAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTACCGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTcccccg > 2:70060/1‑228 (MQ=255)
atCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGc > 1:461214/1‑240 (MQ=255)
gTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAg > 2:284340/1‑220 (MQ=255)
aaTCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCtt > 1:353789/1‑228 (MQ=255)
aCCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTcc > 1:169601/1‑239 (MQ=255)
ttCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCt > 2:126834/1‑166 (MQ=255)
aaGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGc > 2:61563/1‑188 (MQ=255)
tCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTc < 2:173006/190‑1 (MQ=255)
aCGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCacgaa < 1:157861/239‑1 (MQ=255)
cGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGCGCTTTCCGGCAGTTAGTCAAAACCTTCacgtac > 2:394501/1‑239 (MQ=255)
gCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCacgaacg < 1:590979/239‑1 (MQ=255)
gTACAGTGCTTCGCCAATTTTGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAg > 1:149310/1‑240 (MQ=255)
gTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGc > 2:422915/1‑210 (MQ=255)
cAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTgg < 2:425545/240‑1 (MQ=255)
cTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAggt > 1:721461/1‑240 (MQ=255)
ttCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAggtg > 1:378188/1‑240 (MQ=255)
cGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATGGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAggtgg > 2:252393/1‑239 (MQ=255)
cGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAggtgg > 1:470396/1‑239 (MQ=255)
cGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAggtgg > 1:691301/1‑239 (MQ=255)
aTTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAGGTGGTGCAAg > 1:317125/1‑240 (MQ=255)
tttCGCGGCTATCGGTCCACGTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAg < 2:235037/184‑1 (MQ=255)
gcgGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACgcgc < 2:604099/53‑1 (MQ=255)
gCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTGGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCt < 2:517837/147‑1 (MQ=255)
aTCGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAggt < 2:363543/221‑1 (MQ=255)
cGGTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATgtcg < 2:562608/157‑1 (MQ=255)
ggTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAGGTGGTGCAAGCACAGGATTTTTca < 1:337778/240‑1 (MQ=255)
ggTCCACTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAGGTGGTGCAAGCACAGGATTTTTca < 2:569354/240‑1 (MQ=255)
aCTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAGGTGGTGCAAGca < 1:530046/223‑1 (MQ=255)
aCTTAAGTCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAGGTGGTGCAAGCACAGGAttttt > 2:20992/1‑233 (MQ=255)
tCCCATGCTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAGGTGGTGCAAGCACAGGATTTTTCACAGGCGTGTTCa > 2:12692/1‑240 (MQ=255)
|
CCAACGCATCTGCGGCGTGAAGCATGACGCGGAAATTATTCGGCCTCGTCCAGCCAGACTAACAAAATCGCTTCGAGGATTTTCTCGTTGGATGCCTGCGGGTCGTCGTCGAAATCTTCCAGATCGCAAATCCACTGATGCATATCGGTGAATCGAACCGTTTTCGGATCAAGATCGGGATACGCATCGTACAGTGCTTCGCCAATTTCGCGGCTATCGGTCCACTTAAGTCCCATACTAACCTCTGTTAATGCTCACGCGCATGGTTGATAGTGTAACGCGGGATTTCGACTACTAAATCTTCGTCGGTAACGCGCGCCTGGCAGCTTAAACGGCTTTCCGGCTCCAGTCCCCAGGCTTTGTCCAGCATGTCGTCTTCCTGCTCTGAGCTTTCCGGCAGTGAGTCAAAACCTTCACGAACGATGCAGTGGCAGGTGGTGCAAGCACAGGATTTTTCACAGGCGTGTTCA > NC_000913/2656501‑2656970
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
