Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F80 I1 R1
|
130 |
60.2 |
1467357 |
98.1% |
1439477 |
216.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,256,567 |
A→G |
intergenic (‑101/‑70) |
plsB ← / → dgkA |
glycerol‑3‑phosphate 1‑O‑acyltransferase/diacylglycerol kinase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,256,567 | 0 | A | G | 98.6%
| 262.1
/ ‑3.9
| 73 | intergenic (‑101/‑70) | plsB/dgkA | glycerol‑3‑phosphate 1‑O‑acyltransferase/diacylglycerol kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (35/37); total (35/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 |
ACATAATTGGACGAGAGGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGATGTGGACGCGATTACCC > NC_000913/4256340‑4256802
|
aCATAATTGGACGAGAGGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGaa > 1:648553/1‑240 (MQ=255)
gACGAGAGGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGa > 2:171348/1‑239 (MQ=255)
gagGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGTTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTaa < 2:681005/239‑1 (MQ=255)
gagGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTaa < 2:623863/239‑1 (MQ=255)
agGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACg < 1:333829/240‑1 (MQ=255)
ccAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTacac < 1:653290/240‑1 (MQ=255)
ccAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCCGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGTTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTaca < 2:176018/239‑1 (MQ=255)
cAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGCGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACt < 1:232730/240‑1 (MQ=255)
gCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAGCGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGa > 1:310699/1‑240 (MQ=255)
ccccAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGat > 2:700696/1‑240 (MQ=255)
ccccAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGat > 1:198999/1‑240 (MQ=255)
cAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATAtt > 2:644072/1‑240 (MQ=255)
gTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGAtt < 2:476681/220‑1 (MQ=255)
gggCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCa < 1:229582/240‑1 (MQ=255)
gggCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCa < 1:265238/240‑1 (MQ=255)
cAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATa < 2:678737/239‑1 (MQ=255)
ggATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGaa > 1:452153/1‑199 (MQ=255)
cTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTaaa < 1:18666/240‑1 (MQ=255)
tGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTaaa < 2:65989/239‑1 (MQ=255)
cTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCaa > 2:323486/1‑240 (MQ=255)
tGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATg < 2:148874/240‑1 (MQ=255)
cTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATgg < 2:176691/239‑1 (MQ=255)
aCCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCaataa < 1:193619/240‑1 (MQ=255)
aTGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCa < 1:171351/239‑1 (MQ=255)
cTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTg > 1:76915/1‑239 (MQ=255)
gTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGTCATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCAcc > 1:167503/1‑240 (MQ=255)
tAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCaat > 2:466579/1‑221 (MQ=255)
aaaTTAAATAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTGATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGTGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTaca < 1:13109/174‑1 (MQ=255)
aaTTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGGaaa > 2:660362/1‑198 (MQ=255)
tGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATAGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAAt > 1:511864/1‑200 (MQ=255)
taAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTgg > 1:633149/1‑240 (MQ=255)
ttCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTAt < 2:45911/240‑1 (MQ=255)
tCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCaataa < 2:446206/199‑1 (MQ=255)
ccAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGa < 2:404983/240‑1 (MQ=255)
ccGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTAt > 2:62272/1‑213 (MQ=255)
aTAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCGAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcg < 2:220947/240‑1 (MQ=255)
aTAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcg < 2:147084/240‑1 (MQ=255)
aTAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcg < 1:376497/240‑1 (MQ=255)
aaaCGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcgcg < 1:558797/240‑1 (MQ=255)
aaaCGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcgcg < 2:314900/240‑1 (MQ=255)
aTGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCa < 1:731380/240‑1 (MQ=255)
aTGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCa < 1:563189/240‑1 (MQ=255)
tGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATg > 2:716801/1‑167 (MQ=255)
tGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCa < 2:299679/239‑1 (MQ=255)
tGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCa < 2:389136/239‑1 (MQ=255)
ctGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCCTAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACt > 2:536604/1‑172 (MQ=255)
ctGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGa > 2:241181/1‑240 (MQ=255)
ggTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTAcg < 2:402169/220‑1 (MQ=255)
ataatGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGc > 1:58348/1‑239 (MQ=255)
ataatGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCa > 2:653462/1‑240 (MQ=255)
cAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCg > 1:386080/1‑239 (MQ=255)
cAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGt > 1:44542/1‑240 (MQ=255)
cAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCACTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAAAGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGata > 2:308318/1‑199 (MQ=255)
cgcgGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGa < 1:358645/239‑1 (MQ=255)
cgGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAgg > 2:684482/1‑240 (MQ=255)
gATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCg < 2:232473/240‑1 (MQ=255)
aTAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCgg > 1:297196/1‑240 (MQ=255)
gCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTAt > 1:37806/1‑240 (MQ=255)
aaGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTAttgttg > 2:348151/1‑240 (MQ=255)
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aGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTgg > 1:207004/1‑240 (MQ=255)
aGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTgg > 1:731016/1‑240 (MQ=255)
tGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCggtg > 1:316292/1‑240 (MQ=255)
gtgGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCctg < 2:198996/240‑1 (MQ=255)
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cgcgGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGAt > 2:656019/1‑229 (MQ=255)
cgcgGCGCTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGATGTGGACGCGAt > 1:170538/1‑240 (MQ=255)
gcTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTac < 2:522837/35‑1 (MQ=255)
gcTGCGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGATGTGGACGCGATTAccc < 1:231595/239‑1 (MQ=255)
|
ACATAATTGGACGAGAGGTATCCAGCCCCAGTTCCGGGGCAGGATCTGCCGGAATAGACTTGCTTTTTACCAGGATGCTTAATGGTAAATTCAGTAATTTGTAGTAAATTCGTGGCCAGCCGGACATAAACGATGTAAAGCCTCTGGTTAATAATGCAAATGCGCGGCAAGGATAGCAGAAAGTCATGGGAAATTCTGTGGTATCCGCTCATGTTTCGCGCGGCGCTACGCAAACCCGAATCATCGGATTTAACGGTACACTGATATTGACGCTCATAATGTAAAAAGGTTCTTTCAATGGCCAATAATACCACTGGATTCACCCGAATTATCAAAGCTGCTGGCTATTCCTGGAAAGGTTTACGCGCTGCATGGATCAACGAAGCGGCATTCCGTCAGGAAGGCGTAGCGGTATTGTTGGCGGTGGTCATCGCCTGCTGGCTGGATGTGGACGCGATTACCC > NC_000913/4256340‑4256802
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
